projects.mdwn

   1 [[!meta title="Projects"]]
   2 Projects
   3 ========
   4
   5 Here are some of the many projects I'm working on or have previously
   6 worked on.
   7
   8 [[!toc levels=2]]
   9
  10 Debian
  11 ======
  12
  13 I use [Debian](http://www.debian.org) on all of my computers and
  14 regularly contribute to it. You can see some of the work I'm doing in
  15 Debian below.
  16
  17 * [My Debian packages](http://qa.debian.org/developer.php?login=don)
  18 * [Debbugs](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) -- the bug tracking
  19   system for Debian
  20 * [Listmaster](http://wiki.debian.org/Teams/Listmaster) -- mailing
  21   list maintainers for [lists.debian.org](http://lists.debian.org)
  22 * [Technical Committee](http://www.debian.org/devel/ctte) -- Debian's
  23   technical decision making board; responsible for resolving technical
  24   disputes between developers
  25
  26
  27 Debbugs
  28 -------
  29
  30 Debbugs is Debian's Bug Tracking System. I am currently the primary
  31 maintainer of debbugs. You can see what I'm working on in
  32 [my git repositories](http://git.donarmstrong.com/debbugs.git), what I
  33 need to work on in
  34 [Debbug's bug list](https://bugs.debian.org/debbugs),
  35 [read more information](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) about
  36 contributing to Debbugs yourself, and see all of
  37 [my posts](/tags/debbugs/) about Debbugs.
  38
  39
  40 Debian R Packages
  41 -----------------
  42
  43 I maintain
  44 [builds of the vast majority of R packages for Debian](/r/debian_r).
  45 You can also see [my posts](/tags/debian-r) about the Debian-r archive.
  46
  47 Bioinformatics
  48 ==============
  49
  50 Below are some of the bioinformatics and biologically relevant tools I
  51 have built.
  52
  53 Postgresql Mirror of dbSNP
  54 --------------------------
  55
  56 Being able to query [dbSNP](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) locally
  57 is very useful for adding annotations to deep sequencing results and
  58 other DNA polymorphism based analyses. See how to set up a
  59 [postgresql mirror of dbsnp](/genetics/dbsnp_mirror/) yourself using
  60 my scripts.
  61
  62 Helical Wheel Plots
  63 -------------------
  64 Plots alpha helical wheels with hydrophobic moment according to the
  65 wif scale (not woct).
  66
  67  * [Program](<http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)
  68  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.html)
  69  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/wheel.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  70  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/?root=RZ+Lab+CVS)
  71
  72
  73 Perl Modules
  74 ============
  75
  76 * Class::Modular is a superclass that allows one to generate a single
  77    class from modules spread throughout multiple files and overload
  78    methods within that class at will. Da::DB inherits from
  79    Class::Modular.
  80    [svn repository](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/?root=Class+Modular)
  81
  82
  83 LaTeX Math to PNG
  84 -----------------
  85 Converts LaTeX math formula to PNG files. ($$x^2_0+y^2_0=r^2_0$$)
  86 becomes ![rendered equation](http://rzlab.ucr.edu/scripts/latexmath2png/latexmath2png.pl)
  87
  88  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/?root=RZ+Lab+CVS)
  89  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.pl?rev=HEAD&root=RZ+Lab+CVS&content-type=text/vnd.viewcvs-markup)
  90  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  91