cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5
   6 #include "mothur.h"
   7 #include "sparsedistancematrix.h"
   8 #include "mothurout.h"
   9
  10 class RAbundVector;
  11 class ListVector;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  17     virtual ~Cluster() {}
  18     virtual void update(double&);
  19         virtual string getTag() = 0;
  20         virtual void setMapWanted(bool m);
  21         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  22
  23 protected:
  24         virtual bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell) = 0;
  25
  26         virtual void clusterBins();
  27         virtual void clusterNames();
  28         virtual void updateMap();
  29
  30         RAbundVector* rabund;
  31         ListVector* list;
  32         SparseDistanceMatrix* dMatrix;
  33
  34         ull smallRow;
  35         ull smallCol;
  36         float smallDist;
  37         bool mapWanted;
  38         float cutoff;
  39         map<string, int> seq2Bin;
  40         string method;
  41
  42         ull nRowCells;
  43         ull nColCells;
  44         MothurOut* m;
  45 };
  46
  47 /***********************************************************************/
  48
  49 class CompleteLinkage : public Cluster {
  50 public:
  51         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  52         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  53         string getTag();
  54
  55 private:
  56
  57 };
  58
  59 /***********************************************************************/
  60
  61 class SingleLinkage : public Cluster {
  62 public:
  63         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  64     void update(double&);
  65         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  66         string getTag();
  67
  68 private:
  69
  70 };
  71
  72 /***********************************************************************/
  73
  74 class AverageLinkage : public Cluster {
  75 public:
  76         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  77         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  78         string getTag();
  79
  80 private:
  81         int saveRow;
  82         int saveCol;
  83         int rowBin;
  84         int colBin;
  85         int totalBin;
  86
  87 };
  88
  89 /***********************************************************************/
  90
  91 class WeightedLinkage : public Cluster {
  92 public:
  93         WeightedLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  94         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  95         string getTag();
  96
  97 private:
  98         int saveRow;
  99         int saveCol;
 100 };
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104
 105
 106 #endif