]> git.donarmstrong.com Git - ape.git/blobdiff - src/dist_dna.c
projects / ape.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
some updates for ape 3.0-6
[ape.git] / src / dist_dna.c
diff --git a/src/dist_dna.c b/src/dist_dna.c
index b8797e955b0647d88ed547e68c22119c9a0112fd..67522ff67763705f812ac69ad536886526761e62 100644 (file)
--- a/src/dist_dna.c
+++ b/src/dist_dna.c
@@ -1,12 +1,12 @@
-/* dist_dna.c       2010-09-16 */
+/* dist_dna.c       2012-02-14 */
 
-/* Copyright 2005-2010 Emmanuel Paradis
+/* Copyright 2005-2012 Emmanuel Paradis
 
 /* This file is part of the R-package `ape'. */
 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
 
-#include <R.h>
 #include <R_ext/Lapack.h>
+#include "ape.h"
 
 /* from R: print(log(4), d = 22) */
 #define LN4 1.386294361119890572454
@@ -73,6 +73,76 @@ double detFourByFour(double *x)
     }\
     if (IsPyrimidine(x[s1]) && IsPyrimidine(x[s2])) Ns++;
 
+void distDNA_indel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d)
+{
+       int i1, i2, s1, s2, target, N;
+
+       target = 0;
+       for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
+               for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
+                       N = 0;
+
+                       for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n)
+                               if ((x[s1] ^ x[s2]) & 4) N++;
+
+                       d[target] = ((double) N);
+                       target++;
+               }
+       }
+}
+
+#define X(i, j) i - 1 + *n * (j - 1)
+
+void distDNA_indelblock(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d)
+{
+       int i1, i2, s1, s2, target, N, start_block, end_block;
+
+       for (i1 = 1; i1 <= *n; i1++) {
+
+/* find a block of one or more '-' */
+
+               s1 = 1;
+               while (s1 < *s) {
+                       if (x[X(i1, s1)] == 4) {
+                               start_block = s1;
+                               while (x[X(i1, s1)] == 4) s1++;
+                               end_block = s1 - 1;
+
+/* then look if the same block is present in all the other sequences */
+
+                               for (i2 = 1; i2 <= *n; i2++) {
+                                       if (i2 == i1) continue;
+
+                                       target = give_index(i1, i2, *n);
+
+                                       if (start_block > 1) {
+                                               if (x[X(i2, start_block - 1)] == 4) {
+                                                       d[target]++;
+                                                       continue;
+                                               }
+                                       }
+                                       if (end_block < *s) {
+                                               if (x[X(i2, end_block + 1)] == 4) {
+                                                       d[target]++;
+                                                       continue;
+                                               }
+                                       }
+                                       for (s2 = start_block; s2 <= end_block; s2++) {
+                                               if (x[X(i2, s2)] != 4) {
+                                                       d[target]++;
+                                                       continue;
+                                               }
+                                       }
+                               }
+                               s1 = end_block + 1;
+                       }
+                       s1++;
+               }
+       }
+}
+
+#undef X
+
 void distDNA_TsTv(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d, int Ts, int pairdel)
 {
        int i1, i2, s1, s2, target, Nd, Ns;
@@ -81,7 +151,7 @@ void distDNA_TsTv(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d, int Ts, int paird
        for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
                for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
                        Nd = Ns = 0;
-                       for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+                       for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                                if (pairdel && !(KnownBase(x[s1]) && KnownBase(x[s2]))) continue;
                                COUNT_TS_TV
                        }
@@ -100,7 +170,7 @@ void distDNA_raw(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d, int scaled)
        for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
                for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
                        Nd = 0;
-                       for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n)
+                       for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n)
                                if (DifferentBase(x[s1], x[s2])) Nd++;
                        if (scaled) d[target] = ((double) Nd / *s);
                        else d[target] = ((double) Nd);
@@ -117,7 +187,7 @@ void distDNA_raw_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d, int scaled
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                 CHECK_PAIRWISE_DELETION
                if (DifferentBase(x[s1], x[s2])) Nd++;
            }
@@ -150,7 +220,7 @@ void distDNA_JC69(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n)
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n)
              if (DifferentBase(x[s1], x[s2])) Nd++;
            COMPUTE_DIST_JC69
            target++;
@@ -233,7 +303,7 @@ void distDNA_K80_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                COUNT_TS_TV
            }
@@ -285,7 +355,7 @@ void distDNA_F81_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d, double *BF
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                if (DifferentBase(x[s1], x[s2])) Nd++;
            }
@@ -332,7 +402,7 @@ void distDNA_K81(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Nv1 = Nv2 = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                COUNT_TS_TV1_TV2
            }
            COMPUTE_DIST_K81
@@ -351,7 +421,7 @@ void distDNA_K81_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Nv1 = Nv2 = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                COUNT_TS_TV1_TV2
            }
@@ -392,7 +462,7 @@ void distDNA_F84(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                COUNT_TS_TV
            }
            COMPUTE_DIST_F84
@@ -413,7 +483,7 @@ void distDNA_F84_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                COUNT_TS_TV
            }
@@ -449,7 +519,7 @@ void distDNA_T92(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                COUNT_TS_TV
            }
            COMPUTE_DIST_T92
@@ -470,7 +540,7 @@ void distDNA_T92_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                COUNT_TS_TV
            }
@@ -535,8 +605,8 @@ void distDNA_TN93(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
                  double *BF, int *variance, double *var,
                  int *gamma, double *alpha)
 {
-    int i1, i2, k, Nd, Ns1, Ns2, L, target, s1, s2;
-    double P1, P2, Q, A, B, C, gR, gY, k1, k2, k3, k4, w1, w2, w3, c1, c2, c3, c4, b;
+    int i1, i2, Nd, Ns1, Ns2, L, target, s1, s2;
+    double P1, P2, Q, gR, gY, k1, k2, k3, k4, w1, w2, w3, c1, c2, c3, c4, b;
 
     L = *s;
 
@@ -546,7 +616,7 @@ void distDNA_TN93(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns1 = Ns2 = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                COUNT_TS1_TS2_TV
            }
            COMPUTE_DIST_TN93
@@ -559,8 +629,8 @@ void distDNA_TN93_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
                          double *BF, int *variance, double *var,
                          int *gamma, double *alpha)
 {
-    int i1, i2, k, Nd, Ns1, Ns2, L, target, s1, s2;
-    double P1, P2, Q, A, B, C, gR, gY, k1, k2, k3, k4, w1, w2, w3, c1, c2, c3, c4, b;
+    int i1, i2, Nd, Ns1, Ns2, L, target, s1, s2;
+    double P1, P2, Q, gR, gY, k1, k2, k3, k4, w1, w2, w3, c1, c2, c3, c4, b;
 
     PREPARE_BF_TN93
 
@@ -568,7 +638,7 @@ void distDNA_TN93_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns1 = Ns2 = L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                COUNT_TS1_TS2_TV
            }
@@ -610,7 +680,7 @@ void distDNA_GG95(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                COUNT_TS_TV
            }
            P[target] = ((double) Ns / *s);
@@ -686,7 +756,7 @@ void distDNA_GG95_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            Nd = Ns = L[target] = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                if (KnownBase(x[s1]) && KnownBase(x[s2])) L[target]++;
                else continue;
                COUNT_TS_TV
@@ -772,7 +842,7 @@ void distDNA_LogDet(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            for (k = 0; k < 16; k++) Ntab[k] = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                DO_CONTINGENCY_NUCLEOTIDES
            }
            COMPUTE_DIST_LogDet
@@ -792,7 +862,7 @@ void distDNA_LogDet_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            for (k = 0; k < 16; k++) Ntab[k] = 0;
            L = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                DO_CONTINGENCY_NUCLEOTIDES
            }
@@ -812,13 +882,13 @@ void distDNA_BH87(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
    currently not available.
    </FIXME> */
 {
-    int i1, i2, k, kb, s1, s2, m, Ntab[16], ROWsums[4], ndim = 4, info, ipiv[16];
-    double P12[16], P21[16], U[16];
+    int i1, i2, k, kb, s1, s2, m, Ntab[16], ROWsums[4];
+    double P12[16], P21[16];
 
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            for (k = 0; k < 16; k++) Ntab[k] = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                DO_CONTINGENCY_NUCLEOTIDES
            }
 
@@ -916,7 +986,7 @@ void distDNA_ParaLin(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     for (i1 = 1; i1 < *n; i1++) {
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            for (k = 0; k < 16; k++) Ntab[k] = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                DO_CONTINGENCY_NUCLEOTIDES
            }
            COMPUTE_DIST_ParaLin
@@ -960,7 +1030,7 @@ void distDNA_ParaLin_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
         for (i2 = i1 + 1; i2 <= *n; i2++) {
            L = 0;
            for (k = 0; k < 16; k++) Ntab[k] = 0;
-           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1+= *n, s2 += *n) {
+           for (s1 = i1 - 1, s2 = i2 - 1; s1 < i1 + *n*(*s - 1); s1 += *n, s2 += *n) {
                CHECK_PAIRWISE_DELETION
                DO_CONTINGENCY_NUCLEOTIDES
            }
@@ -970,23 +1040,33 @@ void distDNA_ParaLin_pairdel(unsigned char *x, int *n, int *s, double *d,
     }
 }
 
-void BaseProportion(unsigned char *x, int *n, double *BF, int *freq)
+/* a hash table is much faster than switch (2012-01-10) */
+void BaseProportion(unsigned char *x, int *n, double *BF)
 {
-    int i, m;
-
-    m = 0;
-    for (i = 0; i < *n; i++) {
-        if (KnownBase(x[i])) {
-           m++;
-           switch (x[i]) {
-           case 136 : BF[0]++; break;
-           case 40 : BF[1]++; break;
-           case 72 : BF[2]++; break;
-           case 24 : BF[3]++; break;
-           }
-       }
-    }
-    if (! *freq) for (i = 0; i < 4; i++) BF[i] /= m;
+       int i;
+       double count[256];
+
+       memset(count, 0, 256*sizeof(double));
+
+       for (i = 0; i < *n; i++) count[x[i]]++;
+
+       BF[0] = count[136];
+       BF[1] = count[40];
+       BF[2] = count[72];
+       BF[3] = count[24];
+       BF[4] = count[192];
+       BF[5] = count[160];
+       BF[6] = count[144];
+       BF[7] = count[96];
+       BF[8] = count[80];
+       BF[9] = count[48];
+       BF[10] = count[224];
+       BF[11] = count[176];
+       BF[12] = count[208];
+       BF[13] = count[112];
+       BF[14] = count[240];
+       BF[15] = count[4];
+       BF[16] = count[2];
 }
 
 void SegSites(unsigned char *x, int *n, int *s, int *seg)
@@ -1059,6 +1139,7 @@ void dist_dna(unsigned char *x, int *n, int *s, int *model, double *d,
            else distDNA_TsTv(x, n, s, d, 1, 0); break;
     case 15 : if (pairdel) distDNA_TsTv(x, n, s, d, 0, 1);
            else distDNA_TsTv(x, n, s, d, 0, 0); break;
-
+    case 16 : distDNA_indel(x, n, s, d); break;
+    case 17 : distDNA_indelblock(x, n, s, d); break;
     }
 }
Local fork of ape (analysis of ecology)