averagelinkage.cpp

   1 #ifndef AVERAGE_H
   2 #define AVERAGE_H
   3
   4 //test
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "cluster.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "sparsedistancematrix.h"
   9
  10 /* This class implements the average UPGMA, average neighbor clustering algorithm */
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 AverageLinkage::AverageLinkage(RAbundVector* rav, ListVector* lv, SparseDistanceMatrix* dm, float c, string s, float a) :
  15 Cluster(rav, lv, dm, c, s, a)
  16 {
  17         saveRow = -1;
  18         saveCol = -1;
  19 }
  20
  21
  22 /***********************************************************************/
  23 //This function returns the tag of the method.
  24 string AverageLinkage::getTag() {
  25         return("an");
  26 }
  27
  28
  29 /***********************************************************************/
  30 //This function updates the distance based on the average linkage method.
  31 bool AverageLinkage::updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell) {
  32         try {
  33                 if ((saveRow != smallRow) || (saveCol != smallCol)) {
  34                         rowBin = rabund->get(smallRow);
  35                         colBin = rabund->get(smallCol);
  36                         totalBin = rowBin + colBin;
  37                         saveRow = smallRow;
  38                         saveCol = smallCol;
  39                 }
  40                 //cout << "colcell.dist = " << colCell.dist << '\t' << smallRow << '\t' << smallCol << '\t' << rowCell.dist << endl;
  41                 colCell.dist = (colBin * colCell.dist + rowBin * rowCell.dist) / totalBin;
  42
  43                 return(true);
  44         }
  45         catch(exception& e) {
  46                 m->errorOut(e, "AverageLinkage", "updateDistance");
  47                 exit(1);
  48         }
  49 }
  50
  51 /***********************************************************************/
  52
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #endif