bergerparker.cpp

   1 /*
   2  *  ssbp.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 3/6/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "bergerparker.h"
  11
  12 /***************************************************************/
  13
  14 EstOutput BergerParker::getValues(SAbundVector* rank){
  15         try {
  16                 data.resize(1,0);
  17                 //Berger-Parker index
  18                 double BP = (double)rank->getMaxRank() / (double)rank->getNumSeqs();
  19
  20                 data[0] = BP;
  21                 if (isnan(data[0]) || isinf(data[0])) { data[0] = 0; }
  22
  23                 return data;
  24         }
  25         catch(exception& e) {
  26                 m->errorOut(e, "BergerParker", "getValues");
  27                 exit(1);
  28         }
  29 }
  30
  31 /***********************************************************************/
  32