From 799238433db32316460296abf5575f9ee64bc984 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: martinahansen Date: Thu, 9 Dec 2010 12:37:04 +0000 Subject: [PATCH] fixed read_genbank tests git-svn-id: http://biopieces.googlecode.com/svn/trunk@1175 74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d --- bp_test/out/read_genbank.out.1 | 18 ++++++++++++++++++ bp_test/out/read_genbank.out.2 | 18 ++++++++++++++++++ bp_test/out/read_genbank.out.3 | 9 +++++++++ bp_test/out/read_genbank.out.4 | 9 +++++++++ 4 files changed, 54 insertions(+) diff --git a/bp_test/out/read_genbank.out.1 b/bp_test/out/read_genbank.out.1 index bc821ee..c27cb26 100644 --- a/bp_test/out/read_genbank.out.1 +++ b/bp_test/out/read_genbank.out.1 @@ -16,6 +16,9 @@ TITLE: Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required forDNA da JOURNAL: Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994);Genes Dev. 10 (7), 777-793 (1996);Submitted (22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, NewHaven, CT, USA PUBMED: 7871890;8846915 SEQ: 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+STRAND: + +S_BEG: 0 +S_END: 5027 --- PRODUCT: TCP1-beta PROTEIN_ID: AAA98665.1 @@ -36,6 +39,9 @@ TITLE: Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required forDNA da JOURNAL: Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994);Genes Dev. 10 (7), 777-793 (1996);Submitted (22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, NewHaven, CT, USA PUBMED: 7871890;8846915 SEQ: gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattgccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagctctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaagaaccgccaatagacaacatatgta +STRAND: + +S_BEG: 0 +S_END: 205 --- GENE: AXL2 FEATURE: gene @@ -53,6 +59,9 @@ TITLE: Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required forDNA da JOURNAL: Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994);Genes Dev. 10 (7), 777-793 (1996);Submitted (22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, NewHaven, CT, USA PUBMED: 7871890;8846915 SEQ: 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+STRAND: + +S_BEG: 686 +S_END: 3157 --- GENE: REV7 FEATURE: gene @@ -93,6 +105,9 @@ TITLE: Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required forDNA da JOURNAL: Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994);Genes Dev. 10 (7), 777-793 (1996);Submitted (22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, NewHaven, CT, USA PUBMED: 7871890;8846915 SEQ: 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(22-FEB-1996) Terry Roemer, Biology, Yale University, NewHaven, CT, USA PUBMED: 7871890;8846915 SEQ: tgaatagatgggtagagaagtggctgagggtatacttaaaatgctacattaatttgattttattttatagaaatgtatacccacctcagtcattcgactacactacttaccagtcattcaacttgccgcagttcgttcccattaataggcatcctgctttaattgactatatagaagaacttatactggatgttctttctaaattaacgcacgtttacagattttccatctgcattattaataaaaagaacgatttatgcattgaaaaatacgttttagattttagtgaattacaacatgtggataaagacgatcagatcattacggaaactgaagtgttcgacgaattccgatcttccttaaatagtttgattatgcatttggagaaattacctaaagtcaacgatgacacaataacatttgaagcagttattaatgcgatcgaattggaactaggacataagttggacagaaacaggagggtcgatagtttggaggaaaaagcagaaattgaaagggattcaaactgggttaaatgtcaagaagatgaaaatttaccagacaataatggttttcaacctcctaaaataaaactcacttctttagtcggttctgacgtggggcctttgattattcatcagtttagtgaaaaattaatcagcggtgacgacaaaattttgaatggagtgtattctcaatatgaagagggcgagagcatttttggatctttgttttaa +STRAND: - +S_BEG: 3299 +S_END: 4036 --- diff --git a/bp_test/out/read_genbank.out.2 b/bp_test/out/read_genbank.out.2 index 362f142..0ae6772 100644 --- 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b/bp_test/out/read_genbank.out.4 index c2341e6..7608151 100644 --- a/bp_test/out/read_genbank.out.4 +++ b/bp_test/out/read_genbank.out.4 @@ -3,16 +3,25 @@ FEATURE: CDS LOCATOR: <1..206 ACCESSION: U49845 SEQ: gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattgccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagctctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaagaaccgccaatagacaacatatgta +STRAND: + +S_BEG: 0 +S_END: 205 --- TRANSLATION: 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