added tests to find_orfs

git-svn-id: http://biopieces.googlecode.com/svn/trunk@2262 74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d

diff --git a/bp_test/in/find_orfs.in b/bp_test/in/find_orfs.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0816135
--- /dev/null
+++ b/bp_test/in/find_orfs.in
@@ -0,0 +1,4 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.1 b/bp_test/out/find_orfs.out.1
new file mode 100644 (file)
index 0000000..32433c3
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.1
@@ -0,0 +1,221 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 105
+S_BEG: 75
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 87
+S_BEG: 93
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 273
+S_BEG: 97
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGA
+SEQ_LEN: 189
+S_BEG: 113
+S_END: 302
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 345
+S_BEG: 186
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 117
+S_BEG: 253
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 87
+S_BEG: 283
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 246
+S_BEG: 285
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 307
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 198
+S_BEG: 333
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 335
+S_END: 398
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 753
+S_BEG: 449
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 78
+S_BEG: 453
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 216
+S_BEG: 475
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 675
+S_BEG: 527
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGA
+SEQ_LEN: 144
+S_BEG: 531
+S_END: 675
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 663
+S_BEG: 539
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 606
+S_BEG: 596
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 588
+S_BEG: 614
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 582
+S_BEG: 620
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 576
+S_BEG: 626
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 628
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 531
+S_BEG: 671
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 414
+S_BEG: 727
+S_END: 1141
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 336
+S_BEG: 798
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 324
+S_BEG: 810
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 192
+S_BEG: 942
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 198
+S_BEG: 1004
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 132
+S_BEG: 1009
+S_END: 1141
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 72
+S_BEG: 1130
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAG
+SEQ_LEN: 117
+S_BEG: 1278
+S_END: 1395
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.2 b/bp_test/out/find_orfs.out.2
new file mode 100644 (file)
index 0000000..245f934
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.2
@@ -0,0 +1,109 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 105
+S_BEG: 75
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 87
+S_BEG: 93
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 273
+S_BEG: 97
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 345
+S_BEG: 186
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 246
+S_BEG: 285
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 307
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 335
+S_END: 398
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 216
+S_BEG: 475
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 675
+S_BEG: 527
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 663
+S_BEG: 539
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 576
+S_BEG: 626
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 628
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 324
+S_BEG: 810
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 192
+S_BEG: 942
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 132
+S_BEG: 1009
+S_END: 1141
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.3 b/bp_test/out/find_orfs.out.3
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c0b891e
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.3
@@ -0,0 +1,67 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 594
+S_BEG: 97
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 438
+S_BEG: 253
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 408
+S_BEG: 283
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 384
+S_BEG: 307
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 297
+S_BEG: 394
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 216
+S_BEG: 475
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 628
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 414
+S_BEG: 727
+S_END: 1141
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 132
+S_BEG: 1009
+S_END: 1141
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.4 b/bp_test/out/find_orfs.out.4
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d09da47
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.4
@@ -0,0 +1,11 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 753
+S_BEG: 449
+S_END: 1202
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.5 b/bp_test/out/find_orfs.out.5
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f9836ac
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.5
@@ -0,0 +1,53 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 87
+S_BEG: 93
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 87
+S_BEG: 283
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 307
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 335
+S_END: 398
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 78
+S_BEG: 453
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 628
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 72
+S_BEG: 1130
+S_END: 1202
+---

diff --git a/bp_test/out/find_orfs.out.6 b/bp_test/out/find_orfs.out.6
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bc138a2
--- /dev/null
+++ b/bp_test/out/find_orfs.out.6
@@ -0,0 +1,81 @@
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: TCCGAGTCCTCTTCACCTGCCTCCTCCCGAACGAGTTTCGCCGTAGACAACGCTCTACGACTGGGTTAGAGACGGGTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGAGTCTTTGACTCCTTTGGCGTCACTGGTACCCTATTACTCCACCACACCTCTCCGCCCAGTTTGCCCCCGTTGTTAGATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAGTAGATACTGCGAGAGAGAAATGCCATTTAT
+SEQ_LEN: 1425
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGAAGAGGGTTCGTCGTGGGTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGA
+SEQ_LEN: 105
+S_BEG: 75
+S_END: 180
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGACGCCGGGAGGCATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAG
+SEQ_LEN: 273
+S_BEG: 97
+S_END: 370
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGGCAGCGATTCTCAGCAGTCGTCTCGCCGAGATGGGTTGTCGAGGGACGGGAGGTCCGCTCTGAGCTTGAGTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGA
+SEQ_LEN: 189
+S_BEG: 113
+S_END: 302
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGTCCTCGTCCTGGGCCTTGTCAACACAGAGGCCGCAACAAGGACGTTGCCAGCGTCTGCCTGTCGATGGTCTCTCGACGAGCAACGCCACCTCGGATGTGGGAGCCAGCCTTGAGCCAGGTGCCGAGCAACCAAGCGCAATCCACATGTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGAATCTGGGTCGAACGTAGCTGCCTCTCGACCGCGAGTCGTCGCCTACCATTCATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGA
+SEQ_LEN: 345
+S_BEG: 186
+S_END: 531
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGCGGTCGCTCGTTCTCTCTCGCGCGCGCGATAGGAACAGCTATTGCTGTAGGACGAAGTGA
+SEQ_LEN: 63
+S_BEG: 335
+S_END: 398
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCATGCCTTCGCTGAGACCGACGCGTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAAACGGTTTTGCACTGTCGGATCCCTTTCGCGCAGCATATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAACCCGCCACCTTCATCTCGACACCGCTCAAGCATCTCTACTCACATGGCTCCAAGGCTTTGA
+SEQ_LEN: 753
+S_BEG: 449
+S_END: 1202
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: GTGGCTCGCTGGCGGTATCCTCCTTGCCCAAATCTCGCTCGGATTCGCCTTCGTGAATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGAAGGGTCGAGAGAGTAA
+SEQ_LEN: 216
+S_BEG: 475
+S_END: 691
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGAGGGGTGTTCCACGGCCTCTGCGCTGGGCCCCCGACAACGGTCCTCGACACACGCGGCGCCATGCCCTCGCGCTTCCGCATGCAGATGCGAGTGTGCTGGGTCCACGAACGACGACGTCAGCCAGGTTACCGCGGGATGA
+SEQ_LEN: 144
+S_BEG: 531
+S_END: 675
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTCTTGCAAGAGCACCTTCTCGGATTGCCCCACCACTCGGCGTTGTTGGTTCGACGCACCGTTCGACGATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGACGCATAA
+SEQ_LEN: 414
+S_BEG: 727
+S_END: 1141
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGCCGACGTTGGTGTTTGCGCCTGTCTTCGGAGCGCGGGAGTTGCGTCTACTCGGCGACCCGTCGCTCGTCGCAGTCCGGCCGAGCTCTCCTCTTCGTTACTGGATTGCGTATATCGTCGGCGTCGGCGTTACGGCCCGCTCGGTGGCTACAGGCGACTTCCGGTCCCGGGACGGTCGGTTTCGGTCAGGTTTTCCCGGGCCTCGATGCTGTGCGGCCCCATCGCCTGCAAAAGCACAACCTACCGCGCTTCTTATACCCGAGCAAGCCCTCCGACATCGCTCCGGGTCCGCGGTTCATGCGACTTGGCTCCTTCGGGAAAATCGAGTCACATGA
+SEQ_LEN: 336
+S_BEG: 798
+S_END: 1134
+---
+REC_TYPE: ORF
+SEQ_NAME: Test
+SEQ: ATGGTAGCGCATTTGCTATCGTCGCTACCTTCCAAAGCTTTGCTGCCTACTTATCCGCATCTCCTGAGCCCCGACGACGTATGTACCTGTATTGTTGTTGCCGGAGAAGGACGGTAG
+SEQ_LEN: 117
+S_BEG: 1278
+S_END: 1395
+---

diff --git a/bp_test/test/test_find_orfs b/bp_test/test/test_find_orfs
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..fe378bd
--- /dev/null
+++ b/bp_test/test/test_find_orfs
@@ -0,0 +1,27 @@
+#!/bin/bash
+
+source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
+
+run "$bp -I $in -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.1
+clean
+
+run "$bp -I $in -s 'GTG' -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.2
+clean
+
+run "$bp -I $in -S 'TAA' -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.3
+clean
+
+run "$bp -I $in -m 700 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.4
+clean
+
+run "$bp -I $in -M 100 -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.5
+clean
+
+run "$bp -I $in -n -O $tmp"
+assert_no_diff $tmp $out.6
+clean