filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   3 \r
   4 /*\r
   5  *  filterseqscommand.h\r
   6  *  Mothur\r
   7  *\r
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.\r
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 \r
  13 #include "command.hpp"\r
  14 #include "filters.h"\r
  15 \r
  16 class Sequence;\r
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         FilterSeqsCommand(string);\r
  21         FilterSeqsCommand();\r
  22         ~FilterSeqsCommand() {};\r
  23         \r
  24         vector<string> setParameters();\r
  25         string getCommandName()                 { return "filter.seqs";                 }\r
  26         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }\r
  27         \r
  28         string getHelpString(); \r
  29     string getOutputPattern(string);    \r
  30         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Filter.seqs"; }\r
  31         string getDescription()         { return "removes columns from alignments based on a criteria defined by the user"; }\r
  32         \r
  33         int execute(); \r
  34         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }  \r
  35         \r
  36 private:\r
  37         struct linePair {\r
  38                 unsigned long long start;\r
  39                 unsigned long long end;\r
  40                 linePair(unsigned long long i, unsigned long long j) : start(i), end(j) {}\r
  41         };\r
  42 \r
  43         vector<linePair*> lines;\r
  44         vector<int> processIDS;\r
  45     map<int, vector<unsigned long long> > savedPositions;\r
  46 \r
  47         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;\r
  48         vector<string> fastafileNames;  \r
  49         int alignmentLength, processors;\r
  50         vector<int> bufferSizes;\r
  51         vector<string> outputNames;\r
  52 \r
  53         char trump;\r
  54         bool abort;\r
  55         float soft;\r
  56         int numSeqs;\r
  57         \r
  58         string createFilter();\r
  59         int filterSequences();\r
  60         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);\r
  61         int createProcessesRunFilter(string, string, string);\r
  62         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);\r
  63         int driverCreateFilter(Filters& F, string filename, linePair* line);\r
  64         #ifdef USE_MPI\r
  65         int driverMPIRun(int, int, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);\r
  66         int MPICreateFilter(int, int, Filters&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);        \r
  67         #endif\r
  68         \r
  69 };\r
  70 \r
  71 \r
  72 /**************************************************************************************************/\r
  73 //custom data structure for threads to use.\r
  74 // This is passed by void pointer so it can be any data type\r
  75 // that can be passed using a single void pointer (LPVOID).\r
  76 struct filterData {\r
  77         Filters F;\r
  78     int count, tid, alignmentLength;\r
  79     unsigned long long start, end;\r
  80     MothurOut* m;\r
  81     string filename, vertical, hard;\r
  82     char trump;\r
  83     float soft;\r
  84         \r
  85         filterData(){}\r
  86         filterData(string fn, MothurOut* mout, unsigned long long st, unsigned long long en, int aLength, char tr, string vert, float so, string ha, int t) {\r
  87         filename = fn;\r
  88                 m = mout;\r
  89                 start = st;\r
  90                 end = en;\r
  91         tid = t;\r
  92         trump = tr;\r
  93         alignmentLength = aLength;\r
  94         vertical = vert;\r
  95         soft = so;\r
  96         hard = ha;\r
  97                 count = 0;\r
  98         }\r
  99 };\r
 100 /**************************************************************************************************/\r
 101 //custom data structure for threads to use.\r
 102 // This is passed by void pointer so it can be any data type\r
 103 // that can be passed using a single void pointer (LPVOID).\r
 104 struct filterRunData {\r
 105     int count, tid, alignmentLength;\r
 106     unsigned long long start, end;\r
 107     MothurOut* m;\r
 108     string filename;\r
 109     string filter, outputFilename;\r
 110         \r
 111         filterRunData(){}\r
 112         filterRunData(string f, string fn, string ofn, MothurOut* mout, unsigned long long st, unsigned long long en, int aLength, int t) {\r
 113         filter = f;\r
 114         outputFilename = ofn;\r
 115         filename = fn;\r
 116                 m = mout;\r
 117                 start = st;\r
 118                 end = en;\r
 119         tid = t;\r
 120         alignmentLength = aLength;\r
 121                 count = 0;\r
 122         }\r
 123 };\r
 124 \r
 125 /**************************************************************************************************/\r
 126 #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)\r
 127 #else\r
 128 static DWORD WINAPI MyCreateFilterThreadFunction(LPVOID lpParam){ \r
 129         filterData* pDataArray;\r
 130         pDataArray = (filterData*)lpParam;\r
 131         \r
 132         try {\r
 133 \r
 134                 if (pDataArray->soft != 0)                      {  pDataArray->F.setSoft(pDataArray->soft);             }\r
 135                 if (pDataArray->trump != '*')           {  pDataArray->F.setTrump(pDataArray->trump);   }\r
 136                 \r
 137                 pDataArray->F.setLength(pDataArray->alignmentLength);\r
 138                 \r
 139                 if(pDataArray->trump != '*' || pDataArray->m->isTrue(pDataArray->vertical) || pDataArray->soft != 0){\r
 140                         pDataArray->F.initialize();\r
 141                 }\r
 142                 \r
 143                 if(pDataArray->hard.compare("") != 0)   {       pDataArray->F.doHard(pDataArray->hard);         }\r
 144                 else                                            {       pDataArray->F.setFilter(string(pDataArray->alignmentLength, '1'));      }\r
 145         \r
 146                 ifstream in;\r
 147                 pDataArray->m->openInputFile(pDataArray->filename, in);\r
 148         \r
 149                 //print header if you are process 0\r
 150                 if ((pDataArray->start == 0) || (pDataArray->start == 1)) {\r
 151                         in.seekg(0);\r
 152                 }else { //this accounts for the difference in line endings. \r
 153                         in.seekg(pDataArray->start-1); pDataArray->m->gobble(in); \r
 154                 }\r
 155                 \r
 156                 pDataArray->count = 0;\r
 157                 for(int i = 0; i < pDataArray->end; i++){ //end is the number of sequences to process\r
 158                         \r
 159                         if (pDataArray->m->control_pressed) { in.close(); pDataArray->count = 1; return 1; }\r
 160                         \r
 161                         Sequence current(in); pDataArray->m->gobble(in); \r
 162                         \r
 163                         if (current.getName() != "") {\r
 164                                 if (current.getAligned().length() != pDataArray->alignmentLength) { pDataArray->m->mothurOut("Sequences are not all the same length, please correct."); pDataArray->m->mothurOutEndLine(); pDataArray->m->control_pressed = true;  }\r
 165                 \r
 166                 if(pDataArray->trump != '*')                    {       pDataArray->F.doTrump(current);         }\r
 167                 if(pDataArray->m->isTrue(pDataArray->vertical) || pDataArray->soft != 0)        {       pDataArray->F.getFreqs(current);        }\r
 168                         }\r
 169             pDataArray->count++;\r
 170             //report progress\r
 171                         if((i) % 100 == 0){     pDataArray->m->mothurOutJustToScreen(toString(i)+"\n");                 }\r
 172                 }\r
 173                 \r
 174         if((pDataArray->count) % 100 != 0){     pDataArray->m->mothurOutJustToScreen(toString(pDataArray->count)+"\n");                 }\r
 175         \r
 176                 in.close();\r
 177                 \r
 178                 return 0;\r
 179                 \r
 180         }\r
 181         catch(exception& e) {\r
 182                 pDataArray->m->errorOut(e, "FilterSeqsCommand", "MyCreateFilterThreadFunction");\r
 183                 exit(1);\r
 184         }\r
 185 } \r
 186 /**************************************************************************************************/\r
 187 static DWORD WINAPI MyRunFilterThreadFunction(LPVOID lpParam){ \r
 188         filterRunData* pDataArray;\r
 189         pDataArray = (filterRunData*)lpParam;\r
 190         \r
 191         try {\r
 192         \r
 193         ofstream out;\r
 194                 pDataArray->m->openOutputFile(pDataArray->outputFilename, out);\r
 195 \r
 196                 ifstream in;\r
 197                 pDataArray->m->openInputFile(pDataArray->filename, in);\r
 198         \r
 199                 //print header if you are process 0\r
 200                 if ((pDataArray->start == 0) || (pDataArray->start == 1)) {\r
 201                         in.seekg(0);\r
 202                 }else { //this accounts for the difference in line endings. \r
 203                         in.seekg(pDataArray->start-1); pDataArray->m->gobble(in); \r
 204                 }\r
 205                 \r
 206                 pDataArray->count = 0;\r
 207                 for(int i = 0; i < pDataArray->end; i++){ //end is the number of sequences to process\r
 208                         \r
 209                         if (pDataArray->m->control_pressed) { in.close(); out.close(); pDataArray->count = 1; return 1; }\r
 210                         \r
 211                         Sequence seq(in); pDataArray->m->gobble(in);\r
 212             if (seq.getName() != "") {\r
 213                 string align = seq.getAligned();\r
 214                 string filterSeq = "";\r
 215                 \r
 216                 for(int j=0;j<pDataArray->alignmentLength;j++){\r
 217                     if(pDataArray->filter[j] == '1'){\r
 218                         filterSeq += align[j];\r
 219                     }\r
 220                 }\r
 221                 \r
 222                 out << '>' << seq.getName() << endl << filterSeq << endl;\r
 223             }\r
 224             pDataArray->count++;\r
 225             //report progress\r
 226                         if((i) % 100 == 0){     pDataArray->m->mothurOutJustToScreen(toString(i)+"\n");                 }\r
 227                 }\r
 228                 \r
 229         if((pDataArray->count) % 100 != 0){     pDataArray->m->mothurOutJustToScreen(toString(pDataArray->count)+"\n");                 }\r
 230         \r
 231                 in.close();\r
 232         out.close();\r
 233                 \r
 234                 return 0;\r
 235                 \r
 236         }\r
 237         catch(exception& e) {\r
 238                 pDataArray->m->errorOut(e, "FilterSeqsCommand", "MyRunFilterThreadFunction");\r
 239                 exit(1);\r
 240         }\r
 241 } \r
 242 /**************************************************************************************************/\r
 243 #endif\r
 244 \r
 245 \r
 246 #endif\r