emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'diminish)
  75   (require 'bind-key)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-theme
 138   :ensure t
 139   :init
 140   (load-theme 'spacemacs-dark)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356   (use-package yasnippet
 357     :ensure t
 358     :diminish yas-minor-mode
 359     :config (progn
 360               (yas-global-mode)
 361               (setq yas-verbosity 1)
 362               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 365               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                                'yas-hippie-try-expand)
 369               (yas-reload-all)
 370               )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546     (interactive "P")
 547     (cond
 548      ;; if a region is active, indent
 549      ((use-region-p)
 550       (indent-region (region-beginning)
 551                      (region-end)))
 552      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (or (looking-at " ")
 555                (looking-at "$"))
 556            (looking-back "[^[:space:]]")
 557            (not (looking-back "^")))
 558
 559       (cond (company-mode (company-complete-common))
 560             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562      ;; no whitespace anywhere
 563      ((and (not (active-minibuffer-window))
 564            (looking-at "[^[:space:]]")
 565            (looking-back "[^[:space:]]")
 566            (not (looking-back "^")))
 567       (cond
 568        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571         (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573      ;; by default just call whatever was bound
 574      (t
 575       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 576                     'indent-for-tab-command)))
 577         (if (not (called-interactively-p 'any))
 578             (fn arg)
 579           (setq this-command fn)
 580           (call-interactively fn))))))
 581
 582   (defun malb/toggle-fold ()
 583     (interactive)
 584     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585            (org-force-cycle-archived))
 586           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587            (save-excursion
 588              (end-of-line)
 589              (hs-toggle-hiding)))
 590
 591           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592            (save-excursion
 593              (outline-cycle)))))
 594
 595   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 624     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 625     )
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Perl
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package cperl-mode
 631     :config
 632     (progn
 633       ;; Use c-mode for perl .xs files
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 635       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 638       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 639       (setq cperl-hairy t
 640             cperl-indent-level 4
 641             cperl-auto-newline nil
 642             cperl-auto-newline-after-colon nil
 643             cperl-continued-statement-offset 4
 644             cperl-brace-offset -1
 645             cperl-continued-brace-offset 0
 646             cperl-label-offset -4
 647             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 648             cperl-electric-lbrace-space nil
 649             cperl-indent-parens-as-block nil
 650             cperl-close-paren-offset -1
 651             cperl-tab-always-indent t)
 652       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 653   ))
 654 #+END_SRC
 655
 656 ** Markdown mode
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658   (use-package markdown-mode
 659     :ensure t
 660     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 661            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 662            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 663            )
 664     :config
 665     (setq markdown-enable-math t)
 666     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 667     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 669     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 670     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 671   )
 672
 673 #+END_SRC
 674 ** SQL mode
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   ; load sql-indent when sql is loaded
 677 (use-package sql
 678   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 679   :config
 680   (require sql-indent))
 681 #+END_SRC
 682 ** Ediff
 683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 684   (use-package ediff
 685     :commands ediff ediff3
 686     :ensure f
 687     :config
 688     ;; ediff configuration
 689     ;; don't use the multi-window configuration
 690     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 691   )
 692 #+END_SRC
 693 ** Do the Right Thing Indenting
 694 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 695 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 696 (use-package dtrt-indent
 697   :ensure t
 698 )
 699 #+END_SRC
 700 ** VCL --editing varnish configuration files
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (use-package vcl-mode
 703     :ensure t
 704     :mode "\\.vcl\\'"
 705     )
 706
 707 #+END_SRC
 708 ** Helm
 709 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 710   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 711     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 712     (interactive)
 713     (unless helm-source-buffers-list
 714       (setq helm-source-buffers-list
 715             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 716     (helm-other-buffer
 717      (append
 718
 719      (if (projectile-project-p)
 720           '(helm-source-projectile-buffers-list
 721             helm-source-buffers-list)
 722         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 723
 724       `(((name . "Virtual Workspace")
 725          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 726                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 727          (action . (lambda (candidate)
 728                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 729
 730       (if (projectile-project-p)
 731           '(helm-source-projectile-recentf-list
 732             helm-source-recentf)
 733         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 734
 735       ;; always make some common files easily accessible
 736       ;;'(((name . "Common Files")
 737        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 738         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 739
 740       '(helm-source-files-in-current-dir
 741         helm-source-locate
 742         helm-source-bookmarks
 743         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 744         ))
 745      "*Helm all the things*"))
 746   (use-package helm
 747     :ensure helm
 748     :diminish helm-mode
 749     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 750            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 751            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 753            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 754     :config
 755     (require 'helm-config)
 756     (require 'helm-for-files)
 757     (require 'helm-bookmark)
 758
 759     (helm-mode 1)
 760     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 761     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 762     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 763     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 764     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 765       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 766       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 767     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 768   )
 769 #+END_SRC
 770 *** Helm Flx
 771
 772  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 773
 774  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 775  (use-package helm-flx
 776    :ensure t
 777    :config (progn
 778              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 779              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 780                    helm-bookmark-show-location           t
 781                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 782                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 783                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 784                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 785                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 786                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 787                    helm-quick-update                     t
 788                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 789                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 790              (helm-flx-mode +1)))
 791  #+END_SRC
 792 *** Helm Swoop
 793 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 794
 795   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 796   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 797     (thing-at-point 'symbol))
 798     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 799     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 800           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 801           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 802           ein:notebook-multilang-mode))
 803
 804     (defun malb/swoop-or-search ()
 805       (interactive)
 806       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 807               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 808           (isearch-forward)
 809         (helm-swoop)))
 810
 811     (use-package helm-swoop
 812       :ensure t
 813       :commands helm-swoop
 814       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 815              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 816              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 817       :config (progn
 818
 819                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 820                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 821                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 822                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 823                       helm-swoop-speed-or-color t)
 824
 825                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 826                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 827                   (interactive)
 828                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 829                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 830                           (previous-history-element 1)
 831                         (helm-next-line))
 832                     (helm-next-line)))
 833
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 835                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 839                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 840       )
 841
 842 #+END_SRC
 843 *** Helm Ag
 844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 845 (use-package helm-ag
 846   :ensure t
 847   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 848                 helm-ag-command-option "--all-text"
 849                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 850                 helm-ag-fuzzy-match t
 851                 helm-ag-use-temp-buffer t
 852                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 853                 helm-ag-use-agignore t))
 854 #+END_SRC
 855 *** Helm Descbinds
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-descbinds
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 860     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 861 #+END_SRC
 862
 863 *** Helm YaSnippet
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-c-yasnippet
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 868     :config (progn
 869               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 870 #+END_SRC
 871 *** Helm Org Rifle
 872 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 873   (use-package helm-org-rifle
 874     :ensure t
 875     :config (progn
 876               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 877                 (interactive "p")
 878                 (let ((current-prefix-arg nil))
 879                   (cond
 880                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 881                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 882                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 883 #+END_SRC
 884 *** Helm Google
 885 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 887   (use-package helm-google
 888     :ensure t
 889     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 890     :config
 891     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 892                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 893                                          (let ((url
 894                                                 (replace-regexp-in-string
 895                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 896                                                  "\\1" candidate)))
 897                                            (kill-new url))))
 898                         t
 899                         )
 900
 901            (add-to-list 'helm-google-actions
 902                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 903                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 904                                                      (url
 905                                                       (replace-regexp-in-string
 906                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 907                                                        "\\1" candidate)))
 908                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 909                         t)
 910            ))
 911 #+END_SRC
 912
 913 ** Projectile -- Project management
 914 #+begin_src emacs-lisp
 915   (use-package projectile
 916     :ensure t
 917     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 918            ("<f6>" . next-error))
 919     :config (progn
 920               (use-package magit :ensure t)
 921               (require 'helm-projectile)
 922               (helm-projectile-on)
 923
 924               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 925                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 926                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 927
 928               (projectile-global-mode)))
 929 #+end_src
 930
 931 *** helm integration
 932 #+begin_src emacs-lisp
 933   (use-package helm-projectile
 934     :ensure t
 935     :config (progn
 936               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 937                 (helm-build-dummy-source
 938                     "Create file"
 939                   :action 'find-file))
 940
 941               (add-to-list
 942                'helm-projectile-sources-list
 943                malb/helm-source-file-not-found t)
 944
 945               (helm-delete-action-from-source
 946                "Grep in projects `C-s'"
 947                helm-source-projectile-projects)
 948
 949               (helm-add-action-to-source
 950                "Grep in projects `C-s'"
 951                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 952 #+end_src
 953 ** Zap to char
 954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 955   (use-package avy-zap
 956     :ensure t
 957     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 958 #+END_SRC
 959 ** Hydra
 960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 961   (use-package hydra
 962     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 964            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 965            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 966            )
 967     :config
 968     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 969     "
 970   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 971   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 972   _p_: read papers      _R_: paper notes
 973   _h_: hpcbio
 974   _q_: quit
 975   _z_: quit
 976   "
 977     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 978     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 979     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 980     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 981     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 982     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 983     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 984     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 985     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 986     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 987     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 988     ("q" nil "quit")
 989     ("z" nil "quit")
 990     )
 991
 992     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 993     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 994     "
 995   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 996   ^^^^^^------------------------------------------------------
 997   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 998   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 999   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1000   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1001   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1002   _d_: subtree
1003
1004   "
1005     ;; Hide
1006     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1007     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1008     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1009     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1010     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1011     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1012     ;; Show
1013     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1014     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1015     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1016     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1017     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1018     ;; Move
1019     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1020     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1021     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1022     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1023     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1024     ("z" nil "leave"))
1025   )
1026 #+END_SRC
1027
1028 ** Tramp
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package tramp
1031     :config
1032     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1033                                   (tramp-login-program "vcsh")
1034                                   (tramp-login-args
1035                                    (("enter")
1036                                     ("%h")))
1037                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1038                                   (tramp-remote-shell-args
1039                                    ("-c")))))
1040 #+END_SRC
1041 ** Reftex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package reftex
1044     :ensure t
1045     :config
1046     (setq-default reftex-default-bibliography
1047                     '("~/projects/research/references.bib")))
1048 #+END_SRC
1049 ** BibTex
1050 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1051   (use-package bibtex
1052     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                           ("abstract" "")
1055                   ("pmid" "")
1056                   ("doi" ""))))
1057     )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062   (use-package tex
1063     :defer t
1064     :ensure auctex
1065     :config
1066     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1068     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1069     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1070     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1071     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1072     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1073     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1074     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1075     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1076     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1077
1078     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1079     ;; support fake section headers
1080     (setq TeX-outline-extra
1081           '(("%chapter" 1)
1082             ("%section" 2)
1083             ("%subsection" 3)
1084             ("%subsubsection" 4)
1085             ("%paragraph" 5)))
1086     ;; add font locking to the headers
1087     (font-lock-add-keywords
1088      'latex-mode
1089      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1090         0 'font-lock-keyword-face t)
1091        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1092        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1093        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1094        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1095        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1096
1097     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1098     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1099     (setq TeX-open-quote "“")
1100     (setq TeX-close-quote "”")
1101
1102     ;; (TeX-add-style-hook
1103     ;;  "latex"
1104     ;;  (lambda ()
1105     ;;    (TeX-add-symbols
1106     ;;     '("DLA" 1))))
1107     ;; (custom-set-variables
1108     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1109     ;;    '(("fixme"
1110     ;;       ("DLA" "RZ")
1111     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1112     ;; )
1113     (setq-default TeX-parse-self t)
1114     (setq-default TeX-auto-save t)
1115     (setq-default TeX-master nil)
1116     (eval-after-load
1117         "latex"
1118       '(TeX-add-style-hook
1119         "cleveref"
1120         (lambda ()
1121           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1122               (add-to-list
1123                'reftex-ref-style-alist
1124                '("Cleveref" "cleveref"
1125                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1126           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1127           (TeX-add-symbols
1128            '("cref" TeX-arg-ref)
1129            '("Cref" TeX-arg-ref)
1130            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1131            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1132     (eval-after-load
1133         "latex"
1134       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1135                     '("Sexpr")))
1136
1137     (use-package font-latex
1138       :config
1139       (setq font-latex-match-reference-keywords
1140             '(
1141               ("fref" "{")
1142               ("Fref" "{")
1143               ("citep" "{")
1144               ("citet" "{")
1145               ("acs" "{")
1146               ("acsp" "{")
1147               ("ac" "{")
1148               ("acp" "{")
1149               ("acl" "{")
1150               ("aclp" "{")
1151               ("acsu" "{")
1152               ("aclu" "{")
1153               ("acused" "{")
1154               ("DLA" "{")
1155               ("RZ" "{")
1156               ("OM" "{")
1157               ("DL" "{")
1158               ("fixme" "{"))
1159             )
1160       )
1161     (setq font-latex-fontify-script nil)
1162     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1163     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1164   )
1165
1166 #+END_SRC
1167 ** ESS
1168 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1169   (use-package ess
1170     :ensure t
1171     :commands R
1172     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1173     :bind (:map ess-mode-map
1174                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1175     :init
1176     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1177     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1178     :config
1179     ; actually load the rest of ess
1180     (require 'ess-site)
1181     (defun ess-change-directory (path)
1182       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1183       (interactive "Directory to change to: ")
1184
1185       (when (file-exists-p path)
1186         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1187         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1188         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1189     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1190     ;; outlining support for ess modes
1191     (add-hook
1192      'ess-mode-hook
1193      '(lambda ()
1194         (outline-minor-mode)
1195         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1196         (defun outline-level ()
1197           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1198                 ((looking-at "^#### ") 2)
1199                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1200                 (t 1000)))
1201         ))
1202     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1203       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1204       (interactive "r")
1205       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1206       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1207     ;; Don't restore history or save workspace image
1208     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1209     )
1210 #+END_SRC
1211
1212 ** Rainbowmode
1213 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1214
1215 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1216   (use-package rainbow-mode
1217     ;; add ess to the x major mode
1218     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1219     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1220   )
1221 #+END_SRC
1222
1223 ** Polymode
1224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1225 (use-package poly-noweb
1226   :ensure t
1227   :after polymode
1228
1229   )
1230 (use-package poly-markdown
1231   :ensure t
1232   :after polymode
1233   )
1234 (use-package poly-R
1235   :ensure t
1236   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1237   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1238   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1239   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1240   )
1241 (use-package polymode
1242   :ensure t
1243   )
1244
1245 #+END_SRC
1246
1247 ** Outlining
1248 *** Outline magic
1249 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1250   (use-package outline-magic)
1251 #+END_SRC
1252 *** Outline mode
1253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1254 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1255 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1256 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1257 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1258 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1259
1260 #+END_SRC
1261 ** Writeroom Mode
1262 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1263   (use-package writeroom-mode
1264     :config
1265     (defun my/writing-mode ()
1266       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1267       (interactive)
1268       (if writeroom-mode
1269           (progn
1270             (writeroom-mode -1)
1271             (visual-line-mode -1)
1272             (auto-fill-mode -1)
1273             (visual-fill-column-mode -1)
1274             )
1275         (visual-line-mode 1)
1276         (auto-fill-mode 1)
1277         (visual-fill-column-mode 1)
1278         (writeroom-mode 1))
1279       )
1280     )
1281 #+END_SRC
1282 ** GhostText/Atomic Chrome
1283 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1284   (use-package atomic-chrome
1285     :config
1286     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1287     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1288     )
1289 #+END_SRC
1290 ** Multiple Cursors
1291    :PROPERTIES:
1292    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1293    :END:
1294 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1295 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1296   (use-package multiple-cursors
1297     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1298             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1299             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1300             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1301     )
1302 #+END_SRC
1303 ** Web Mode
1304 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1305   (use-package web-mode
1306     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1307     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1308     :config
1309     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1310     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1311     (setq web-mode-engines-alist
1312           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1313     )
1314 #+END_SRC
1315 ** Spamassassin Mode
1316 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1317   (use-package spamassassin-mode
1318     :commands spamassassin-mode
1319     :ensure f
1320     )
1321 #+END_SRC
1322 ** Password Store
1323 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1324   (use-package password-store
1325     :ensure f
1326     :commands password-store-edit password-store-generate
1327     )
1328 #+END_SRC
1329 ** CSS mode
1330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1331   (use-package css
1332     :mode "\\.css'"
1333     :config
1334     ;; fix up css mode to not be silly
1335     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1336     (setq cssm-indent-level 4)
1337     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1338     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1339     (setq cssm-mirror-mode nil))
1340 #+END_SRC
1341 ** Abbrev Mode
1342 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1343   (use-package abbrev
1344     :diminish abbrev-mode
1345     :config
1346     ;; load abbreviations from
1347     (setq abbrev-file-name
1348           "~/.emacs_abbrev_def")
1349
1350     ;; read the abbrev file if it exists
1351     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1352         (quietly-read-abbrev-file))
1353
1354     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1355     (setq default-abbrev-mode t))
1356 #+END_SRC
1357
1358 ** Go language
1359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1360 (use-package go-mode
1361              :diminish "go"
1362              :mode "\\.go"
1363              )
1364 #+END_SRC
1365
1366 ** Expand region
1367 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1368 (use-package expand-region
1369   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1370   )
1371 #+END_SRC
1372
1373 * Email
1374 ** Mutt
1375 *** Message-mode
1376 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1377 (use-package message
1378   :ensure f
1379   :diminish (message "✉")
1380   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1381   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1382   :hook 'my/message-mode-settings
1383   :hook 'turn-on-flyspell
1384   :bind (:map message-mode-map
1385       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1386   :delight (message-mode "✉")
1387   :config
1388   (defun my/message-mode-settings ()
1389     (font-lock-add-keywords nil
1390                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1391                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1392               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1393                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1394     )
1395
1396   (defun my/post-attach-file ()
1397     "Prompt for an attachment."
1398     (interactive)
1399     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1400       (my/header-attach-file file "")))
1401
1402   (defun my/header-attach-file (file description)
1403     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1404   Argument DESCRIPTION MIME description."
1405     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1406     (when (> (length file) 0)
1407   (save-excursion
1408     (save-match-data
1409       (save-restriction
1410         (widen)
1411         (goto-char (point-min))
1412         (search-forward-regexp "^$")
1413         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1414                 description "\n"))
1415         (message (concat "Attached '" file "'."))
1416         (setq post-has-attachment t))))))
1417
1418   (setq mail-yank-prefix "> ")
1419   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1420 )
1421 #+END_SRC
1422 *** Muttrc mode
1423 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1424   (use-package muttrc-mode
1425     :mode "muttngrc"
1426     :mode "muttrc"
1427   )
1428
1429 #+END_SRC
1430 * Base emacs
1431 ** Reverting buffers
1432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1433   (use-package autorevert
1434     :diminish auto-revert-mode
1435     :config
1436     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1437           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1438           auto-revert-verbose nil)
1439     (global-auto-revert-mode 1))
1440 #+END_SRC
1441 * Org Mode
1442 ** Use-package and load things
1443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1444
1445   (use-package org
1446     :delight (org-mode "ø")
1447     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1448     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1449            ("C-c a"  . org-agenda)
1450            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1451 #+END_SRC
1452 ** Agenda Configuration
1453 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1454   :config
1455   (setq-default org-log-done 'time)
1456   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1457
1458   (setq org-agenda-sticky t)
1459   (defun dla/show-org-agenda ()
1460     (interactive)
1461     (let (agendabuffer
1462           '(delq nil
1463                 (mapcar (lambda (x)
1464                           (and (string-match-p
1465                                 "\*Org Agenda.*\*"
1466                                 (buffer-name x))
1467                                x)
1468                           )
1469                         (buffer-list))))
1470       (if agendabuffer
1471           (switch-to-buffer
1472            (buffer-name agendabuffer))
1473         (org-agenda-list)))
1474       (delete-other-windows))
1475
1476   ;; agenda configuration
1477   ;; Do not dim blocked tasks
1478   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1479   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1480   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1481
1482   ;; Compact the block agenda view
1483   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1484
1485   ;; Custom agenda command definitions
1486   (setq org-agenda-custom-commands
1487         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1488                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1489                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1490                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1491                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1492                   (org-agenda-sorting-strategy
1493                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1494                 (" " "Agenda"
1495                  ((agenda "" nil)
1496                   (tags "REFILE"
1497                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1498                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1499                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1500                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1501                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1502                               (org-agenda-sorting-strategy
1503                                '(category-keep))))
1504                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1505                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1506                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1507                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1508                               (org-agenda-sorting-strategy
1509                                '(category-keep))))
1510                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1511                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1512                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1513                                                                         ""
1514                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1515                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1516                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1517                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1518                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1519                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1520                               (org-agenda-sorting-strategy
1521                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1522                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1523                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1524                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1525                                                                         ""
1526                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1527                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1528                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1529                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1530                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1531                               (org-agenda-sorting-strategy
1532                                '(category-keep))))
1533                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1534                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1535                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1536                                                                         ""
1537                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1538                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1539                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1540                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1541                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1542                               (org-agenda-sorting-strategy
1543                                '(category-keep))))
1544                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1545                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1546                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1547                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1548                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1549                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1550                   (tags "-REFILE/"
1551                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1552                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1553                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1554                  nil))))
1555
1556   ; org mode agenda files
1557   (setq org-agenda-files
1558         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1559             "~/projects/org-notes/notes.org"
1560             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1561             "~/projects/org-notes/refile.org"
1562             "~/projects/org-notes/diary.org"
1563             "~/projects/org-notes/ool.org"
1564             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1565             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1566             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1567             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1568             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1569             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1570             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1571             "~/org-mode/from-mobile.org"
1572             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1573
1574   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1575   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1576   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1577   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1578   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1579   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1580   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1581   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1582   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1583   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1584   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1585     (interactive "P")
1586     (with-temp-buffer
1587       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1588         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1589         (goto-char (point-max))
1590         (newline))
1591       (write-file "/tmp/timeline.org")
1592       (org-agenda arg "L")))
1593   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1594
1595 #+END_SRC
1596 ** General config
1597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1598   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1599   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1600
1601   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1602   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1603 #+END_SRC
1604 ** Capture Templates
1605 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1606   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1607         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1608            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1609           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1610            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1611           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1612            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1613           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1614            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1615           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1616            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1617           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1618            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1619           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1620            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1621           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1622            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1623           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1624            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1625           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1626            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1627           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1628            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1629            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1630                                        "Jobs"
1631                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1632            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1633           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1634            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1635           )
1636         )
1637
1638   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1639   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1640     (interactive)
1641     (save-excursion
1642       (beginning-of-line 0)
1643       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1644
1645   (defun my/org-add-id ()
1646     (interactive)
1647     (save-excursion
1648       (if (org-current-level)
1649           ()
1650         (forward-char 1)
1651         )
1652       (org-id-get-create)
1653       )
1654   )
1655
1656 #+END_SRC
1657 ** Org mode key bindings
1658 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1659   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1660   ;; Custom Key Bindings
1661   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1662           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1663           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1664           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1665           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1666           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1667           ("<S-f5>" . bh/widen)
1668           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1669           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1670           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1671           ("<f9> b" . bbdb)
1672           ("<f9> c" . calendar)
1673           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1674           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1675           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1676           ("<f9> w" . widen)
1677
1678           ("<f9> r" . boxquote-region)
1679           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1680
1681           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1682           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1683
1684           ("<f9> v" . visible-mode)
1685           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1686           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1687           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1688           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1689           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1690           ("C-<f10>" . next-buffer)
1691           ("<f11>" . org-clock-goto)
1692           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1693           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1694           ("C-c c" . org-capture))
1695   :config
1696 #+END_SRC
1697 ** Utility Functions
1698 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1699   (defun bh/hide-other ()
1700     (interactive)
1701     (save-excursion
1702       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1703       (hide-other)
1704       (org-cycle)
1705       (org-cycle)
1706       (org-cycle)))
1707
1708   (defun bh/set-truncate-lines ()
1709     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1710     (interactive)
1711     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1712     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1713     (save-excursion
1714       (set-window-start (selected-window)
1715                         (window-start (selected-window)))))
1716
1717   (defun bh/switch-to-scratch ()
1718     (interactive)
1719     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1720
1721   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1722   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1723
1724   ; create function to create headlines in file. This comes from
1725   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1726   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1727     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1728   do not already have one."
1729     (interactive)
1730     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1731   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1732     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1733   (or narrowed region)."
1734     (interactive)
1735     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1736   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1737   ; (add-hook 'org-mode-hook
1738   ;           (lambda ()
1739   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1740 #+END_SRC
1741 ** Org ID locations
1742 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1743 (use-package find-lisp
1744   :ensure t)
1745 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1746       (append '(agenda-archives)
1747               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1748               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1749               ))
1750 #+END_SRC
1751 ** Keywords (TODO)
1752 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1753   (setq org-todo-keywords
1754         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1755                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1756
1757   (setq org-todo-keyword-faces
1758         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1759                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1760                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1761                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1762                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1763                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1764                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1765                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1766
1767   (setq org-todo-state-tags-triggers
1768         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1769                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1770                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1771                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1772                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1773                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1774                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1775
1776
1777
1778   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1779   ; add ids on creation of nodes
1780   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1781
1782
1783   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1784   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1785   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1786
1787   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1788   ; use C-M-r for org mode capture
1789   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1790
1791   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1792   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1793                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1794
1795   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1796   (setq org-refile-use-outline-path t)
1797
1798   ; Targets complete directly with IDO
1799   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1800
1801   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1802   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1803
1804   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1805   ; (setq org-completion-use-ido t)
1806   ; (setq ido-everywhere t)
1807   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1808   ; (ido-mode (quote both))
1809   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1810   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1811   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1812   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1813   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1814
1815
1816   ;;;; Refile settings
1817   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1818   (defun bh/verify-refile-target ()
1819     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1820     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1821
1822   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1823
1824   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1825   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1826   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1827   (require 'org-protocol)
1828   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1829   (setq my-org-protocol-flag nil)
1830   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1831     "Delete frame at remember finalization"
1832     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1833            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1834   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1835     "Delete frame at remember refile"
1836     (if my-org-protocol-flag
1837         (progn
1838           (setq my-org-protocol-flag nil)
1839           ad-do-it
1840           (delete-frame))
1841       ad-do-it)
1842     )
1843   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1844     "Delete frame at remember abort"
1845     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1846            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1847   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1848     (setq my-org-protocol-flag t))
1849
1850   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1851     (unless (org-in-item-p)
1852       (org-id-get-create)
1853       )
1854     )
1855
1856   ;; org modules
1857   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1858
1859   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1860   (defun open-mail-in-mutt (message)
1861     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1862
1863   Message can be specified either by a path pointing inside a
1864   Maildir, or by Message-ID."
1865     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1866     (shell-command
1867      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1868          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1869
1870   ;; add support for "mutt:ID" links
1871   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1872
1873   (defun my-org-mode-setup ()
1874     ; (load-library "reftex")
1875     (and (buffer-file-name)
1876          (file-exists-p (buffer-file-name))
1877          (progn
1878            ; (reftex-parse-all)
1879            (reftex-set-cite-format
1880             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1881               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1882               (?c . "\\cite{%l}")
1883               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1884            ))
1885     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1886     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1887     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1888     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1889     )
1890   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1891
1892   (defun org-mode-reftex-search ()
1893     (interactive)
1894     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1895
1896   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1897     "Open a paper by bibtex key"
1898     (interactive "bibtex key: ")
1899     (shell-command
1900      (format "%s %s"
1901          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1902   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1903   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1904     "Open a paper pdf by bibtex key"
1905     (interactive "bibtex key: ")
1906     (shell-command
1907      (format "%s -p evince_annot %s"
1908          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1909   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1910
1911   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1912                '("notes" .
1913                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1914
1915   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1916   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1917
1918   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1919   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1920                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1921
1922    ;; stolen from
1923   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1924   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1925     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1926     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1927                      (match-string 1 path)))
1928            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1929       (cond ((eq format 'latex)
1930              (if (or (not desc)
1931                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1932                  (format "\\cite{%s}" search)
1933                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1934
1935   (org-add-link-type "rtcite"
1936                      'org-bibtex-open
1937                      'my-rtcite-export-handler)
1938
1939
1940 #+END_SRC
1941 ** Org Mobile Configuration
1942 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1943   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1944   (when (string= system-name "linnode")
1945     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1946   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1947   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1948
1949 #+END_SRC
1950 ** Org iCal Support
1951 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1952   ;; org mode ical export
1953   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1954   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1955   ;; we already add the id manually
1956   (setq org-icalendar-store-UID t)
1957
1958 #+END_SRC
1959 ** General Org Babel Configuration
1960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1961 ;; org babel support
1962 (org-babel-do-load-languages
1963  'org-babel-load-languages
1964  '((emacs-lisp . t )
1965    (R . t)
1966    (latex . t)
1967    (ditaa . t)
1968    (dot . t)
1969    ))
1970 ;; set the right path to ditaa.jar
1971 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1972 ;; use graphviz-dot for dot things
1973 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1974 ;; do not indent begin_src blocks
1975 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1976 ;; org-babel-by-backend
1977 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1978    `(case (if (boundp 'backend)
1979               (org-export-backend-name backend)
1980             nil) ,@body))
1981
1982 (defun my/fix-inline-images ()
1983   (when org-inline-image-overlays
1984     (org-redisplay-inline-images)))
1985
1986 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1987            'my/fix-inline-images)
1988
1989 #+END_SRC
1990 ** LaTeX configuration
1991    :PROPERTIES:
1992    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1993    :END:
1994 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1995   (require 'ox-latex)
1996   (add-to-list 'org-latex-classes
1997            '("memarticle"
1998          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1999          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2000          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2001          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2002          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2003          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2004
2005   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2006   (add-to-list 'org-latex-classes
2007            '("beamer"
2008          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2009   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2010   [PACKAGES]
2011   [EXTRA]"
2012          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2013          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2014          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2015          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2016          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2017
2018   (add-to-list 'org-latex-classes
2019            '("membook"
2020          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2021          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2022          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2023          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2024          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2025
2026   (add-to-list 'org-latex-classes
2027            '("letter"
2028          "\\documentclass[11pt]{letter}
2029   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2030   [PACKAGES]
2031   [EXTRA]"
2032      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2033          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2034          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2035          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2036          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2037
2038   (add-to-list 'org-latex-classes
2039            '("dlacv"
2040          "\\documentclass{dlacv}
2041   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2042   [NO-PACKAGES]
2043   [NO-EXTRA]"
2044          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2045          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2046          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2047          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2048          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2049
2050
2051   (add-to-list 'org-latex-classes
2052            '("dlaresume"
2053          "\\documentclass{dlaresume}
2054   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2055   [NO-PACKAGES]
2056   [NO-EXTRA]"
2057          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2058          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2059          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2060          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2061          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2062
2063
2064   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2065   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2066   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2067
2068   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2069   (setq org-latex-default-packages-alist
2070     '(("" "amsmath" t)
2071       ("" "unicode-math" t)
2072       ))
2073   (setq org-latex-packages-alist
2074     '(("" "graphicx" t)
2075       ("" "fontspec" t)
2076       ("" "xunicode" t)
2077       ("" "hyperref" t)
2078       ("" "url" t)
2079       ("" "rotating" t)
2080       ("" "longtable" nil)
2081       ("" "float" )))
2082
2083   ;; make equations larger
2084   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2085
2086   (defun org-create-formula--latex-header ()
2087     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2088     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2089              (org-export-get-backend 'latex))
2090             (org-export--get-inbuffer-options
2091              (org-export-get-backend 'latex)))))
2092       (org-latex-guess-babel-language
2093        (org-latex-guess-inputenc
2094     (org-splice-latex-header
2095      org-format-latex-header
2096      org-latex-default-packages-alist
2097      nil t
2098      (plist-get info :latex-header)))
2099        info)))
2100
2101
2102   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2103   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2104   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2105                     (headline contents info) activate)
2106     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2107     (setq ad-return-value contents)
2108       ad-do-it))
2109
2110   ;; keep latex logfiles
2111
2112   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2113
2114   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2115   (org-clock-persistence-insinuate)
2116   ;;
2117   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2118   (setq org-clock-history-length 23)
2119   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2120   (setq org-clock-in-resume t)
2121   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2122   ;; there are things like PHONE calls
2123   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2124   ;; Separate drawers for clocking and logs
2125   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2126   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2127   (setq org-clock-into-drawer t)
2128   (setq org-log-into-drawer t)
2129   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2130   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2131   ;; Clock out when moving task to a done state
2132   (setq org-clock-out-when-done t)
2133   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2134   (setq org-clock-persist t)
2135   ;; Do not prompt to resume an active clock
2136   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2137   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2138   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2139   ;; Include current clocking task in clock reports
2140   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2141
2142   ;; the cache seems to be broken
2143   (setq org-element-use-cache nil)
2144
2145   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2146
2147   (defun bh/is-task-p ()
2148     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2149     (save-restriction
2150       (widen)
2151       (let ((has-subtask)
2152             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2153             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2154         (save-excursion
2155           (forward-line 1)
2156           (while (and (not has-subtask)
2157                       (< (point) subtree-end)
2158                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2159             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2160               (setq has-subtask t))))
2161         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2162   (defun bh/is-project-p ()
2163     "Any task with a todo keyword subtask"
2164     (save-restriction
2165       (widen)
2166       (let ((has-subtask)
2167             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2168             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2169         (save-excursion
2170           (forward-line 1)
2171           (while (and (not has-subtask)
2172                       (< (point) subtree-end)
2173                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2174             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2175               (setq has-subtask t))))
2176         (and is-a-task has-subtask))))
2177
2178   (defun bh/is-subproject-p ()
2179     "Any task which is a subtask of another project"
2180     (let ((is-subproject)
2181           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2182       (save-excursion
2183         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2184           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2185             (setq is-subproject t))))
2186       (and is-a-task is-subproject)))
2187
2188
2189   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2190     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2191   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2192   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2193     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2194       (cond
2195        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2196          (bh/is-task-p))
2197     "NEXT")
2198        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2199          (bh/is-project-p))
2200     "TODO"))))
2201
2202   (defun bh/punch-in (arg)
2203     "Start continuous clocking and set the default task to the
2204   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2205   as the default task."
2206     (interactive "p")
2207     (setq bh/keep-clock-running t)
2208     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2209     ;;
2210     ;; We're in the agenda
2211     ;;
2212     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2213            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2214       (if (and (eq arg 4) tags)
2215           (org-agenda-clock-in '(16))
2216         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2217       ;;
2218       ;; We are not in the agenda
2219       ;;
2220       (save-restriction
2221     (widen)
2222     ; Find the tags on the current task
2223     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2224         (org-clock-in '(16))
2225       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2226
2227   (defun bh/punch-out ()
2228     (interactive)
2229     (setq bh/keep-clock-running nil)
2230     (when (org-clock-is-active)
2231       (org-clock-out))
2232     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2233
2234   (defun bh/clock-in-default-task ()
2235     (save-excursion
2236       (org-with-point-at org-clock-default-task
2237     (org-clock-in))))
2238
2239   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2240     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2241     (let ((parent-task))
2242       (save-excursion
2243     (save-restriction
2244       (widen)
2245       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2246         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2247           (setq parent-task (point))))
2248       (if parent-task
2249           (org-with-point-at parent-task
2250         (org-clock-in))
2251         (when bh/keep-clock-running
2252           (bh/clock-in-default-task)))))))
2253
2254   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2255
2256   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2257     (interactive)
2258     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2259       (org-clock-in '(16))))
2260
2261   (defun bh/clock-out-maybe ()
2262     (when (and bh/keep-clock-running
2263            (not org-clock-clocking-in)
2264            (marker-buffer org-clock-default-task)
2265            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2266       (bh/clock-in-parent-task)))
2267
2268   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2269
2270   (require 'org-id)
2271   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2272     "Clock in a task by id"
2273     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2274       (org-clock-in nil)))
2275
2276   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2277     "Clock in the interrupted task if there is one
2278   Skip the default task and get the next one.
2279   A prefix arg forces clock in of the default task."
2280     (interactive "p")
2281     (let ((clock-in-to-task
2282        (cond
2283         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2284         ((and (org-clock-is-active)
2285           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2286          (caddr org-clock-history))
2287         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2288         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2289         (t (car org-clock-history)))))
2290       (widen)
2291       (org-with-point-at clock-in-to-task
2292     (org-clock-in nil))))
2293
2294
2295   (defun org-export-to-ods ()
2296     (interactive)
2297     (let ((csv-file "data.csv"))
2298       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2299       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2300
2301   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2302   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2303   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2304   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2305
2306   ;; support inserting screen shots
2307   (defun my/org-insert-screenshot ()
2308     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2309   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2310     (interactive)
2311     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2312     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2313       (read-file-name
2314        "Screenshot to insert: "
2315        nil
2316        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2317        )
2318       )
2319     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2320     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2321     (org-display-inline-images))
2322
2323   (defun my/fix-inline-images ()
2324     (when org-inline-image-overlays
2325       (org-redisplay-inline-images)))
2326
2327   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2328
2329   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2330   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2331            '(xelateximagemagick
2332         :programs ("xelatex" "convert")
2333         :description "pdf > png"
2334         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2335         :use-xcolor t
2336         :image-input-type "pdf"
2337         :image-output-type "png"
2338         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2339         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2340         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2341            )
2342   ;; use xelatex by default
2343   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2344
2345   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2346   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2347     "Fix properties drawers in current buffer.
2348    Ignore non Org buffers."
2349     (interactive)
2350     (when (eq major-mode 'org-mode)
2351       (org-with-wide-buffer
2352        (goto-char (point-min))
2353        (let ((case-fold-search t)
2354          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2355                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2356                      "END[ \t]*$"))))
2357      (org-map-entries
2358       (lambda ()
2359         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2360           (save-excursion
2361         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2362           (forward-line)
2363           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2364           (when (and (< (point) end)
2365                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2366                  (save-excursion
2367                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2368                     (eq (org-element-type
2369                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2370                     'drawer))))
2371             (insert (delete-and-extract-region
2372                  (match-beginning 0)
2373                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2374             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2375
2376 #+END_SRC
2377 ** Org-Gcal
2378 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2379 (use-package calfw
2380   :ensure f
2381   )
2382 (use-package calfw-org
2383   :ensure f
2384   )
2385 (use-package org-gcal
2386   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2387   :ensure f
2388   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2389                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2390             )
2391   )
2392 #+END_SRC
2393 ** appt integration
2394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2395   (use-package appt
2396     :ensure f
2397     :config
2398     ;; Show notification 10 minutes before event
2399     (setq appt-message-warning-time 10)
2400     ;; Disable multiple reminders
2401     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2402     (setq appt-display-mode-line nil)
2403
2404     ;; add automatic reminders for appointments
2405     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2406       (interactive)
2407       (setq appt-time-msg-list nil)
2408       (org-agenda-to-appt))
2409     ;; add reminders when starting emacs
2410     (my/org-agenda-to-appt)
2411     ;; when rebuilding the agenda
2412     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2413       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2414       (my/org-agenda-to-appt)
2415       )
2416     ;; when saving all org buffers
2417     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2418       "Re-add appts after saving all org buffers"
2419       (my/org-agenda-to-appt))
2420     ;; Display appointments as a window manager notification
2421     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2422     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2423
2424     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2425
2426     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2427       (if (atom min-to-app)
2428       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2429     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2430       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2431                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2432       )
2433     )
2434
2435
2436 #+END_SRC
2437 ** End use-package
2438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2439   )
2440 #+END_SRC
2441 * Keybindings
2442 ** Goto line
2443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2444   (global-unset-key "\M-g")
2445   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2446 #+END_SRC
2447 * Debian
2448 ** debian-changelog
2449 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2450   (use-package debian-changelog-mode
2451     :mode "debian/changelog"
2452     :config
2453     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2454     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2455 #+END_SRC
2456 * Misc (uncharacterized)
2457 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2458   (setq calendar-latitude 38.6)
2459   (setq calendar-longitude -121.5)
2460   (setq case-fold-search t)
2461   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2462   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2463   (global-font-lock-mode 1)
2464   (icomplete-mode 1)
2465   (setq log-edit-keep-buffer t)
2466   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2467   (setq markdown-enable-math t)
2468   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2469   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2470   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2471   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2472   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2473   (setq ps-line-number-color "blue")
2474   (setq ps-print-footer t)
2475   (setq ps-print-footer-frame nil)
2476   (setq ps-print-only-one-header t)
2477   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2478   ]*")
2479   (setq sentence-end-double-space nil)
2480   ; enable matching parenthesis
2481   (show-paren-mode 1)
2482   (tool-bar-mode -1)
2483   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2484   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2485   (setq vc-follow-symlinks t)
2486
2487   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2488   ;; repositories inside of git directories
2489   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2490
2491   ;; switch back to the old primary selection method
2492   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2493   (setq x-select-enable-primary t)
2494   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2495
2496   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2497   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2498
2499   ;; tramp configuration
2500   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2501
2502   (setq-default c-indent-level 4)
2503   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2504   (setq-default c-brace-offset -4)
2505   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2506   (setq-default c-label-offset -4)
2507   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2508   ; tabs are annoying
2509   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2510   (setq-default tab-width 4)
2511
2512
2513   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2514   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2515   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2516   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2517   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2518
2519
2520   (defun insert-date ()
2521     "Insert date at point."
2522     (interactive)
2523     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2524   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2525
2526   (defun unfill-paragraph (arg)
2527     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2528     (interactive "*p")
2529     (let ((fill-column 10000))
2530       (fill-paragraph arg))
2531     )
2532
2533   (column-number-mode t)
2534
2535 #+END_SRC
2536 ** Desktop-save-mode
2537 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2538 emacs, and use a different desktop file to restore history
2539 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2540   (use-package desktop
2541     :demand
2542     :config
2543     (setq desktop-base-file-name
2544           (convert-standard-filename
2545            (concat ".emacs"
2546                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2547                        "")
2548                    ".desktop")
2549            ))
2550     (setq desktop-base-lock-name
2551           (convert-standard-filename
2552            (concat desktop-base-file-name
2553                    ".lock")))
2554     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2555     (setq desktop-restore-eager 5)
2556     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2557     (desktop-save-mode 1)
2558     ; (desktop-read)
2559   )
2560 #+END_SRC
2561 ** Misc (Uncharacterized)
2562 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2563   '(icomplete-mode on)
2564   (custom-set-faces
2565    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2566    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2567    ;; Your init file should contain only one such instance.
2568    ;; If there is more than one, they won't work right.
2569    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2570
2571
2572   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2573   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2574   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2575
2576   ; (defun turn-on-flyspell ()
2577   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2578   ;    (interactive)
2579   ;    (flyspell-mode 1))
2580
2581
2582    ; Outline-minor-mode key map
2583    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2584    ; HIDE
2585    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2586    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2587    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2588    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2589    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2590    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2591    ; SHOW
2592    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2593    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2594    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2595    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2596    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2597    ; MOVE
2598    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2599    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2600    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2601    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2602    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2603    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2604   ; fix up tmux xterm keys
2605   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2606   (defun fix-up-tmux-keys ()
2607       "Fix up tmux xterm keys"
2608       (if (getenv "TMUX")
2609           (progn
2610             (let ((x 2) (tkey ""))
2611               (while (<= x 8)
2612                 ;; shift
2613                 (if (= x 2)
2614                     (setq tkey "S-"))
2615                 ;; alt
2616                 (if (= x 3)
2617                     (setq tkey "M-"))
2618                 ;; alt + shift
2619                 (if (= x 4)
2620                     (setq tkey "M-S-"))
2621                 ;; ctrl
2622                 (if (= x 5)
2623                     (setq tkey "C-"))
2624                 ;; ctrl + shift
2625                 (if (= x 6)
2626                     (setq tkey "C-S-"))
2627                 ;; ctrl + alt
2628                 (if (= x 7)
2629                     (setq tkey "C-M-"))
2630                 ;; ctrl + alt + shift
2631                 (if (= x 8)
2632                     (setq tkey "C-M-S-"))
2633
2634                 ;; arrows
2635                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2636                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2637                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2638                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2639                 ;; home
2640                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2641                 ;; end
2642                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2643                 ;; page up
2644                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2645                 ;; page down
2646                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2647                 ;; insert
2648                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2649                 ;; delete
2650                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2651                 ;; f1
2652                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2653                 ;; f2
2654                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2655                 ;; f3
2656                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2657                 ;; f4
2658                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2659                 ;; f5
2660                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2661                 ;; f6
2662                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2663                 ;; f7
2664                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2665                 ;; f8
2666                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2667                 ;; f9
2668                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2669                 ;; f10
2670                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2671                 ;; f11
2672                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2673                 ;; f12
2674                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2675                 ;; f13
2676                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2677                 ;; f14
2678                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2679                 ;; f15
2680                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2681                 ;; f16
2682                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2683                 ;; f17
2684                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2685                 ;; f18
2686                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2687                 ;; f19
2688                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2689                 ;; f20
2690                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2691
2692                 (setq x (+ x 1))
2693                 ))
2694             )
2695         )
2696       )
2697   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2698
2699   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2700     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2701     (if (or (buffer-modified-p)
2702             (verify-visited-file-modtime)
2703             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2704             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2705         ad-do-it
2706       (clear-visited-file-modtime)
2707       (not-modified)))
2708   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2709 #+END_SRC
2710
2711 * Start Server
2712 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2713   (use-package server
2714     :config
2715     (setq server-name
2716           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2717               "server"))
2718     (unless (server-running-p)
2719       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2720       (server-start)))
2721 #+END_SRC
2722
2723
2724
2725 * END
2726 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2727   (provide 'don-configuration)
2728 #+END_SRC