getmimarkspackagecommand.h

   1 //
   2 //  getmimarkspackagecommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by Sarah Westcott on 3/25/14.
   6 //  Copyright (c) 2014 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_getmimarkspackagecommand_h
  10 #define Mothur_getmimarkspackagecommand_h
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "oligos.h"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 class GetMIMarksPackageCommand : public Command {
  18 public:
  19     GetMIMarksPackageCommand(string);
  20     GetMIMarksPackageCommand();
  21     ~GetMIMarksPackageCommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "get.mimarkspackage";                  }
  25     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  26
  27     string getOutputPattern(string);
  28         string getHelpString();
  29     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/get.mimarkspackage"; }
  30     string getDescription()             { return "create blank mimarks package form for sra command"; }
  31
  32     int execute();
  33     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  34
  35 private:
  36     bool abort, requiredonly;
  37     string oligosfile, groupfile, package, inputfile, file, inputDir;
  38     string outputDir;
  39     vector<string> outputNames, Groups;
  40
  41     int readFile();
  42 };
  43
  44 /**************************************************************************************************/
  45
  46
  47
  48
  49 #endif