two (unsuccessful so far) additions for udunits

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@188 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added AASC repository of local Vienna Stats packages (from which we need udunits, coinor-symphony, ...)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@187 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

bring up to date with cran box config

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@186 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

do not destroy archive between builds: accumulate. for this reason, no reason for manually bringing in dependent R packages. should just work. (untested)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@185 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

be more verbose about database release

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@184 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

make marking for complete rebuild a manual trigger, not automatic

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@183 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

some more license override attempts

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@182 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added "sysreq netcdf netcdf%" for RNetCDF; still need udunits

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@181 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added "sysreq curl curl%" for Rlabkey

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@180 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added "sysreq ignore posix-compliant os" for multicore

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@179 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added ignore winbugs so that we get R2WinBUGS and R2jags built

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@178 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added build and run aliases jags jags

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@177 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

more TODO

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@176 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added sysreq jags jags

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@175 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

two additions for RPostgreSQL

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@174 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added sysreq for boost

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@173 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

notes on data/, update TODO

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@172 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

quantlib should now use libquantlib-0.9.7

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@171 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

tester

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@170 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added sysreq for wordnet and matching dependency alias to wordnet-base

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@169 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

R dependency on tcl and tk moved from 8.4 to 8.5 in Debian unstable

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@168 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

rm pkg (R-forge does not appear to like symlink)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@167 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Merged branch/multisys into trunk.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@166 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Merge branch/multisys into trunk.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@165 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Rebase to trunk. Pull in patching fun.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@164 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Merged branch/patch into trunk

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@163 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Merge branch/patch into trunk

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@162 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

missed system from build log recreation(!)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@161 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

remove invalid forced dependencies

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@160 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

latest overrides from vienna

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@159 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

db: record which system a particular build was for.

the biggest side-effect of this change is the database schema must change in a way that
sqlite will not let happen without rebuilding the database. (Hence take this
opportunity to rename git_revision to scm_revision.)

cran2deb essentially behaves as if it cannot see any builds for any system
other than the currently configured one.

Also: note some changes in the documentation. One bit just has a fat warning as
I am feeling lazy. Sorry.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@158 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

use system-dependent config for pbuilder in update

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@157 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

make update use mini-dinstall config from system-depenent config (oops!)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@156 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

adapt for pbuilder base.tgz moving to system specific naming

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@155 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

infomercial + host_arch regression

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@154 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

missing parentheses

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@153 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

multisys: support for multiple os-arch configurations (preliminary)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@152 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Build-Depend upon dpatch

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@151 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

drop simple-patchsys; r-cran.mk already uses dpatch.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@150 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

A first simple attempt at patching.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@149 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

change git_revision to scm_revision; use svn $Id$.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@148 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

link R-forge pkg to the trunk of development.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@147 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

remove pkg (to replace next commit...)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@146 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

pkg/trunk -> trunk

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@145 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

some extra licenses

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@144 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

license: try looking in inst/ for LICENSE; fail nicely if it is missing.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@143 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

DESCRIPTION: if Maintainer and/or Author are not defined, use the other, or fail gracefully.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@142 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

iconv: don't truncate input; omit the invalid character and continue.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@141 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

typo! if length is *less* than one, then substitute.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@140 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

new overrides from a most productive session with Dirk!

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@139 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

fix umask to 002

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@138 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

work around lintian's extended-description-is-empty message.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@137 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

depend: change ls output to match the input. this should help compare the database to what's in git.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@136 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

repopulate: the repopulate command, as previously promised but somehow missed from the commit.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@135 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

latest_log: small tool to show the latest log messages for a failed or successful build of a package.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@134 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

typo: build->bin, correctly report forced binary dependencies.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@133 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

force cairoDevice to depend upon libgtk

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@132 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

more verbose dependency messages.  rewrite some scripts to use sh not rc (a few complicated ones remain).  separate update into update and repopulate. add some documentation.

cran2deb repopulate will bump the DB version, cran2deb update will not.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@131 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

doc: add a pointer to `cran2deb help'

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@130 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

doc: document installation and some of the database internals

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@129 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

set the default umask for cran2deb to 002 and clean up the archive after build. hopefully this will allow smoother group operation.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@128 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

remaining archive transistion

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@127 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

revert to using git commit id in zzz.R; git $Id$ is not the same as CVS $Id$

git $Id$ binds to the identity of the resident object, not of the
ocmmit.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@126 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

remove git revision hack (use git's $Id$ equivalent). put archive symlink in /etc/cran2deb

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@125 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

typo: extra )

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@124 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

config: move ROOT/etc to /etc/cran2deb

installing a new cran2deb no longer will clobber the previous config.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@123 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

support local CRAN/BioC mirror in /srv/R/Repositories

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@122 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

add amd64 to repository.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@121 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

depend: typo tsch -> tcsh.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@120 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

gsoc_final

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@119 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

This directory will host the tags

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@118 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

depend: update dependencies to match what's in the Debian repository.  force run dependencies as build dependencies.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@117 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

rJava: depend upon autotools-dev, run R CMD javareconf before build.

build hook for R CMD javareconf is hacky and needs to be replaced, but
works for now. rJava needs to depend upon autotools-dev to ensure it has
up to date configure scripts.

also drop BioC for now.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@116 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: always force the build of packages mentioned on the command line.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@115 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

pkg: push more of the responsibility for the source archive into getrpkg.

in particular this allows us to use a previous source archive for a new
build of the same upstream version.  the factorisation is much simpler
this way too.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@114 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

doc: document the commands better

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@113 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

data: cran2deb.db should not be here -- it is created in /var/cache/cran2deb

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@112 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

use NULL instead of NA. include git revision and date stamp in build log. generate changelog.

NA has length 1 and conveys perhaps-ok information. NULL was often more
appropriate.

a configure script edits R/zzz.R to add a new global 'git_revision'
prior to R building the package. This assumes that the current working
directory is in a git repository and will fail if it is not.

changelog generated according to Debian guidelines---latest builds to
the top. Included: the git revision of cran2deb, the time/date, and the
database version.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@111 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

data: add some more default dependency aliases, forced dependencies, and licenses.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@110 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

getrpkg: increase the timeout: there's a 45MB R package!

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@109 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

README: document some of the cran2deb commands.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@108 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update_cache: remove duplicate packages from available.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@107 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

getrpkg: invoke curl rather than using download.packages.

curl has the options necessary to make a mass build possible with my
current unreliable internet connection. some tcp connections hang
indefinitely, which indefinitely halts any build. retrying works. R has
no suitable timeout mechanism.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@106 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: do not compare deb_revision numbers when deciding whether to rebuild or not. remove some unnecessary verbosity in generating debian/control.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@105 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: make things a little more robust.

turns out c(1,'lala') -> makes 1 a string. use list() instead. also
catch the exception when build_new_version fails.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@104 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

cache: use BioC and CRAN; too many interdependencies. always pick packages in CRAN over those in BioC. add build depends for java on libgcj9-dev (jni)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@103 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

misc: never try to build base packages. revert from using tee for log_system -- it clobbers the exit status.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@102 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: log system output, build if last build failed. don't build if last build succeeded and nothing has changed.

in particular, it checks that the upstream version, the debian epoch,
and the database version have not changed.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@101 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

version: increment revision when a new build is attempted and the previous build was successful.

every successful build will have its own revision; code to be introduced
ensures that builds only occur when 'things change', hence revisions
correspond to successful builds of things significantly changing, except
the greatest revision, which may be a failed build.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@100 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

db: sql conformant quoting, use NULL not NA for missing values, allow build log overwrite.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@99 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

version: deal with bundles when generating a new build version.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@98 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

misc: change default maintainer to avoid prior art, idem java alias

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@97 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

exec: drop bioc, more verbose version mismatch error, switch hoc to awk (more portable)

some packages are in bioc and cran (e.g., graph). this confused cran2deb
as One True Package is expected. to solve this, we could filter for
common tables and take the highest version number. but who's to say
these aren't actually distinct packages? so for now, assume all cran
dependencies are satisfiable in cran (they aren't).

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@96 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

misc fixes: update database fully rather than just licenses, initialise a variable in autobuild, correct some corruption(?!), don't include orig.tar.gz if the package revision > 1.

slightly worrying how the 5 changed to a 1.

R's error reporting is pretty foul. this missing extra_deps error
manifested itself 3-4 layers down the stack trace. R doesn't give a
stack trace either. not good for large software.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@95 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

depends: don't fail prematurely on unavailable packages

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@94 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

db: don't quote spaces, semi-colons and commas: it's weird.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@93 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

version: use base epoch

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@92 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: automatically version package builds, record results in build log, record all cran2deb generated messages in log.

automatic version works as follows:
- if there is no previous build in the database, use R version with
epoch=0 (will probably change to base_epoch in the DB), revision=1.
- if there is a previous build, and the R version of that build is the
same as the R version of the to-be-built, then increment the revision
by one.
- otherwise use the previous epoch and revision=1 with the new R version.

TODO: grab the output from system()s into the log too.
TODO: whilst version changes make sense, the Debian revision number
probably creeps up a little bit too quickly. No point in versioning
failed builds or repeat builds where nothing changed.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@91 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

build: refactor, add autobuild command to build outdated packages.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@90 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

db: tracking builds & packages backend.

note: database needs to be completely recreated with this commit.

packages are flagged for build iff:
- there is no latest build
- the database (or cran2deb) has changed since the last build
- the debian epoch for cran2deb has changed since the last build
- the R version of the last build does not match that of the very
latest R package.
it should be easy to add further conditions in as this is all done with
one moderately-sized SQL SELECT.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@89 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb