]> git.donarmstrong.com Git - don.git/commitdiff
link to tree id
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 23 Mar 2017 20:57:05 +0000 (13:57 -0700)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 23 Mar 2017 20:57:05 +0000 (13:57 -0700)
posts/shrinking_gene_names.mdwn

index 7d2be060bc2f84f5a8fade105cf6cc7bfd7308c8..410b4d60388152aa8db71e96e83b216e5b4ca38c 100644 (file)
@@ -3,10 +3,12 @@
 I've been trying to finish a paper where I compare gene expression in
 14 different placentas. One of the supplemental figures compares
 median expression in gene trees across all 14 species, but because
 I've been trying to finish a paper where I compare gene expression in
 14 different placentas. One of the supplemental figures compares
 median expression in gene trees across all 14 species, but because
-tree names like ENT000001 aren't very expressive, and names like
+tree ids like 
+[ENSGT00840000129673](http://www.ensembl.org/Multi/GeneTree/Image?gt=ENSGT00840000129673) 
+aren't very expressive, and names like
 "COL11A2, COL5A3, COL4A1, COL1A1, COL2A1, COL1A2, COL4A6, COL4A5,
 COL7A1, COL27A1, COL11A1, COL4A4, COL4A3, COL3A1, COL4A2, COL5A2,
 "COL11A2, COL5A3, COL4A1, COL1A1, COL2A1, COL1A2, COL4A6, COL4A5,
 COL7A1, COL27A1, COL11A1, COL4A4, COL4A3, COL3A1, COL4A2, COL5A2,
-COL5A1, COL24A1" take up too much space, wanted a function which could
+COL5A1, COL24A1" take up too much space, wanted a function which could
 collapse the gene names into something which uses bash glob syntax to
 more succinctly list the gene names, like:
 COL{11A{1,2},1A{1,2},24A1,27A1,2A1,3A1,4A{1,2,3,4,5,6},5A{1,2,3},7A1}.
 collapse the gene names into something which uses bash glob syntax to
 more succinctly list the gene names, like:
 COL{11A{1,2},1A{1,2},24A1,27A1,2A1,3A1,4A{1,2,3,4,5,6},5A{1,2,3},7A1}.