blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class BlastDB : public Database {
  17
  18 public:
  19         BlastDB(string, float, float, float, float, string, int);
  20         BlastDB(string, int);
  21         ~BlastDB();
  22
  23         void generateDB();
  24         void addSequence(Sequence);
  25         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  26         vector<int> findClosestMegaBlast(Sequence*, int, int);
  27
  28 private:
  29
  30         string scrubName(string);
  31
  32         string dbFileName;
  33         string queryFileName;
  34         string blastFileName;
  35         string path;
  36
  37         int count, threadID;
  38         float gapOpen;
  39         float gapExtend;
  40         float match;
  41         float misMatch;
  42
  43 };
  44
  45 #endif