consensus.h

   1 #ifndef CONCENSUS_H
   2 #define CONCENSUS_H
   3 /*
   4  *  consensus.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/29/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS AMherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "tree.h"
  14 #include "treemap.h"
  15
  16 //NOTE: This class assumes all leaf nodes have 1 member.
  17 //      Mothur does allow for names files with trees which would make a tree with multiple members at one leaf.
  18 //      This class is currently only called internally by commands that have leaf node containing only 1 member.
  19 //      But if in the future, this changes things will need to be reworked in getSets and buildConsensus.
  20
  21
  22 class Consensus {
  23
  24 public:
  25         Consensus() { m = MothurOut::getInstance(); }
  26         ~Consensus() {}
  27
  28     Tree* getTree(vector<Tree*>&);
  29
  30 private:
  31     MothurOut* m;
  32     Tree* consensusTree;
  33
  34     vector<string> treeSet;             //set containing all members of the tree to start recursion.  filled in getSets().
  35         map< vector<string>, int > nodePairs;  //<map of possible combinations these combos are the pcounts or descendants info, to how many times they occured
  36                                                                                 // ie. combos FI and EGK would create nodePairs[vector containing F and I] = 1; nodePairs[vector containing E, G and K] = 1
  37                                                                                 // if you saw the combo FI again in another tree you would then update nodePairs[vector containing F and I] = 2;
  38                                                                                 // requires vectors to be sorted to find key.
  39         map< vector<string>, vector< vector<string> > > bestSplit;  //maps a group to its best split
  40         map< vector<string>, int > nodePairsInitialRate;
  41         map< vector<string>, int > nodePairsInTree;
  42         map<string, int>::iterator it;
  43         map< vector<string>, int>::iterator it2;
  44         string outputFile, notIncluded, filename;
  45         int numNodes, numLeaves, count, numTrees;  //count is the next available spot in the tree vector
  46         vector<string> outputNames;
  47
  48         int getSets(vector<Tree*>&);
  49         int getSubgroupRating(vector<string>);
  50         vector<string> getSmallest(map< vector<string>, int>);
  51         vector<string> getNextAvailableSet(vector<string>, vector<string>&);
  52         vector<string> getRestSet(vector<string>, vector<string>);
  53         bool isSubset(vector<string>, vector<string>);
  54         int findSpot(string);
  55         int buildConsensusTree(vector<string>);
  56     int printSetsInfo();
  57
  58 };
  59
  60 #endif
  61