]> git.donarmstrong.com Git - ape.git/blobdiff - NEWS
fix in drop.tip() and new option in pic()
[ape.git] / NEWS
diff --git a/NEWS b/NEWS
index e90cec15c61f7d4d1bae3e76033142edcfac8b3d..442534831a83410208674241b0d5746377ef726e 100644 (file)
--- a/NEWS
+++ b/NEWS
@@ -1,3 +1,18 @@
+               CHANGES IN APE VERSION 3.0-7
+
+
+NEW FEATURES
+
+    o pic() gains an option 'rescaled.tree = FALSE' to return the tree
+      with its branch lengths rescaled for the PICs calculation.
+
+
+BUG FIXES
+
+    o drop.tip() shuffled node labels on some trees.
+
+
+
                CHANGES IN APE VERSION 3.0-6
 
 
@@ -1978,14 +1993,14 @@ BUG FIXES
     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
       in some cases.
 
-    o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
+    o Three bugs have been fixed in ace(): computing the likelihood of
       ancestral states of discrete characters failed, custom models
       did not work, and the function failed with a null gradient (a
       warning message is now returned; this latter bug was also
       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 
-    o pic() hanged out when missing data were present: a message error
-      is now returned.
+    o pic() hanged out when missing data were present: an error is now
+      returned.
 
     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
       was not always correctly dispatched.
@@ -2049,7 +2064,7 @@ NEW FEATURES
       DNA sequences by specifying model = "raw".
 
     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
-      distances among all tips and nodes of the tree. The default if
+      distances among all tips and nodes of the tree. The default is
       `full = FALSE'.