start allowing for local user cache configuration

Merge branch 'master' into build-only

 * add svnversion.R

 * switch source to 1 for building

 * add missing build-depends

Email sent to the authors of flowQ requesting
a System Requirement for ImageMagick to be
added.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@362 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Some configuration tool shipping with -bin is needed for the development.
Might be a Debian packaging error of netcdf4.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@361 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Accepting license for mirbase. I think it was
even public domain, cannot recall. Something free.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@360 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Mapping to ca-sa for zipcode.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@359 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

The way that the license hash_sha1 is computed in
exec/license prduces the exact same results as does
the UNIX tool sha1sum. This is a very decent thing
and would be accepted by me as the reference of
a license hash. Any other hash should be additive
to that first one.

The routine producing the license text from files
with the 'file LICENSE' did some changes to the
license text prior to forming the hash sum. This
was certainly meant well, but it also prohibited
the "cran2deb license hash" to work together with
"cran2deb build" in exceptional cases when there
are newlines too much or the when some text of
the license had a blank at the end of the line,
and donno when else.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@358 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

For the largish BioConductor files one has
(even with good connects) download times of
45 minutes, easily. Retries are found not
to be necessary, limit set to 60.

One does not not want to
try again in an unsupervised manner after
dropping 500MBs of download because of a
time limit, retries hence set to 0.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@357 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Some more insights for the README.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@356 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Improving the mapping/handling of sysreqs.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@355 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Added help for the interpretation of 'gsl'
as a system requirement.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@354 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

netcdf has a newer soname.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@353 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Fixed depends for Rgraphviz (missing dot appliation) and flowClust (missed GSL).

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@352 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Adjusted imagemagick dependencies, e.g. for EBImage.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@351 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Helped documentation on adding license info.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@350 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Adding propmpt that was lost with Tony's fix.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@349 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Applying Tony's fix from depends to license.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@348 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Adding description of dealing with database to README.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@347 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Fixed dependencies for Rgraphviz and maybe also for
the one or other package depending on imagemagick's
libraries.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@346 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Rgraphviz should compile with this information.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@345 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

The magick9 files are not available for me.
The magic++ libraries drag with them quite a bit,
but at least for EBImage this seems correct.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@344 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Working with BioConductor.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@343 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Fixes to BASH version of exec/update,
update_cache allows for multiple mirrors.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@342 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Knowing how to interpret rforge and omegahat, too.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@341 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Syntax correction.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@340 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

From Plan 9 shell to BASH. Works.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@339 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Removed irrelavant PDF "don't compress" instruction.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@338 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

UNIX style has a newline at the end.
A search for the application of this
exec/which_system seems to suggest
that the newline is fine.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@337 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Transformed Plan 9 shell script into BASH,
preparing to also transform it into an R
script.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@336 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Added code for a nicely working Debian package.
This is meant to help ourselves for the development
of cran2deb. As much as possible for the maintenance
of a cran2deb installation should go in there
(and into the README).

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@335 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Many debug statements were added (not shown by default). They are likely
to be removed soon. That area is currently been scrutinised for a better
interaction with the human operator for the manual inspection of licenses
the feeding back of such "editorial decisions" (Dirk).

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@334 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Added (defaulted off) more debug messages.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@333 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Some increased verbosity for the update cache routine.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@332 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

More messages in the build script. Some
improved clarity of the code. Change of
semantics: the system for the very moment
does not fail upon the failure of the
packaging process of a single package.

This will become a paramter to set with
a very soon further commit.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@331 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Added debug statements. Off by default.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@330 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Improving compliance to Debian policy with the
specification of the Homepage.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@329 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Only now added the reference hookdir to the
repository.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@328 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

The README was enhanced in many ways to direct the
anticipated additional helping hands this effort
is hoping to attract. I was very glad to have
experienced the original version of it and it
certainly will be appreciated by those following
us.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@327 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

The hook directory for i386 and the hook itself.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@326 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

The hook directory may collect scripts to
update the build directory when triggered
by various events.

We needed it to perform an "apt-get update"
to learn about the new packages (or latest
version of those) that cran2deb has just
crafted and uploaded.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@325 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Series of improved error messages or debug statements,
added by Tony or myself while learning about the interpretation
of various errors.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@324 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Bug occurring only for non-interactive shell. Fixed by Tony.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@323 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Circumvented bug in hwriter that cannot write empty tables. Using getopt package to read arguments. The cran2deb shell script needed to be adapted for it and the
DESCRIPTION now mentions also getopt.

(little)r and getopt together as so strong, that in the (a bit) longer run I also see it substitute what today is implemented in the plan 9 shell, if you do not mind.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@322 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

double-comma typo

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@321 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

rename double_build -> split_build

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@320 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

split view of debian_dependency and blacklist_packages by system; preparation for ubuntu building

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@319 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

initial commit of build all-at-once code.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@318 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

sync. data with host

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@317 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

also treat doMPI as Rmpi and npRmpi and add --no-test-load

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@316 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

the Rmpi and npRmpi packages fail at the end of R CMD INSTALL because the test load of the package fails (outside of an MPI context)
so added a crude hack that when the debian/rules is written, 'extraInstallArgs="--no-test-load"' is added (as I do for Debian's Rmpi package)
conceivably we may want to generalise this one day as we do for lintian tests and patches and either look at at directory or a db table

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@315 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

reprepro version before the massacre

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@314 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update TODO

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@313 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

rip bundles

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@312 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

sudo to cran2deb user prior to commands if not already user

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@311 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update todo

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@310 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

park another bundle check in the closet

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@309 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@308 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

use notice() not fail() if package is blacklisted

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@307 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

db_time_format no longer likes %Z, so removed

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@306 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

make r_bundle_of() a null-op as there are no more bundles in R 2.11.0

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@305 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

current lintian version is 3.8.4

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@304 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

switch to reprepro instead of dput + mini-dinstall -- this works for i386 but we need to rearchitect things for amd64

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@303 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

sync with current cran2deb

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@302 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

add option to not cleanup (debug) packages to build.  update aliases/hashes from db.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@301 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

fix another brown bag bug / typo for good measure

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@300 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

fix brown bag bug / typo

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@299 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update_cache reverted to prior version (which calls get_base_pkgs)
get_base_pkgs now restricted to base package leaving Recommended packages for us to build

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@298 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

set base_pkgs to empty string in exec/update_cache to build them all as there is no longer a reason not to

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@297 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added simply 'group by' on explanation for db_blacklist_reason

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@296 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

expand max_log_len (that was a pending commit I forgot to check in weeks ago)

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@295 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added two Encoding overrides which helps for packages by Jens when he writes his names as Umlaut-a

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@294 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

one correction about function names -- we now have lintian support

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@293 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

trying to a lintian layer similar to patches as we cannot patch inside debian/

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@292 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

some debugging statements added and currently commented-out

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@291 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

bah, copy and paste error

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@290 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

add a missing quote() around sql statement part

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@289 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

try a try() around a killer sql statement

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@288 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

usage message was missing word 'build'

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@287 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

work around calloc error in R 2.10

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@286 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

force build in build_all

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@285 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

add build_all script

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@284 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

too much matlab.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@283 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

add Author and Maintainer fields to description

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@282 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

force RGtk2 to depend upon glade. bug reported by Balazs Barany. thanks.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@281 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

www redirect to homepage

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@280 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

speeling

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@279 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

brand it a bit

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@278 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update dependencies

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@277 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

generate cran2deb status web pages

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@276 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update TODO

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@275 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

backup license hashes. this is not optimal wrt accountability but should suffice for now.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@274 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Standards-Version increased to 3.8.3

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@273 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

update sysreq, aliases, and forces from db.

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@272 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

Standards-Version: now 3.8.2

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@271 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

drop empty sysreqs

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@270 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

small updates, new URL for apt-get

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@269 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb

added other category

git-svn-id: svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/cran2deb@268 edb9625f-4e0d-4859-8d74-9fd3b1da38cb