clusterdoturcommand.h

   1 #ifndef CLUSTERDOTURCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERDOTURCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  clusterdoturcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/27/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "nameassignment.hpp"
  15 #include "rabundvector.hpp"
  16 #include "sabundvector.hpp"
  17 #include "listvector.hpp"
  18
  19
  20 class ClusterDoturCommand : public Command {
  21
  22 public:
  23         ClusterDoturCommand(string);
  24         ClusterDoturCommand();
  25         ~ClusterDoturCommand(){}
  26
  27         vector<string> setParameters();
  28         string getCommandName()                 { return "cluster.classic";             }
  29         string getCommandCategory()             { return "Clustering";                  }
  30
  31         string getHelpString();
  32     string getOutputPattern(string);
  33         string getCitation() { return "Schloss PD, Westcott SL (2011). Assessing and improving methods used in OTU-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol 77:3219.\nSchloss PD, Handelsman J (2005). Introducing DOTUR, a computer program for defining operational taxonomic units and estimating species richness. Appl Environ Microbiol 71: 1501-6.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Cluster.classic\n";}
  34         string getDescription()         { return "cluster your sequences into OTUs using DOTUR’s method"; }
  35
  36         int execute();
  37         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  38
  39 private:
  40         bool abort, hard, sim;
  41         string method, fileroot, tag, outputDir, phylipfile, namefile, countfile;
  42         double cutoff;
  43         int precision, length;
  44         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  45         NameAssignment* nameMap;
  46         ListVector* list;
  47         RAbundVector* rabund;
  48         RAbundVector oldRAbund;
  49         ListVector oldList;
  50
  51         void printData(string label);
  52         vector<string> outputNames;
  53 };
  54
  55 #endif
  56