designmap.h

   1 //
   2 //  designmap.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 6/17/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef __Mothur__designmap__
  10 #define __Mothur__designmap__
  11
  12 #include "mothurout.h"
  13
  14 /* This class is a representation of the design file.
  15
  16  group    treatment    sex        age
  17  F000142    Early       female    young
  18  F000132    Late        male        old
  19  F000138    Mid         male        old
  20
  21
  22  */
  23
  24 class DesignMap {
  25 public:
  26         DesignMap() { m = MothurOut::getInstance(); defaultClass = "not found"; }
  27         DesignMap(string);
  28         ~DesignMap() {}
  29
  30     int read(string);
  31     string get(string, string); //groupName, category returns value. example F000132, sex -> male
  32     string get(string); //groupName, returns first categories value. example F000132, -> late
  33     vector<string> getValues(string); //categoryName, returns values. example treatment, -> early,late,mid
  34         int set(string, map<string, string>); //groupName, map<category, value>
  35     int push_back(string, vector<string>); //groupName, vector<value> - assumes you put values in order of getNamesOfCategories
  36         vector<string> getNamesOfCategories() {
  37                 sort(namesOfCategories.begin(), namesOfCategories.end());
  38         return namesOfCategories;
  39         }
  40     int getNumCategories() { return namesOfCategories.size(); }
  41         int getNum()  {  return designMap.size();  }
  42     int getNumUnique(map<string, vector<string> >); //get number of groups belonging to a category or set of categories, with value or a set of values. Must have all categories and values. Example:
  43     //  map<treatment - > early, late>, <sex -> male> would return 1. Only one group is male and from early or late.
  44     int getNumShared(map<string, vector<string> >); //get number of groups belonging to a category or set of categories, with value or a set of values. Must have at least one categories and values. Example:
  45     //  map<treatment - > early, late>, <sex -> male> would return 3. All three group have are either male or from early or late.
  46
  47     vector<string> getNames();
  48     vector<string> getNames(string, string); //get names group from category and value.
  49         vector<string> getNamesUnique(map<string, vector<string> >); //get names of groups belonging to a category or set of categories, with value or a set of values. Must have all categories and values. Example:
  50     //  map<treatment - > early, late>, <sex -> male> would return F000132. F000132 is the only group which is male and from early or late.
  51     vector<string> getNamesShared(map<string, vector<string> >); //get names of groups belonging to a category or set of categories, with value or a set of values. Must have at least one categories and values. Example:
  52     //  map<treatment - > early, late>, <sex -> male> would return F000132, F000142, F000138. All three group have are either male or from early or late.
  53
  54     int print(ofstream&);
  55     int print(ofstream&, vector<string>); //print certain categories
  56
  57     string getDefaultClass() { return defaultClass; }
  58
  59 private:
  60     string defaultClass;
  61         vector<string> namesOfCategories;
  62         MothurOut* m;
  63         vector< vector<string> > designMap;
  64     vector< map<string, int> > totalCategories;  //for each category, total groups assigned to it.   vector[0] early -> 1, vector[1] male -> 2
  65     map<string, int> indexNameMap;
  66     map<string, int> indexCategoryMap;
  67 };
  68
  69
  70 #endif /* defined(__Mothur__designmap__) */