database.hpp

   1 #ifndef DATABASE_HPP
   2 #define DATABASE_HPP
   3
   4 /*
   5  *  database.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to blastdb, kmerdb, suffixdb.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "sequence.hpp"
  18
  19 /**************************************************************************************************/
  20 struct seqMatch {  //used to select top n matches
  21                 int seq;
  22                 int match;
  23                 seqMatch() {}
  24                 seqMatch(int s, int m) : seq(s), match(m) {}
  25 };
  26 /**************************************************************************************************/
  27 inline bool compareSeqMatches (seqMatch member, seqMatch member2){ //sorts largest to smallest
  28         if(member.match > member2.match){
  29                 return true;   }
  30         else{
  31                 return false;
  32         }
  33 }
  34 /**************************************************************************************************/
  35 inline bool compareSeqMatchesReverse (seqMatch member, seqMatch member2){ //sorts largest to smallest
  36         if(member.match < member2.match){
  37                 return true;   }
  38         else{
  39                 return false;
  40         }
  41 }
  42
  43 /**************************************************************************************************/
  44 class Database {
  45
  46 public:
  47         Database();
  48         virtual ~Database();
  49         virtual void generateDB() = 0;
  50         virtual void addSequence(Sequence) = 0;  //add sequence to search engine
  51         virtual string getName(int) { return ""; }
  52         virtual vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int) = 0;  // returns indexes of n closest sequences to query
  53         virtual vector<int> findClosestMegaBlast(Sequence*, int, int){return results;}
  54         virtual float getSearchScore();
  55         virtual vector<float> getSearchScores() { return Scores; } //assumes you already called findClosestMegaBlast
  56         virtual int getLongestBase();
  57         virtual void readKmerDB(ifstream&){};
  58         virtual void setNumSeqs(int i) {        numSeqs = i;    }
  59         virtual vector<int> getSequencesWithKmer(int){ vector<int> filler; return filler; };
  60         virtual int getReversed(int) { return 0; }
  61         virtual int getMaxKmer(){       return 1;       }
  62
  63 protected:
  64         MothurOut* m;
  65         int numSeqs, longest;
  66         float searchScore;
  67         vector<int> results;
  68         vector<float> Scores;
  69 };
  70 /**************************************************************************************************/
  71 #endif