calcsparcc.h

   1
   2 #ifndef PDSSparCC_runSparcc_h
   3 #define PDSSparCC_runSparcc_h
   4
   5 //
   6 //  runSparcc.h
   7 //  PDSSparCC
   8 //
   9 //  Created by Patrick Schloss on 10/31/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 University of Michigan. All rights reserved.
  11 //
  12
  13 /**************************************************************************************************/
  14
  15 //#include "sparcc.h"
  16 #include "randomnumber.h"
  17 #include "mothurout.h"
  18
  19 /**************************************************************************************************/
  20
  21 class CalcSparcc {
  22
  23 public:
  24         CalcSparcc(vector<vector<float> >, int, int, string);
  25     vector<vector<float> > getRho()    {   return median;  }
  26 private:
  27     MothurOut* m;
  28     void addPseudoCount(vector<vector<float> >&);
  29     vector<float> getLogFractions(vector<vector<float> >, string);
  30     void getT_Matrix(vector<float>);
  31
  32
  33     void getT_Vector();
  34     void getD_Matrix();
  35     vector<float> getBasisVariances();
  36     vector<vector<float> > getBasisCorrelations(vector<float>);
  37     float getExcludedPairs(vector<vector<float> >, int&, int&);
  38     void excludeValues(int, int);
  39     void getMedian(vector<vector<vector<float> > >);
  40
  41     vector<float> tMatrix;
  42
  43     vector<vector<float> > dMatrix;
  44     vector<float> tVector;
  45     vector<vector<int> > excluded;
  46     vector<vector<float> > median;
  47
  48     int numOTUs;
  49     int numGroups;
  50     string normalizationMethod;
  51
  52     RandomNumberGenerator RNG;
  53 };
  54
  55 #endif
  56
  57 /**************************************************************************************************/