fasta.h

   1 /*
   2  * fasta.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  12  * modification, are permitted provided that the following conditions
  13  * are met:
  14  *
  15  *  + Redistributions of source code must retain the above copyright
  16  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  17  *  + Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  18  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  19  *    the documentation and/or other materials provided with the
  20  *    distribution.
  21  *  + The names of its contributors may not be used to endorse or promote
  22  *    products derived  from this software without specific prior
  23  *    written permission.
  24  *
  25  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
  26  * AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
  27  * IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  28  * ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
  29  * LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  30  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  31  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  32  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  33  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  34  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * AUTHOR:
  40  *
  41  *   Luke Sheneman
  42  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  43  *
  44  */
  45
  46
  47 #ifndef _INC_NJ_FASTA_H_
  48 #define _INC_NJ_FASTA_H_ 1
  49
  50 #ifdef __cplusplus
  51 extern "C" {
  52 #endif
  53
  54 #include "clearcut.h"
  55
  56 #define NJ_INITIAL_BUFFER_SIZE   512
  57 #define NJ_INITIAL_NSEQS         64
  58
  59 #define NJ_FASTA_MODE_TITLE      100
  60 #define NJ_FASTA_MODE_SEQUENCE   101
  61 #define NJ_FASTA_MODE_NEWLINE    102
  62 #define NJ_FASTA_MODE_UNKNOWN    103
  63
  64
  65 typedef struct _STRUCT_NJ_ALIGNMENT {
  66
  67   long int nseq;
  68   long int length;
  69
  70   char **titles;
  71
  72   char *data;
  73
  74 } NJ_alignment;
  75
  76
  77 NJ_alignment *
  78 NJ_read_fasta(NJ_ARGS *nj_args);
  79
  80 void
  81 NJ_print_alignment(NJ_alignment *alignment);
  82
  83 void
  84 NJ_free_alignment(NJ_alignment *alignment);
  85
  86 int
  87 NJ_taxaname_unique(NJ_alignment *alignment);
  88
  89 #ifdef __cplusplus
  90 }
  91 #endif
  92
  93 #endif /* _INC_NJ_FASTA_H_ */
  94
  95
  96
  97