efron.cpp

   1 /*
   2  *  efron.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/13/09.
   6  *  Copyright 2009Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "efron.h"
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  12 /***********************************************************************/
  13 EstOutput Efron::getValues(SAbundVector* rank){
  14
  15         try {
  16                 data.resize(1,0);
  17
  18                 double n = (double)rank->getNumSeqs();
  19                 if(f > n || f == 0) {   f = n;  }
  20
  21                 double sum = 0;
  22                 for(int i = 1; i < rank->size(); i++){
  23                         sum += pow(-1., i+1) * pow(((double)f / n), i) * (double)(rank->get(i));
  24                 }
  25                 data[0] = sum;
  26
  27                 return data;
  28         }
  29         catch(exception& e) {
  30                 m->errorOut(e, "Efron", "getValues");
  31                 exit(1);
  32         }
  33 }
  34
  35
  36 /***********************************************************************/