classify.h

   1 #ifndef CLASSIFY_H
   2 #define CLASSIFY_H
   3
   4 /*
   5  *  classify.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to bayesian, knn.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "database.hpp"
  18 #include "phylotree.h"
  19
  20 class Sequence;
  21
  22 /**************************************************************************************************/
  23
  24 class Classify {
  25
  26 public:
  27         Classify();
  28         virtual ~Classify(){};
  29         virtual string getTaxonomy(Sequence*) = 0;
  30         virtual string getSimpleTax()  { return simpleTax;      }
  31         virtual bool getFlipped()  { return flipped;    }
  32         virtual void generateDatabaseAndNames(string, string, string, int, float, float, float, float);
  33         virtual void setDistName(string s) {} //for knn, so if distance method is selected with knn you can create the smallest distance file in the right place.
  34
  35 protected:
  36
  37         map<string, string> taxonomy;  //name maps to taxonomy
  38         map<string, int>::iterator itTax;
  39         map<string, string>::iterator it;
  40         Database* database;
  41         PhyloTree* phyloTree;
  42
  43         string taxFile, templateFile, simpleTax;
  44         vector<string> names;
  45         int threadID, numLevels, numTaxa;
  46         bool flip, flipped, shortcuts;
  47
  48         int readTaxonomy(string);
  49         vector<string> parseTax(string);
  50     double getLogExpSum(vector<double>, int&);
  51         MothurOut* m;
  52
  53 };
  54
  55 /**************************************************************************************************/
  56
  57 #endif
  58