resume.mdwn

   1 [[!meta title="Curriculum Vitæ, Research Statement, and Teaching Statement"]]
   2
   3 # Education
   4 ## UC Riverside
   5 + **PhD** in Cell, Molecular and Developmental Biology
   6 + **BS** in Biology
   7 # Skills
   8 ## Genomics and Epigenomics
   9 + Genomics and Epigenomics of complex human diseases including
  10   PTSD, Systemic Lupus Erythematosus, and Alzheimer's Disease using
  11   cross-sectional and longitudinal experimental designs
  12 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  13   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  14   frequentist methods approaches
  15 + Reproducible, scalable analysis using workflows on cloud- and
  16   cluster-based systems on terabyte-scale datasets
  17 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  18 ## Statistics
  19 + Statistical modeling
  20 + Addressing confounders and batch effects
  21 + Reproducible research
  22 ## Big Data
  23 + Parallel and Cloud Computing
  24 + Inter-process communication: MPI, OpenMP, Hadoop
  25 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  26 + Cloud based-infrastructure: Azure, AWS, Docker, cloud-init
  27 + Debian GNU/Linux system administration
  28 ## Mentoring and Leadership
  29 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  30   interns
  31 + Chairperson of the Debian Technical Committee
  32 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  33 ## Software Development
  34 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, assembly, sh, make
  35 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  36   automated testing
  37 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql
  38 ## Communication
  39 + Strong written communication skills as evidenced by publication
  40   record
  41 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation
  42   and teaching record
  43
  44 # Experience
  45 ## Research Scientist at UIUC
  46 + 2015--Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
  47   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
  48   development of parturition in mammals, and detecting adverse
  49   pregnancy outcomes using urinary exosomes.
  50 ## Postdoctoral Researcher at USC
  51 + 2013--2015. Identifying genes and causal alleles associated with
  52   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
  53   next-generation sequencing, computational and biochemical
  54   approaches.
  55 ## Postdoctoral Researcher at UCR
  56 + 2010--2012. Identifying genes which are associated with Systemic
  57   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
  58   studies.
  59 ## Debian Developer
  60 + 2004--Present. \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee
  61   Member (2010--Present), Technical Committee Chair (2015--2016).
  62 # Authored Software
  63 + **[Debbugs](http://bugs.debian.org)**: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
  64    distribution. [https://bugs.debian.org]
  65 + **[CairoHacks](http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)**:
  66   Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
  67 + **[Function2Gene](http://rzlab.ucr.edu/function2gene/)**: Gene
  68    selection tool based on literature mining which enables Bayesian
  69    approaches to significance testing.
  70 + **[Helical Wheel Projections](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)**:
  71    Web-based tool to draw helical wheel protein projections.
  72    [http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]
  73 * Publications and Presentations
  74 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times:
  75   [https://dla2.us/pubs]
  76 + Publication record in GWAS, expression analysis of microarrays,
  77   epigenetics, comparative evolution of mammals, and lipid membranes
  78 + H index of 11
  79 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
  80   Source: [https://dla2.us/pres]
  81
  82 # Funding and Awards
  83 ## Grants
  84 + 2017 R Consortium:
  85   **[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)**
  86   Role: Co-PI
  87 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: **Making ancestral trees using Bayesian
  88   inference to identify disease-causing genetic variants** Role:
  89   Primary Investigator
  90 + **Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles** (R21
  91   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
  92 + **NIAMS** R01-AR045650-04 **Genetics of Childhood Onset SLE** to Chaim O. Jacob.
  93   Role: Key Personnel
  94 ## Scholarships and Fellowships
  95 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
  96 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
  97
  98 Academic Information
  99 ------------
 100
 101 You can also read my [Curriculum Vitæ](curriculum_vitae)
 102 ([pdf](dla-cv.pdf)), [Research Statement](research_statement)
 103 ([pdf](research_statement.pdf)),
 104 and [Teaching Statement](teaching_statement)
 105 ([pdf](teaching_statement.pdf)).
 106
 107 For my contact information or additional references, please e-mail
 108 <don@donarmstrong.com>
 109