chimerarealigner.h

   1 #ifndef CHIMERAREALIGNER_H
   2 #define CHIMERAREALIGNER_H
   3
   4 /*
   5  *  chimerarealigner.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 2/12/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "chimera.h"
  14 #include "alignment.hpp"
  15
  16 /***********************************************************/
  17
  18 struct AlignCell {
  19         int score;
  20         char direction;
  21         AlignCell() : score(0), direction('x') {};
  22 };
  23
  24 /***********************************************************/
  25
  26 struct  bases {
  27         int A, T, G, C, Gap, Chars;
  28         bases() : A(0), T(0), G(0), C(0), Gap(0), Chars(0){};
  29 };
  30
  31 /***********************************************************/
  32
  33
  34 class ChimeraReAligner  {
  35
  36 public:
  37         ChimeraReAligner();
  38         ~ChimeraReAligner();
  39
  40         void reAlign(Sequence*, vector<string>);
  41
  42 private:
  43         void buildTemplateProfile(vector<string>);
  44         void createAlignMatrix(int, int);
  45         void fillAlignMatrix(string);
  46         int calcMatchScore(bases, char);
  47         string getNewAlignment(string);
  48
  49         int alignmentLength;
  50         vector<bases> profile;
  51         vector<vector<AlignCell> > alignMatrix;
  52
  53         MothurOut* m;
  54 };
  55
  56 /***********************************************************/
  57
  58 #endif
  59