aligntree.h

   1 //
   2 //  alignTree.h
   3 //  pdsBayesian
   4 //
   5 //  Created by Patrick Schloss on 4/3/12.
   6 //  Copyright (c) 2012 University of Michigan. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef pdsBayesian_alignTree_h
  10 #define pdsBayesian_alignTree_h
  11
  12 #include "classify.h"
  13
  14 class AlignNode;
  15
  16 class AlignTree : public Classify {
  17
  18 public:
  19         AlignTree(string, string, int);
  20         ~AlignTree();
  21         string getTaxonomy(Sequence*);
  22
  23 private:
  24     int addTaxonomyToTree(string, string&, string&);
  25         double getOutlierLogProbability(string&);
  26         int getMinRiskIndexAlign(string&, vector<int>&, vector<double>&);
  27         int aggregateThetas();
  28         int sanityCheck(vector<vector<int> >&, vector<int>&);
  29
  30         int numSeqs, confidenceThreshold, length;
  31         vector<AlignNode*> tree;
  32 };
  33
  34 #endif