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comment out analyzing output section
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Fri, 3 Feb 2017 01:10:43 +0000 (17:10 -0800)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Fri, 3 Feb 2017 01:10:43 +0000 (17:10 -0800)
kinetic_formalism_competition.Rnw

index 9db41830b0bd6668b63a07453b1a002fdddbebf7..54e7fa8c02f5a022c0ffb1447bf0495cf14970f1 100644 (file)
@@ -1517,59 +1517,59 @@ The environment, initial vesicle, and the state of the vesicle
 immediately before and immediately after splitting are stored
 to produce later output.
 
-\section{Analyzing output}
-
-The analysis of output is handled by a separate perl program which
-shares many common modules with the simulation program. Current output
-includes simulation progress, summary tables, summary statistics, and
-various graphs.
-
-\subsection{PCA plots}
-
-Two major groups of axes that contribute to vesicle variation between
-subsequent generations are the components and properties of vesicles.
-Each component in a vesicle is an axis on its own; it can be measured
-either as an absolute number of molecules in each component, or the
-fraction of molecules of that component over the total number of
-molecules; the second approach is often more convenient, as it allows
-vesicles with different number of molecules to be directly compared
-(though it hides any effect of vesicle size).
-
-In order to visualize the variation between and transition of
-subsequent generations of vesicles from their initial state in the
-simulation, to their final state at the termination of the simulation,
-we plot the projection of the generations onto the two principle PCA
-axes (and alternatively, any pairing of the axes).
-
-\subsection{Carpet plots}
-
-Carpet plots show the distance/similarity between the composition or
-properties of all generations in a single run. The difference between
-each group of vesicle can be calculated using Euclidean distance
-(properties and compositions) or H similarity (composition only). We
-must use Euclidean distance for properties because the H distance
-metric is invalid when comparing negative vector elements to positive
-vector elements.
-
-In addition to showing distance or similarity, carpet plots also
-depict propersomes and composomes as square boxes on the diagonals and
-propertypes and compotypes as rectangles off the diagonals, each
-propertype or compotype with a distinct color.
-
-\subsection{Propersomes, propertypes, composomes and compotypes}
-
-A generation is considered to be a propersome if it is less than $0.6$
-units (by Euclidean distance of normalized properties) away from the
-generation immediately following and preceding. Likewise, a generation
-is in a composome if its H similarity is more than $0.9$ (by the
-normalized H metric) from the preceding and following generations.
-Propersomes and composomes are then assigned to propertypes and
-compotypes using Paritioning Around Medioids
-(PAM). All values of $k$ between 2 and 15
-(or the number of propersomes and composomes, if that is less than 15)
-are tried, and the clustering with the smallest
-silhouette~\citep{Rousseeuw1987:silhouettes} is chosen as the ideal
-clustering~\citep{Shenhav2005:pgard}.
+\section{Analyzing output}
+% 
+The analysis of output is handled by a separate perl program which
+shares many common modules with the simulation program. Current output
+includes simulation progress, summary tables, summary statistics, and
+various graphs.
+% 
+\subsection{PCA plots}
+% 
+Two major groups of axes that contribute to vesicle variation between
+subsequent generations are the components and properties of vesicles.
+Each component in a vesicle is an axis on its own; it can be measured
+either as an absolute number of molecules in each component, or the
+fraction of molecules of that component over the total number of
+molecules; the second approach is often more convenient, as it allows
+vesicles with different number of molecules to be directly compared
+(though it hides any effect of vesicle size).
+% 
+In order to visualize the variation between and transition of
+subsequent generations of vesicles from their initial state in the
+simulation, to their final state at the termination of the simulation,
+we plot the projection of the generations onto the two principle PCA
+axes (and alternatively, any pairing of the axes).
+% 
+\subsection{Carpet plots}
+% 
+Carpet plots show the distance/similarity between the composition or
+properties of all generations in a single run. The difference between
+each group of vesicle can be calculated using Euclidean distance
+(properties and compositions) or H similarity (composition only). We
+must use Euclidean distance for properties because the H distance
+metric is invalid when comparing negative vector elements to positive
+vector elements.
+% 
+In addition to showing distance or similarity, carpet plots also
+depict propersomes and composomes as square boxes on the diagonals and
+propertypes and compotypes as rectangles off the diagonals, each
+propertype or compotype with a distinct color.
+% 
+\subsection{Propersomes, propertypes, composomes and compotypes}
+% 
+A generation is considered to be a propersome if it is less than $0.6$
+units (by Euclidean distance of normalized properties) away from the
+generation immediately following and preceding. Likewise, a generation
+is in a composome if its H similarity is more than $0.9$ (by the
+normalized H metric) from the preceding and following generations.
+Propersomes and composomes are then assigned to propertypes and
+compotypes using Paritioning Around Medioids
+(PAM). All values of $k$ between 2 and 15
+(or the number of propersomes and composomes, if that is less than 15)
+are tried, and the clustering with the smallest
+silhouette~\citep{Rousseeuw1987:silhouettes} is chosen as the ideal
+clustering~\citep{Shenhav2005:pgard}.
 
 
 \bibliographystyle{unsrtnat}