fullmatrix.h

   1 #ifndef FULLMATRIX_H
   2 #define FULLMATRIX_H
   3 /*
   4  *  fullmatrix.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 3/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "progress.hpp"
  15
  16
  17 struct Names {
  18         string          seqName;
  19         string          groupName;
  20 };
  21
  22 class FullMatrix {
  23
  24 public:
  25         //FullMatrix(){ m = MothurOut::getInstance(); }
  26         FullMatrix(ifstream&, GroupMap*, bool);
  27         ~FullMatrix(){};
  28
  29         int getNumSeqs();
  30         vector<int> getSizes();
  31         vector<string> getGroups();
  32         void setGroups(vector<string> names) { groups = names;  }
  33         void setSizes(vector<int> s)             { sizes = s;           }
  34         int getNumGroups();
  35         void printMatrix(ostream&);
  36         float get(int, int);
  37         Names getRowInfo(int row)  {  return index[row];  }
  38
  39 private:
  40         vector< vector<float> > matrix;  //a 2D distance matrix of all the sequences and their distances to eachother.
  41         int readSquareMatrix(ifstream&);
  42         int readLTMatrix(ifstream&);
  43         vector<Names> index; // row in vector, sequence group.  need to know this so when we sort it can be updated.
  44         vector<int> sizes;
  45         vector<string> groups;
  46
  47         void sortGroups(int, int);  //this function sorts the sequences within the matrix.
  48         void swapRows(int, int);
  49
  50         GroupMap* groupmap;  //maps sequences to groups they belong to.
  51         int numSeqs;
  52         int numGroups;
  53         int numUserGroups;
  54         bool sim;
  55         MothurOut* m;
  56 };
  57
  58 #endif