]> git.donarmstrong.com Git - bamtools.git/tree
Implemented Mosaik-style command line parser, instead of former GetOpt parser. Setup...
-rw-r--r-- 11153 BGZF.cpp
-rw-r--r-- 6071 BGZF.h
-rw-r--r-- 21771 BamAux.h
-rw-r--r-- 12324 BamMultiReader.cpp
-rw-r--r-- 4131 BamMultiReader.h
-rw-r--r-- 40150 BamReader.cpp
-rw-r--r-- 2874 BamReader.h
-rw-r--r-- 12773 BamWriter.cpp
-rw-r--r-- 1564 BamWriter.h
-rw-r--r-- 1127 LICENSE
-rw-r--r-- 485 Makefile
-rw-r--r-- 3365 README
-rw-r--r-- 4957 bamtools.cpp
-rw-r--r-- 3211 bamtools_count.cpp
-rw-r--r-- 989 bamtools_count.h
-rw-r--r-- 2337 bamtools_coverage.cpp
-rw-r--r-- 1032 bamtools_coverage.h
-rw-r--r-- 2391 bamtools_header.cpp
-rw-r--r-- 1036 bamtools_header.h
-rw-r--r-- 2129 bamtools_index.cpp
-rw-r--r-- 979 bamtools_index.h
-rw-r--r-- 3749 bamtools_merge.cpp
-rw-r--r-- 954 bamtools_merge.h
-rw-r--r-- 10922 bamtools_options.cpp
-rw-r--r-- 7240 bamtools_options.h
-rw-r--r-- 4722 bamtools_sam.cpp
-rw-r--r-- 949 bamtools_sam.h
-rw-r--r-- 2290 bamtools_sort.cpp
-rw-r--r-- 928 bamtools_sort.h
-rw-r--r-- 1987 bamtools_stats.cpp
-rw-r--r-- 1003 bamtools_stats.h
-rw-r--r-- 1065 bamtools_tool.h
-rw-r--r-- 4028 bamtools_utilities.h
-rw-r--r-- 3870 bamtools_variant.h