resume.mdwn

   1 [[!meta title="Resumé"]]
   2
   3 # Experience
   4 ## Research Scientist at UIUC  2015--2017
   5 + Primarily responsible for the planning, design, organization,
   6   execution, and analysis of multiple complex epidemiological studies
   7   involving epigenomics, transcriptomics, and genomics of diseases of
   8   pregnancy and post-traumatic stress disorder.
   9 + Published results in scientific publications and presented results
  10   orally at major scientific conferences.
  11 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  12   direction, project management, and reporting.
  13 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  14   external scientists.
  15 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  16   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  17   scientific research, and modern statistical methodology.
  18 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  19   SQL, make, and very large computational systems.
  20
  21 ## Postdoctoral Researcher at USC  2013--2015
  22 + Primarily responsible for the design, execution, and analysis of an
  23   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  24   systemic lupus erythematosus using targeted deep sequencing.
  25 + Designed, budgeted, configured, maintained, and supported a secure
  26   linux analysis cluster (MPI/torque) with a shared filesystem (NFS
  27   over gluster) for statistical analyses.
  28 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  29   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  30 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  31   produce analyses and major reports.
  32
  33 ## Postdoctoral Researcher at UCR  2010--2012
  34 + Primarily responsible for the execution and analysis of an
  35   epidemiological study to identify genomic variants associated with
  36   systemic lupus erythematosus using prior information and array based
  37   approaches in a trio and cross sectional study of individuals from
  38   the Los Angeles and greater United States.
  39 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  40   perform the analyses.
  41
  42 ## Debian Developer  2004--Present
  43 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  44   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  45 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  46   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  47 + Developer of [Debbugs](https://bugs.debian.org), a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  48   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  49
  50 ## Independent Systems Administrator  2004--Present
  51 + Researched, recommended, budgeted, designed, deployed, configured,
  52   operated, and monitored highly-available high-performance enterprise
  53   hardware and software for web applications, authentication, backup,
  54   email, and databases.
  55 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  56   on Debian GNU/Linux systems.
  57 + Full life-cycle support of medium and small business networking
  58   infrastructure, including VPN, network security, wireless networks,
  59   routing, DNS, DHCP, and authentication.
  60
  61 # Education
  62 + Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology at UC Riverside
  63 + Batchelor of Science (BS) in Biology at UC Riverside
  64
  65 # Skills
  66 ## Data Science
  67 + Reproducible, scalable analyses using *R*, *perl*, and python with
  68   workflows on cloud- and cluster-based systems on terabyte-scale
  69   datasets
  70 + Experimental design and correction to overcome multiple testing,
  71   confounders, and batch effects using Bayesian and frequentist
  72   methods
  73 + Design, development, and deployment of algorithms and data-driven
  74   products, including APIs, reports, and interactive web applications
  75 + Statistical modeling (regression, inference, prediction/forecasting,
  76   time series, and machine learning in very large (> 1TB) datasets)
  77 + Data mining, cleaning, processing and quality assurance of data
  78   sources and products using tidydata formalisms
  79 + Visualization using *R*, ggplot, Shiny, and custom written routines.
  80
  81 ## Software Development
  82 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, sh, make
  83 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  84   automated testing
  85 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
  86 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
  87 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
  88   Powerpoint
  89
  90 ## Genomics and Epigenomics
  91 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  92   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
  93   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  94   publication.
  95 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  96   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
  97   systems on terabyte-scale datasets
  98 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
  99   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto.
 100 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
 101   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
 102   frequentist methods approaches
 103 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
 104
 105 ## Statistics
 106 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
 107   learning in very large (> 1TB) datasets)
 108 + Addressing confounders and batch effects
 109 + Reproducible research
 110
 111 ## Big Data
 112 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 113 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 114 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 115 + Linux system administration
 116
 117 ## Genomics and Epigenomics
 118 + Linkage and association-based mapping of complex phenotypes using
 119   next-generation sequencing and arrays
 120 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
 121   software
 122
 123 ## Mentoring and Leadership
 124 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
 125   interns
 126 + Former chair of Debian's Technical Committee
 127
 128 ## Communication
 129 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 130   record
 131 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
 132   and teaching record
 133
 134 ## Consortia Involvement
 135 + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
 136 + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
 137   variants which are correlated with PTSD.
 138 + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
 139
 140 # Authored Software
 141 + *[Debbugs](http://bugs.debian.org)*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 142    distribution. [https://bugs.debian.org]
 143 + *[CairoHacks](https://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 144 + *[Function2Gene](http://rzlab.ucr.edu/function2gene/)*: Gene selection tool based on literature mining which
 145    enables Bayesian approaches to significance testing.
 146 + *[Helical Wheel Projections](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)*: Web-based tool to draw helical wheel
 147    protein projections. [http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]
 148
 149 # Publications and Presentations
 150 + 24 peer-reviewed publications cited over 1800 times:
 151   https://dla2.us/pubs
 152 + H index of 11
 153 + Numerous invited talks on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 154   Source: https://dla2.us/pres
 155
 156 # Funding and Awards
 157 ## Grants
 158 + 2017 R Consortium: *[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)* Role:
 159   Co-PI
 160 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 161   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 162   Primary Investigator
 163 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 164   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 165 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 166   Role: Key Personnel
 167
 168 ## Scholarships and Fellowships
 169 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 170 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 171
 172 # Academic Information
 173
 174 You can also read my [Curriculum Vitæ](curriculum_vitae)
 175 ([pdf](dla-cv.pdf)), [Research Statement](research_statement)
 176 ([pdf](research_statement.pdf)),
 177 and [Teaching Statement](teaching_statement)
 178 ([pdf](teaching_statement.pdf)).
 179
 180 For my contact information or additional references, please e-mail
 181 <don@donarmstrong.com>
 182