distclearcut.h

   1 /*
   2  * dist.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  12  * modification, are permitted provided that the following conditions
  13  * are met:
  14  *
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  33  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  34  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * Compute a distance matrix given a set of sequences
  40  *
  41  *****************************************************************************
  42  *
  43  * AUTHOR:
  44  *
  45  *   Luke Sheneman
  46  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  47  *
  48  */
  49
  50
  51 #ifndef _INC_DIST_H_
  52 #define _INC_DIST_H_ 1
  53
  54
  55 #ifdef __cplusplus
  56 extern "C" {
  57 #endif
  58
  59 #include "fasta.h"
  60 #include "clearcut.h"
  61
  62
  63
  64 /*
  65  * An arbitrarily large distance to represent distances
  66  * which are too great to accurately correct.
  67  */
  68 #define NJ_BIGDIST 10.0
  69
  70
  71
  72 /* some function prototypes */
  73 DMAT *
  74 NJ_build_distance_matrix(NJ_ARGS *nj_args);
  75
  76 DMAT *
  77 NJ_compute_dmat(NJ_ARGS *nj_args,
  78                 NJ_alignment *alignment);
  79
  80
  81 float
  82 NJ_pw_percentid(NJ_alignment *alignment,
  83                 long int x,
  84                 long int y);
  85
  86 long int
  87 NJ_pw_differences(NJ_alignment *alignment,
  88                   long int x,
  89                   long int y,
  90                   long int *residues);
  91
  92 void
  93 NJ_no_correction(DMAT *dmat,
  94                  NJ_alignment *alignment);
  95
  96 void
  97 NJ_DNA_jc_correction(DMAT *dmat,
  98                      NJ_alignment *alignment);
  99
 100 void
 101 NJ_PROTEIN_jc_correction(DMAT *dmat,
 102                          NJ_alignment *alignment);
 103
 104 void
 105 NJ_DNA_k2p_correction(DMAT *dmat,
 106                       NJ_alignment *alignment);
 107
 108 void
 109 NJ_PROTEIN_kimura_correction(DMAT *dmat,
 110                              NJ_alignment *alignment);
 111
 112 void
 113 NJ_DNA_count_tt(NJ_alignment *alignment,
 114                 long int x,
 115                 long int y,
 116                 long int *transitions,
 117                 long int *transversions,
 118                 long int *residues);
 119
 120 #ifdef __cplusplus
 121 }
 122 #endif
 123
 124 #endif /* _INC_DIST_H_ */
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