datavector.hpp

   1 #ifndef datavector_h
   2 #define datavector_h
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "mothurout.h"
   7
   8 /* This class is parent to listvector, ordervector, rabundvector, sabundvector, sharedordervector, sharedrabundvector, sharedsabundvector.
   9         The child classes all contain OTU information in different forms. */
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  12 class RAbundVector;
  13 class SAbundVector;
  14 class OrderVector;
  15 class SharedListVector;
  16 class SharedOrderVector;
  17 class SharedSAbundVector;
  18 class SharedRAbundVector;
  19 class SharedRAbundFloatVector;
  20 class GroupMap;
  21
  22 class DataVector {
  23
  24 public:
  25         DataVector(){ m = MothurOut::getInstance(); }// : maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  26         DataVector(string l) : label(l) { m = MothurOut::getInstance();};
  27         DataVector(const DataVector& dv) : label(dv.label){ m = MothurOut::getInstance();};//, maxRank(dv.maxRank), numBins(dv.numBins), numSeqs(dv.numSeqs) {};
  28         DataVector(ifstream&) {m = MothurOut::getInstance();}
  29         DataVector(ifstream&, GroupMap*){m = MothurOut::getInstance();}
  30         virtual ~DataVector(){};
  31
  32 //      virtual int getNumBins()        {       return numBins;         }
  33 //      virtual int getNumSeqs()        {       return numSeqs;         }
  34 //      virtual int getMaxRank()        {       return maxRank;         }
  35
  36         virtual void resize(int) = 0;
  37         virtual int size()      = 0;
  38         virtual void print(ostream&) = 0;
  39         virtual void printHeaders(ostream&) {};
  40         virtual void clear() = 0;
  41
  42         void setLabel(string l)         {       label = l;                      }
  43         string getLabel()                       {       return label;           }
  44
  45         virtual RAbundVector getRAbundVector() = 0;
  46         virtual SAbundVector getSAbundVector() = 0;
  47         virtual OrderVector getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL) = 0;
  48
  49 protected:
  50         string label;
  51         MothurOut* m;
  52 //      int maxRank;
  53 //      int numBins;
  54 //      int numSeqs;
  55 };
  56
  57 /***********************************************************************/
  58
  59 #endif