getcoremicrobiomecommand.h

   1 #ifndef Mothur_getcoremicrobiomcommand_h
   2 #define Mothur_getcoremicrobiomcommand_h
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   5 //
   6 //  GetCoreMicroBiomeCommand.h
   7 //  Mothur
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   9 //  Created by John Westcott on 5/8/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
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  14 #include "command.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
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  17 /**************************************************************************************************/
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  19 class GetCoreMicroBiomeCommand : public Command {
  20 public:
  21     GetCoreMicroBiomeCommand(string);
  22     GetCoreMicroBiomeCommand();
  23     ~GetCoreMicroBiomeCommand(){}
  24
  25     vector<string> setParameters();
  26     string getCommandName()                     { return "get.coremicrobiome";                  }
  27     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";                }
  28     //commmand category choices: Sequence Processing, OTU-Based Approaches, Hypothesis Testing, Phylotype Analysis, General, Clustering and Hidden
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  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.coremicrobiome"; }
  33     string getDescription()             { return "determines the fraction of OTUs that are found in varying numbers of samples for different minimum relative abundances"; }
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  35     int execute();
  36     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  38 private:
  39     string relabundfile, sharedfile, inputFileName, format, output;
  40     bool allLines;
  41     vector<string> Groups;
  42     set<string> labels;
  43     bool abort;
  44     string outputDir;
  45     vector<string> outputNames;
  46     int samples, abund;
  47
  48     int createTable(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  49
  50 };
  51
  52 /**************************************************************************************************/
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  55
  56
  57 #endif