posts/placenta_viviparous_paper.mdwn

   1 [[!meta title="Core Transcriptome of Mammalian Placentas"]]
   2
   3 Our
   4 [paper which describes the components of the placenta transcriptome which are conserved among all placental mammals](http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143400417302369) in
   5 *Placenta* just came out today. More importantly than the results and
   6 the text of the paper, though, is the fact that all of the code and
   7 results of this paper, from the very first work I did two years ago to
   8 its publication today is present in git, and (in theory) reproducible.
   9
  10 You can see where our paper was rejected from
  11 *[Genome Biology](https://github.com/uiuc-cgm/placenta-viviparous/tree/genome_biology_submission_4202016)*
  12 and
  13 *[Genes and development](https://github.com/uiuc-cgm/placenta-viviparous/tree/genes_dev_submission)* and
  14 [radically refocused before submission to
  15 *Placenta*](https://github.com/uiuc-cgm/placenta-viviparous/compare/genes_dev_submission...master#diff-dfaf04b448930bc40fe8b2907f2c7223).
  16 But more importantly, you can know where every single result which is
  17 mentioned in the paper came from, the precise code to generate it, and
  18 how we came to the final paper which was published. [And you've also
  19 got all of the hooks to branch off from our analysis to do your own
  20 analysis based on our data!]
  21
  22 This is what open, reproducible science should look like.
  23
  24 [[!tag biology placenta openscience]]