dayhoff.h

   1 /*
   2  * dayhoff.h
   3  *
   4  * $Id$
   5  *
   6  *****************************************************************************
   7  *
   8  * Copyright (c) 2004,  Luke Sheneman
   9  * All rights reserved.
  10  *
  11  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  12  * modification, are permitted provided that the following conditions
  13  * are met:
  14  *
  15  *  + Redistributions of source code must retain the above copyright
  16  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  17  *  + Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  18  *    notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  19  *    the documentation and/or other materials provided with the
  20  *    distribution.
  21  *  + The names of its contributors may not be used to endorse or promote
  22  *    products derived  from this software without specific prior
  23  *    written permission.
  24  *
  25  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
  26  * AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
  27  * IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
  28  * ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
  29  * LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  30  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  31  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  32  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  33  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  34  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
  35  * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  36  *
  37  *****************************************************************************
  38  *
  39  * AUTHOR:
  40  *
  41  *   Luke Sheneman
  42  *   sheneman@cs.uidaho.edu
  43  *
  44  */
  45
  46
  47 #ifndef _INC_NJ_DAYHOFF_H_
  48 #define _INC_NJ_DAYHOFF_H_ 1
  49
  50 /*
  51  * As sequence divergence increases, we need to correct for multiple hits
  52  * when using Kimura distance correction method for amino acid sequences.
  53  *
  54  * This matrix of values represents the estimated "Accepted Point Mutations"
  55  * or PAMs for a range of amino acid sequence divergence, starting at 75%
  56  * up through 93% (in 0.1% increments).
  57  *
  58  * This model is derived from Dayhoff (1978).
  59  *
  60  * This Dayhoff matrix and the shortcut methods for dealing with Kimura
  61  * correction at high sequence divergence (> 75%) are derived from similar
  62  * work in Clustal W:
  63  *
  64  *     Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J., "CLUSTAL W:
  65  *     improving the sensitivity of progressive multiple sequence
  66  *     alignment through sequence weighting, position-specific gap
  67  *     penalties and weight matrix choice.",
  68  *     Nucleic Acids Research, 22:4673-4680, 1994
  69  *
  70  */
  71
  72
  73 int NJ_dayhoff[]={
  74   195,    196,    197,    198,    199,    200,    200,    201,    202,  203,
  75   204,    205,    206,    207,    208,    209,    209,    210,    211,  212,
  76   213,    214,    215,    216,    217,    218,    219,    220,    221,  222,
  77   223,    224,    226,    227,    228,    229,    230,    231,    232,  233,
  78   234,    236,    237,    238,    239,    240,    241,    243,    244,  245,
  79   246,    248,    249,    250,    252,    253,    254,    255,    257,  258,
  80   260,    261,    262,    264,    265,    267,    268,    270,    271,  273,
  81   274,    276,    277,    279,    281,    282,    284,    285,    287,  289,
  82   291,    292,    294,    296,    298,    299,    301,    303,    305,  307,
  83   309,    311,    313,    315,    317,    319,    321,    323,    325,  328,
  84   330,    332,    335,    337,    339,    342,    344,    347,    349,  352,
  85   354,    357,    360,    362,    365,    368,    371,    374,    377,  380,
  86   383,    386,    389,    393,    396,    399,    403,    407,    410,  414,
  87   418,    422,    426,    430,    434,    438,    442,    447,    451,  456,
  88   461,    466,    471,    476,    482,    487,    493,    498,    504,  511,
  89   517,    524,    531,    538,    545,    553,    560,    569,    577,  586,
  90   595,    605,    615,    626,    637,    649,    661,    675,    688,  703,
  91   719,    736,    754,    775,    796,    819,    845,    874,    907,  945,
  92   988
  93 };
  94
  95
  96
  97 #endif /* _INC_NJ_DAYHOFF_H_ */
  98
  99
 100