dmat.h

   1 /*
   2  * dmat.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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  32  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  33  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  34  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * Distance matrix parser header file
  40  *
  41  *****************************************************************************
  42  *
  43  * AUTHOR:
  44  *
  45  *   Luke Sheneman
  46  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  47  */
  48
  49
  50 #ifndef _INC_DMAT_H_
  51 #define _INC_DMAT_H_ 1
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 extern "C" {
  55 #endif
  56
  57 #include "clearcut.h"
  58
  59
  60 #define NJ_INITIAL_BUFSIZE 32
  61
  62 #define NJ_NAME_STATE  100
  63 #define NJ_FLOAT_STATE 101
  64 #define NJ_WS_STATE    102
  65 #define NJ_EOF_STATE   103
  66
  67 #define NJ_PARSE_SYMMETRIC 100
  68 #define NJ_PARSE_LOWER     101
  69 #define NJ_PARSE_UPPER     102
  70 #define NJ_PARSE_UNKNOWN   103
  71
  72
  73 /* some data structures */
  74 typedef struct _NJ_DIST_TOKEN_STRUCT {
  75
  76   char *buf;
  77   long int bufsize;
  78   int type;
  79
  80 } NJ_DIST_TOKEN;
  81
  82
  83
  84 /* some function prototypes */
  85
  86 DMAT *
  87 NJ_parse_distance_matrix(NJ_ARGS *nj_args);
  88
  89 void
  90 NJ_output_matrix(NJ_ARGS *nj_args,
  91                  DMAT *dmat);
  92
  93 #ifdef __cplusplus
  94 }
  95 #endif
  96
  97 #endif /* _INC_DMAT_H_ */
  98