From 9052a73697c99a1f0634e2d1f2cf2932f8288810 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: martinahansen Date: Fri, 29 Nov 2013 21:07:46 +0000 Subject: [PATCH] added tests to find_orfs git-svn-id: http://biopieces.googlecode.com/svn/trunk@2262 74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d --- bp_test/in/find_orfs.in | 4 + bp_test/out/find_orfs.out.1 | 221 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++ bp_test/out/find_orfs.out.2 | 109 ++++++++++++++++++ bp_test/out/find_orfs.out.3 | 67 +++++++++++ bp_test/out/find_orfs.out.4 | 11 ++ bp_test/out/find_orfs.out.5 | 53 +++++++++ bp_test/out/find_orfs.out.6 | 81 +++++++++++++ bp_test/test/test_find_orfs | 27 +++++ 8 files changed, 573 insertions(+) create mode 100644 bp_test/in/find_orfs.in create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.1 create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.2 create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.3 create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.4 create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.5 create mode 100644 bp_test/out/find_orfs.out.6 create mode 100755 bp_test/test/test_find_orfs diff --git a/bp_test/in/find_orfs.in b/bp_test/in/find_orfs.in new file mode 100644 index 0000000..0816135 --- /dev/null +++ b/bp_test/in/find_orfs.in @@ -0,0 +1,4 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.1 b/bp_test/out/find_orfs.out.1 new file mode 100644 index 0000000..32433c3 --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.1 @@ -0,0 +1,221 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 105 +S_BEG: 75 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 87 +S_BEG: 93 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 273 +S_BEG: 97 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGA +SEQ_LEN: 189 +S_BEG: 113 +S_END: 302 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 345 +S_BEG: 186 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 117 +S_BEG: 253 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 87 +S_BEG: 283 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 246 +S_BEG: 285 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 307 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 198 +S_BEG: 333 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 335 +S_END: 398 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 753 +S_BEG: 449 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 78 +S_BEG: 453 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 216 +S_BEG: 475 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 675 +S_BEG: 527 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGA +SEQ_LEN: 144 +S_BEG: 531 +S_END: 675 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 663 +S_BEG: 539 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 606 +S_BEG: 596 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 588 +S_BEG: 614 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 582 +S_BEG: 620 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 576 +S_BEG: 626 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 628 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 531 +S_BEG: 671 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 414 +S_BEG: 727 +S_END: 1141 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 336 +S_BEG: 798 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 324 +S_BEG: 810 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 192 +S_BEG: 942 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 198 +S_BEG: 1004 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 132 +S_BEG: 1009 +S_END: 1141 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 72 +S_BEG: 1130 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAG +SEQ_LEN: 117 +S_BEG: 1278 +S_END: 1395 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.2 b/bp_test/out/find_orfs.out.2 new file mode 100644 index 0000000..245f934 --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.2 @@ -0,0 +1,109 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 105 +S_BEG: 75 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 87 +S_BEG: 93 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 273 +S_BEG: 97 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 345 +S_BEG: 186 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 246 +S_BEG: 285 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 307 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 335 +S_END: 398 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 216 +S_BEG: 475 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 675 +S_BEG: 527 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 663 +S_BEG: 539 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 576 +S_BEG: 626 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 628 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 324 +S_BEG: 810 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 192 +S_BEG: 942 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 132 +S_BEG: 1009 +S_END: 1141 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.3 b/bp_test/out/find_orfs.out.3 new file mode 100644 index 0000000..c0b891e --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.3 @@ -0,0 +1,67 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 594 +S_BEG: 97 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 438 +S_BEG: 253 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 408 +S_BEG: 283 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 384 +S_BEG: 307 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 297 +S_BEG: 394 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 216 +S_BEG: 475 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 628 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 414 +S_BEG: 727 +S_END: 1141 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 132 +S_BEG: 1009 +S_END: 1141 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.4 b/bp_test/out/find_orfs.out.4 new file mode 100644 index 0000000..d09da47 --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.4 @@ -0,0 +1,11 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 753 +S_BEG: 449 +S_END: 1202 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.5 b/bp_test/out/find_orfs.out.5 new file mode 100644 index 0000000..f9836ac --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.5 @@ -0,0 +1,53 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 87 +S_BEG: 93 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 87 +S_BEG: 283 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 307 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 335 +S_END: 398 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 78 +S_BEG: 453 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 628 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 72 +S_BEG: 1130 +S_END: 1202 +--- diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.6 b/bp_test/out/find_orfs.out.6 new file mode 100644 index 0000000..bc138a2 --- /dev/null +++ b/bp_test/out/find_orfs.out.6 @@ -0,0 +1,81 @@ +SEQ_NAME: Test +SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT +SEQ_LEN: 1425 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA +SEQ_LEN: 105 +S_BEG: 75 +S_END: 180 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG +SEQ_LEN: 273 +S_BEG: 97 +S_END: 370 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGA +SEQ_LEN: 189 +S_BEG: 113 +S_END: 302 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA +SEQ_LEN: 345 +S_BEG: 186 +S_END: 531 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA +SEQ_LEN: 63 +S_BEG: 335 +S_END: 398 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA +SEQ_LEN: 753 +S_BEG: 449 +S_END: 1202 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA +SEQ_LEN: 216 +S_BEG: 475 +S_END: 691 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGA +SEQ_LEN: 144 +S_BEG: 531 +S_END: 675 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA +SEQ_LEN: 414 +S_BEG: 727 +S_END: 1141 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA +SEQ_LEN: 336 +S_BEG: 798 +S_END: 1134 +--- +REC_TYPE: ORF +SEQ_NAME: Test +SEQ: ATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAG +SEQ_LEN: 117 +S_BEG: 1278 +S_END: 1395 +--- diff --git a/bp_test/test/test_find_orfs b/bp_test/test/test_find_orfs new file mode 100755 index 0000000..fe378bd --- /dev/null +++ b/bp_test/test/test_find_orfs @@ -0,0 +1,27 @@ +#!/bin/bash + +source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh" + +run "$bp -I $in -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.1 +clean + +run "$bp -I $in -s 'GTG' -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.2 +clean + +run "$bp -I $in -S 'TAA' -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.3 +clean + +run "$bp -I $in -m 700 -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.4 +clean + +run "$bp -I $in -M 100 -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.5 +clean + +run "$bp -I $in -n -O $tmp" +assert_no_diff $tmp $out.6 +clean -- 2.39.2