fileoutput.h

   1 #ifndef FILEOUTPUT_H
   2 #define FILEOUTPUT_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "mothurout.h"
   6
   7 /***********************************************************************/
   8
   9 class FileOutput {
  10
  11 public:
  12         FileOutput(){ m = MothurOut::getInstance(); }
  13         virtual ~FileOutput(){};
  14
  15         virtual void initFile(string) = 0;
  16         virtual void initFile(string, vector<string>) = 0;
  17         virtual void output(int, vector<double>) = 0;
  18         virtual void output(vector<double>) = 0;
  19         virtual void resetFile() = 0;
  20         virtual string getFileName() = 0;
  21
  22 protected:
  23         int renameOk;
  24         MothurOut* m;
  25
  26 };
  27
  28 /***********************************************************************/
  29
  30 class ThreeColumnFile : public FileOutput {
  31
  32 public:
  33         ThreeColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(n + ".temp") { };
  34         ~ThreeColumnFile();
  35         void initFile(string);
  36         void output(int, vector<double>);
  37         void resetFile();
  38         string getFileName()    { return inName;        };
  39
  40         void initFile(string, vector<string>){};
  41         void output(vector<double>) {};
  42
  43 private:
  44         string inName;
  45         string outName;
  46         ifstream inFile;
  47         ofstream outFile;
  48         int counter;
  49 };
  50
  51
  52 /***********************************************************************/
  53 class OneColumnFile : public FileOutput {
  54
  55
  56 public:
  57         OneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(n + ".temp") {};
  58         ~OneColumnFile();
  59         void output(int, vector<double>);
  60         void initFile(string);
  61         void resetFile();
  62         string getFileName()    { return inName;        };
  63
  64         void initFile(string, vector<string>) {};
  65         void output(vector<double>) {};
  66
  67
  68 private:
  69         string outName;
  70         ifstream inFile;
  71         string inName;
  72         ofstream outFile;
  73         int counter;
  74 };
  75
  76 /***********************************************************************/
  77 class SharedOneColumnFile : public FileOutput {
  78
  79
  80 public:
  81         SharedOneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(n + ".temp") {};
  82         ~SharedOneColumnFile();
  83         void output(int, vector<double>);
  84         void initFile(string);
  85         void resetFile();
  86         string getFileName()    { return inName;        };
  87
  88         void initFile(string, vector<string>) {};
  89         void output(vector<double>) {};
  90
  91
  92 private:
  93         string outName;
  94         ifstream inFile;
  95         string inName;
  96         ofstream outFile;
  97         int counter;
  98
  99 };
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 class SharedThreeColumnFile : public FileOutput {
 104
 105 public:
 106         SharedThreeColumnFile(string n, string groups) : FileOutput(), groupLabel(groups), inName(n), counter(0), numGroup(1), outName(n + ".temp") {   };
 107         ~SharedThreeColumnFile();
 108         void initFile(string);
 109         void output(int, vector<double>);
 110         void resetFile();
 111         string getFileName()    { return inName;        };
 112
 113
 114         void initFile(string, vector<string>) {};
 115         void output(vector<double>) {};
 116
 117 private:
 118         string inName, groupLabel;
 119         string outName;
 120         ifstream inFile;
 121         ofstream outFile;
 122         int counter, numGroup;
 123 };
 124
 125 /***********************************************************************/
 126 //used by parsimony, unifrac.weighted and unifrac.unweighted
 127 class ColumnFile : public FileOutput {
 128
 129 public:
 130         ColumnFile(string n, string i) : FileOutput(), iters(i), inName(n), counter(0), outName(n + ".temp") {};
 131         ~ColumnFile();
 132
 133         //to make compatible with parent class
 134         void output(int, vector<double>){};
 135         void initFile(string){};
 136
 137         void initFile(string, vector<string>);
 138         void output(vector<double>);
 139         void resetFile();
 140         string getFileName()    { return inName;        };
 141 private:
 142         string inName;
 143         string outName;
 144         ifstream inFile;
 145         ofstream outFile;
 146         int counter;
 147         string iters;
 148 };
 149
 150
 151
 152 #endif