projects.mdwn

   1 Projects
   2 ========
   3
   4  These are some of the more recent publicly available projects that
   5  I've been working on. Most of the code here is available under the
   6  GPL, but check the licences in individual files or e-mail me if it is
   7  unclear. Everything here is primarily used by me, and may not be
   8  suitable for you. Feel free to e-mail me with any questions or
   9  patches, though. As always, Caveat Lector.
  10
  11
  12
  13 Reference System
  14 ----------------
  15
  16 Originally written in PHP, the reference system is being totally
  17 rewritten in perl with mod_perl, postgresql and various other
  18 routines. It was originally designed to track scholarly articles and
  19 hold note and references related to them. However, the new version of
  20 the system will be used to track everything from books to images to
  21 newspapers to songs. Basically, it's a portable memory system that
  22 happens to be web based and accessible from any where in the planet.
  23
  24  * [PHP CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/ref_php/?root=Ref+CVS)
  25  * [New CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/ref/?root=Ref+CVS)
  26
  27 Utilities Modules
  28 -----------------
  29 The new reference system has lead me to redesign many of the modules
  30 that I use alot. Most of them now can be plugged into and out of perl
  31 programs at will, decreasing development time of mod_perl based web
  32 projects. More importantly, it makes my code a lot more modular, and
  33 keeps me from going insane tracking it all.
  34
  35  * Class::Modular is a superclass that allows one to generate a single
  36    class from modules spread throughout multiple files and overload
  37    methods within that class at will. Da::DB inherits from
  38    Class::Modular. [svn repository](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/?root=Class+Modular)
  39  * Da::DB is the main Database class. All (or almost all) database
  40    interaction occurs through da_dbh objects or dynamically loaded sub
  41    modules of Da::DB. (The new Template::Provider code is an example
  42    of a loadable sub module.) [svn repository](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/?root=Da+DB)
  43
  44 Micro Array Utilities
  45 ---------------------
  46 These R functions and a few perl scripts are used to analyse Gene
  47 Microarray data from affymetrix datafiles.
  48
  49   * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/ma_utilities/?root=RZ+Lab+CVS)
  50   * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/ma_utilities/ma_utilities.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  51
  52 LaTeX Math to PNG
  53 -----------------
  54 Converts LaTeX math formula to PNG files. ($$x^2_0+y^2_0=r^2_0$$)
  55 becomes ![rendered equation](http://rzlab.ucr.edu/scripts/latexmath2png/latexmath2png.pl)
  56
  57  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/?root=RZ+Lab+CVS)
  58  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.pl?rev=HEAD&root=RZ+Lab+CVS&content-type=text/vnd.viewcvs-markup)
  59  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  60
  61 Diary Script
  62 --------------------
  63
  64  * [Source](diary/diary.html)
  65  * [Download](diary/diary.gz)
  66
  67 Helical Wheel Plots
  68 -------------------
  69 Plots alpha helical wheels with hydrophobic moment according to the
  70 wif scale (not woct).
  71
  72  * [Program](<http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)
  73  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.html)
  74  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/wheel.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  75  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/?root=RZ+Lab+CVS)
  76
  77 Frog's Leap Website
  78 -------------------
  79 Various Scripts and HTML design for both the flash and html sections of the site using perl and javascript.
  80 * [Link](http://www.frogsleap.com)
  81