resume.mdwn

   1 [[!meta title="Curriculum Vitæ, Research Statement, and Teaching Statement"]]
   2
   3 # Education
   4 ## UC Riverside
   5 + **PhD** in Cell, Molecular and Developmental Biology
   6 + **BS** in Biology
   7
   8 # Skills
   9 ## Genomics and Epigenomics
  10 + Genomics and Epigenomics of complex human diseases including
  11   PTSD, Systemic Lupus Erythematosus, and Alzheimer's Disease using
  12   cross-sectional and longitudinal experimental designs
  13 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  14   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  15   frequentist methods approaches
  16 + Reproducible, scalable analysis using workflows on cloud- and
  17   cluster-based systems on terabyte-scale datasets
  18 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  19
  20 ## Statistics
  21 + Statistical modeling
  22 + Addressing confounders and batch effects
  23 + Reproducible research
  24
  25 ## Big Data
  26 + Parallel and Cloud Computing
  27 + Inter-process communication: MPI, OpenMP, Hadoop
  28 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  29 + Cloud based-infrastructure: Azure, AWS, Docker, cloud-init
  30 + Debian GNU/Linux system administration
  31
  32 ## Mentoring and Leadership
  33 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  34   interns
  35 + Chairperson of the Debian Technical Committee
  36 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  37
  38 ## Software Development
  39 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, assembly, sh, make
  40 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  41   automated testing
  42 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql
  43
  44 ## Communication
  45 + Strong written communication skills as evidenced by publication
  46   record
  47 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
  48   and teaching record
  49
  50 # Experience
  51 ## Research Scientist at UIUC
  52 + 2015–Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
  53   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
  54   development of parturition in mammals, and detecting adverse
  55   pregnancy outcomes using urinary exosomes.
  56
  57 ## Postdoctoral Researcher at USC
  58 + 2013–2015. Identifying genes and causal alleles associated with
  59   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
  60   next-generation sequencing, computational and biochemical
  61   approaches.
  62
  63 ## Postdoctoral Researcher at UCR
  64 + 2010–2012. Identifying genes which are associated with Systemic
  65   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
  66   studies.
  67
  68 ## Debian Developer
  69 + 2004–Present. *Debian Project*, Developer; Technical Committee
  70   Member (2010–2016), Technical Committee Chair (2015–2016).
  71
  72 # Authored Software
  73 + **[Debbugs](http://bugs.debian.org)**: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
  74    distribution. <https://bugs.debian.org>
  75 + **[CairoHacks](https://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)**:
  76   Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
  77 + **[Function2Gene](http://rzlab.ucr.edu/function2gene/)**: Gene
  78    selection tool based on literature mining which enables Bayesian
  79    approaches to significance testing.
  80 + **[Helical Wheel Projections](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)**:
  81    Web-based tool to draw helical wheel protein projections.
  82    <http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel>
  83
  84 # Publications and Presentations
  85 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times:
  86   <https://dla2.us/pubs>
  87 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays,
  88   epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid membranes
  89 + H index of 11
  90 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
  91   Source: <https://dla2.us/pres>
  92
  93 # Funding and Awards
  94 ## Grants
  95 + 2017 R Consortium:
  96   **[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)**
  97   Role: Co-PI
  98 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: **Making ancestral trees using Bayesian
  99   inference to identify disease-causing genetic variants** Role:
 100   Primary Investigator
 101 + **Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles** (R21
 102   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 103 + **NIAMS** R01-AR045650-04 **Genetics of Childhood Onset SLE** to Chaim O. Jacob.
 104   Role: Key Personnel
 105
 106 ## Scholarships and Fellowships
 107 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 108 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 109
 110 #Academic Information
 111
 112 You can also read my [Curriculum Vitæ](curriculum_vitae)
 113 ([pdf](dla-cv.pdf)), [Research Statement](research_statement)
 114 ([pdf](research_statement.pdf)),
 115 and [Teaching Statement](teaching_statement)
 116 ([pdf](teaching_statement.pdf)).
 117
 118 For my contact information or additional references, please e-mail
 119 <don@donarmstrong.com>
 120