alignment.hpp

   1 #ifndef DPALIGNMENT_H
   2 #define DPALIGNMENT_H
   3
   4 /*
   5  *  dpalignment.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *  This is a class for an abstract datatype for classes that implement various types of alignment      algorithms.
  12  *      As of 12/18/08 these included alignments based on blastn, needleman-wunsch, and the     Gotoh algorithms
  13  *
  14  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "alignmentcell.hpp"
  18
  19 /**************************************************************************************************/
  20
  21 class Alignment {
  22
  23 public:
  24         Alignment(int);
  25         Alignment();
  26         virtual ~Alignment();
  27         virtual void align(string, string) = 0;
  28     virtual void alignPrimer(string, string) {}
  29
  30
  31 //      float getAlignmentScore();
  32         string getSeqAAln();
  33         string getSeqBAln();
  34     map<int, int> getSeqAAlnBaseMap();
  35     map<int, int> getSeqBAlnBaseMap();
  36         int getCandidateStartPos();
  37         int getCandidateEndPos();
  38         int getTemplateStartPos();
  39         int getTemplateEndPos();
  40
  41         int getPairwiseLength();
  42         void resize(int);
  43         int getnRows() { return nRows; }
  44 //      int getLongestTemplateGap();
  45
  46 protected:
  47         void traceBack();
  48         string seqA, seqAaln;
  49         string seqB, seqBaln;
  50         int seqAstart, seqAend;
  51         int seqBstart, seqBend;
  52         int pairwiseLength;
  53         int nRows, nCols, lA, lB;
  54         vector<vector<AlignmentCell> > alignment;
  55     map<int, int> ABaseMap;
  56     map<int, int> BBaseMap;
  57         MothurOut* m;
  58 };
  59
  60 /**************************************************************************************************/
  61
  62 #endif