resume.mdwn

   1 [[!meta title="Resumé"]]
   2
   3 # Experience
   4 ## Research Scientist at UIUC  2015--2017
   5 + Primarily responsible for the planning, design, organization,
   6   execution, and analysis of multiple complex epidemiological studies
   7   involving epigenomics, transcriptomics, and genomics of diseases of
   8   pregnancy and post-traumatic stress disorder.
   9 + Published results in scientific publications and presented results
  10   orally at major scientific conferences.
  11 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  12   direction, project management, and reporting.
  13 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  14   external scientists.
  15 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  16   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  17   scientific research, and modern statistical methodology.
  18 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  19   SQL, make, and very large computational systems.
  20 ## Postdoctoral Researcher at USC  2013--2015
  21 + Primarily responsible for the design, execution, and analysis of an
  22   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  23   systemic lupus erythematosus using targeted deep sequencing.
  24 + Designed, budgeted, configured, maintained, and supported a secure
  25   linux analysis cluster (MPI/torque) with a shared filesystem (NFS
  26   over gluster) for statistical analyses.
  27 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  28   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  29 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  30   produce analyses and major reports.
  31 ## Postdoctoral Researcher at UCR  2010--2012
  32 + Primarily responsible for the execution and analysis of an
  33   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  34   systemic lupus erythematosus using prior information and array based
  35   approaches in a trio and cross sectional study of individuals from
  36   the Los Angeles and greater United States.
  37 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  38   perform the analyses.
  39 ## Debian Developer  2004--Present
  40 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  41   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  42 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  43   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  44 + Developer of [Debbugs](https://bugs.debian.org), a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  45   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  46 ## Independent Systems Administrator  2004--Present
  47 + Researched, recommended, budgeted, designed, deployed, configured,
  48   operated, and monitored highly-available high-performance enterprise
  49   hardware and software for web applications, authentication, backup,
  50   email, and databases.
  51 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  52   on Debian GNU/Linux systems.
  53 + Full life-cycle support of medium and small business networking
  54   infrastructure, including VPN, network security, wireless networks,
  55   routing, DNS, DHCP, and authentication.
  56 # Education
  57 + Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology at UC Riverside
  58 + Batchelor of Science (BS) in Biology at UC Riverside
  59
  60 # Skills
  61 ## Data Science
  62 + Reproducible, scalable analyses using *R*, *perl*, and python with
  63   workflows on cloud- and cluster-based systems on terabyte-scale
  64   datasets
  65 + Experimental design and correction to overcome multiple testing,
  66   confounders, and batch effects using Bayesian and frequentist
  67   methods
  68 + Design, development, and deployment of algorithms and data-driven
  69   products, including APIs, reports, and interactive web applications
  70 + Statistical modeling (regression, inference, prediction/forecasting,
  71   time series, and machine learning in very large (> 1TB) datasets)
  72 + Data mining, cleaning, processing and quality assurance of data
  73   sources and products using tidydata formalisms
  74 + Visualization using *R*, ggplot, Shiny, and custom written routines.
  75 ## Software Development
  76 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, sh, make
  77 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  78   automated testing
  79 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
  80 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
  81 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
  82   Powerpoint
  83 ## Genomics and Epigenomics
  84 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  85   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
  86   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  87   publication.
  88 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  89   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
  90   systems on terabyte-scale datasets
  91 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
  92   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto.
  93 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  94   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  95   frequentist methods approaches
  96 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  97 ## Statistics
  98 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
  99   learning in very large (> 1TB) datasets)
 100 + Addressing confounders and batch effects
 101 + Reproducible research
 102 ## Big Data
 103 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 104 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 105 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 106 + Linux system administration
 107 ## Genomics and Epigenomics
 108 + Linkage and association-based mapping of complex phenotypes using
 109   next-generation sequencing and arrays
 110 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
 111   software
 112 ## Mentoring and Leadership
 113 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
 114   interns
 115 + Former chair of Debian's Technical Committee
 116 ## Communication
 117 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 118   record
 119 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
 120   and teaching record
 121 ## Consortia Involvement
 122 + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
 123 + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
 124   variants which are correlated with PTSD.
 125 + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
 126 # Authored Software
 127 + *[Debbugs](http://bugs.debian.org)*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 128    distribution. [https://bugs.debian.org]
 129 + *[CairoHacks](https://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 130 + *[Function2Gene](http://rzlab.ucr.edu/function2gene/)*: Gene selection tool based on literature mining which
 131    enables Bayesian approaches to significance testing.
 132 + *[Helical Wheel Projections](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)*: Web-based tool to draw helical wheel
 133    protein projections. [http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]
 134 # Publications and Presentations
 135 + 24 peer-reviewed publications cited over 1800 times:
 136   https://dla2.us/pubs
 137 + H index of 11
 138 + Numerous invited talks on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 139   Source: https://dla2.us/pres
 140
 141 # Funding and Awards
 142 ## Grants
 143 + 2017 R Consortium: *[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)* Role:
 144   Co-PI
 145 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 146   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 147   Primary Investigator
 148 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 149   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 150 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 151   Role: Key Personnel
 152 ## Scholarships and Fellowships
 153 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 154 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 155
 156 #Academic Information
 157
 158 You can also read my [curriculum_vitae](Curriculum Vitæ)
 159 ([dla-cv.pdf](pdf)), [research_statement](Research Statement)
 160 ([research_statement.pdf](pdf)),
 161 and [teaching_statement](Teaching Statement)
 162 ([teaching_statement.pdf](pdf)).
 163
 164 For my contact information or additional references, please e-mail
 165 <don@donarmstrong.com>
 166