Clarified documentation on BamReader::GetNextAlignmentCore

Updated BamAlignment documentation, re: QueryBases field (issue #12)

Minor version bump - 2.3.0
  * stabilized remote file support
  * additional bug fixes & feature requests
  * bamtools-utils & jsoncpp libs now built as static libs by default
(issue #55)

Stablized HTTP access on all platforms. (issue #54, issue #11)

Merge branch 'master' of https://github.com/pezmaster31/bamtools

Merge pull request #81 from chmille4/master

Fix invalid json output

Merge pull request #72 from grenaud/master

fixed copy of SamHeader.cpp

Added model description to stats file header in 'bamtools resolve' tool.
(issue #76)

Added '-tagPrefix' option to 'bamtools split' tool. (issue #75)

Added new '-seed' parameter to 'bamtools random' tool. (issue #73)

Related to last commit - fixed another instance of '_WIN32'

Changed platform check to use standard cmake variable (issue #66)
  - 'WIN32' instead of '_WIN32'

Fixed: bamtools coverage not flushing at end (issue #64)

Fix invalid json output

add quotes to the filename variable so that the json outputed is valid json

Added length property to filter tool.
 * Queries against the BamAlignment::Length field.

Fixed: error in FilterTool - mishandling of ASCII tag values

Fixed SamHeader copy

Fixed: bug where first alignments were dropped after setting explicit merge order

Updated MergeOrder enum documentation

Fixed version number

Added explicit merge order to BamMultiReader

Added the "-list" option to all toolkit utilities that accept multiple
BAM files as input (issue #67)

Merge pull request #67 from ekg/master

Add input file list method to bamtools merge

Fixed: BamWriter - quality string starting with '*' (GH issue #68)

resolve bamtools #68

Check that the quality string is fully comprised of "*", rather than if
the first character is "*".

Merge branch 'master' of git://github.com/pezmaster31/bamtools

Version 2.2.2
  * Added: BamAlignment::GetArrayTagType()

add input file list method to bamtools merge

By using -list users can specify a file list.  Workaround for the case
when there are more input files than allowed by the maximum number of
command-line arguments.

Fixed: typo in BamReader.h

Version 2.2.1
 * Added:
     BamAlignment::GetTagNames()
     BamReader::GetConstSamHeader()
 * Fixed:
     'bamtools convert' - issues with unsigned char data in tags
     empty quality string handling in BamWriter

Fixed: BamWriter behavior on missing quality string (0xFF)
 * See Issue #65

Added GetConstSamHeader() to BamReader
 * Allows for more efficient (read-only) access to SamHeader data

Added GetTagNames method to BamAlignment

Fixed: regression in convert tool - SAM tags contained unreadable chars for int8/uint8 types

Merge branch 'master' of https://github.com/pezmaster31/bamtools

Version 2.2
 * Added support for running in NodeJS (fixed: piping issues)

Fixed: convert tool - improper unsigned char handling in tags

Fixed: improper mode check in local I/O device

Bug fix: error in index file creation when sorted BAM has empty
references at end of file, followed by unaligned reads

Brought Doxyfile's version number up to date

Merge branch 'master' of github.com:pezmaster31/bamtools

Added proper handling for empty or ignored ("*") alignment fields:
QueryBases & Qualities

Merge pull request #41 from tobiasmarschall/master

Include header sys/filio.h when compiling on SunOS.

Fixed: invalidated by-name sort order in some cases
 * due to (unintentional) member variable stored as reference

Include header sys/filio.h for SunOS. Otherwise TcpSocketEngine_unix_p.cpp does not compile because FIONREAD is not found.

Fixed: sorting order lost during merge step of sort tool, if input BAM
lacked SAM header
 * Due to lack of SO tag in temp files. This tag is set just fine on
input BAMs containing SAM headers. However, when an input file lacked
one, especially the (required) VN number, the entire @HD line was
dropped.
 * Forcing the current SAM version number, if none exists, on sort
output.

Merge pull request #40 from tobiasmarschall/master

Fixed: uninitialized buffer in BamReaderPrivate::LoadNextAlignment

Merge pull request #39 from leecbaker/master

Fixed: comments are lost from header when copying a SamHeader

Fix uninitialized buffer in BamReaderPrivate::LoadNextAlignment

Fix: Comment lines in header get lost when copying a SamHeader object.

FASTA reader - performance improvement for single-base fetching

PileupEngine performance improvement for high coverage

PileupEngine bugfix

Provided initialization values for previously unspecified (potentially
garbage) integer fields in default-constructed BamAlignments

Fixed: error in BamWriter metadata output on big-endian systems

Fixed regression: missing EOF empty block on BgzfStream::Close()

Fixed: const-related typo in last commit

Removed use of std::map::at() in HttpHeader, not a standard STL method

Fixed: bad_alloc in socket buffer on some machines

Nonstandard, user-defined tags now allowed in SAM header text

Added support for custom reference prefix in split tool

Fixed: split tool crash when trying to split unmapped reads by reference

Fixed: premature EOF issues & updated Windows implementation

Rolled back test suite code from master until it's ready for full merge

Fixed EOF issues on *nix platforms

Reorganized test suite source tree

Post-merge cleanup

merge with remoteio branch

Updated CMakeLists.txt files

Initial test suite commit

Basic Windows implementation

Removed spurious assert

Updated file headers (filename, license, description, etc)

Added generic I/O device to BamIndex side of things
 * Remote BAM access (now w/ random access) seems to be working with the
simple test cases so far
 * Major TODO: not yet implemented for Windows

Added FTP support (text-tested, not BAM)

Implemented basic TCP support layer
 * buffered I/O
 * design should support future expansion of protocols, proxies, etc
 * so far, HTTP range requests working well (on plain HTML text tests,
not yet BAM-tested)

Organized api/internal into subdirs

Removed some debugging 'error string' messages that snuck into last
commit

Regression fixed: error in BamAlignment tag access methods

Removed data duplication in last update to Sam*Dictionaries

Fixed regression: improper @SQ line ordering in SamHeader output

Regression fixed: wasn't properly merging from multiple BAMs

Minor cleanup in FilterTool

Added GetSoftClips() method to BamAlignment

Major speedup in SamSequenceDictionary & SamReadGroupDictionary classes
 * Please note that this does introduce a minor source-incompatibility,
only affecting those working directly with the provided Sam*Iterator
typedefs. The short answer is that the iterator now references a
std::pair instead of the 'plain old' data. Use the pair's "second" field
to access the desired SamSequence or SamReadGroup.
 * Doxygen docs have been updated to reflect this and provide a bit more
explanation/examples (in docs folder run 'doxygen Doxyfile' to get the
updated API pages).

Cleanup in SortTool
 * Now using the new BamTools::Algorithms::Sort function objects
 * Special handling of unmapped alignments should no longer be necessary
as the sorting function objects (also used by multi-reader merging
strategy) handles those cases.

Bug fix in BgzfStream I/O

Fixed typo

Cleanup missed by earlier "includes cleanup" commit

Updated Doxyfile to reflect version 2.0.0

Removed index cache mode

Cleaned up intra-API includes & moved version numbers to 2.0.0

Updated Doxygen comments

Converted intervals from 0-based, CLOSED to 0-based, HALF-OPEN

Cleaned up output/exception/asserts, etc after last merge

Merge with earlier IODevice work
 * This commit still has some console pollution. I need to work in the
recent Exception/ErrorString approach, but wanted to go ahead and do the
merge-conflict resolution now before diving into remote file support.

Removed STDERR pollution by API
  * Accomplished this by introducing a GetErrorString() on most API
objects. When a method returns false, you can ignore it, parse the error
string to decide what to do next, prompt the user, make a sandwich,
whatever. But nothing should leak out to the console.
 * Internally the error messages are passed by a new BamException class.
This new exception should not cross the library boundary. The exception
should be caught "under the hood" and its what() string should be
(possibly formatted and) stored as the error string in one of the high-

First stab at templated tag access in BamAlignment
 * Seems to work OK, but will definitely need further testing to be sure

Removed duplicated method that snuck past a prior merge conflict resolution

merge conflict