communitytype.h

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   2 //  communitytype.h
   3 //  Mothur
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   5 //  Created by SarahsWork on 12/3/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef Mothur_communitytype_h
  10 #define Mothur_communitytype_h
  11
  12 #define EPSILON numeric_limits<double>::epsilon()
  13
  14
  15 #include "mothurout.h"
  16 #include "linearalgebra.h"
  17 /**************************************************************************************************/
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  19 class CommunityTypeFinder {
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  21 public:
  22         CommunityTypeFinder(){  m = MothurOut::getInstance();  }
  23         virtual ~CommunityTypeFinder(){};
  24
  25     virtual void printZMatrix(string, vector<string>);
  26     virtual void printRelAbund(string, vector<string>);
  27     virtual void printFitData(ofstream&) {}
  28     virtual void printFitData(ostream&, double) {}
  29     virtual void printSilData(ofstream&, double, vector<double>);
  30     virtual void printSilData(ostream&, double, vector<double>);
  31
  32     virtual double getNLL()     {    return currNLL;        }
  33     virtual double getAIC()     {    return aic;            }
  34     virtual double getBIC()     {    return bic;            }
  35     virtual double getLogDet()  {    return logDeterminant; }
  36     virtual double getLaplace() {    return laplace;        }
  37
  38     virtual double calcCHIndex(vector< vector< double> >); //Calinski-Harabasz
  39     virtual vector<double> calcSilhouettes(vector< vector< double> >);
  40
  41
  42 protected:
  43
  44     int findkMeans();
  45     vector<vector<double> > getHessian();
  46     double psi1(double);
  47     double psi(double);
  48     double cheb_eval(const double[], int, double);
  49     double rMedoid(vector< vector<double> > x, vector< vector<double> > d);
  50     vector<vector<double> > calcCenters(vector<vector<double> >&, map<int, int>, vector<vector<double> >&);
  51
  52
  53         MothurOut* m;
  54     vector<vector<double> > zMatrix;
  55     vector<vector<double> > lambdaMatrix;
  56     vector<vector<double> > error;
  57     vector<vector<int> > countMatrix;
  58     vector<double> weights;
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  61
  62     int numPartitions;
  63     int numSamples;
  64     int numOTUs;
  65     int currentPartition;
  66
  67     double currNLL, aic, bic, logDeterminant, laplace;
  68
  69
  70 };
  71
  72 /**************************************************************************************************/
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  75
  76
  77 #endif