]> git.donarmstrong.com Git - neurodebian.git/commitdiff
some updates into freesurfer project page
authorYaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Sat, 11 Jun 2011 19:41:59 +0000 (15:41 -0400)
committerYaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Sat, 11 Jun 2011 19:41:59 +0000 (15:41 -0400)
sphinx/link_names.txt
sphinx/proj_freesurfer.rst

index b01586581e2d34592fa2f4407381dbd593a693df..24ca98ebe16be743acd2438c8307f316f39bafbb 100644 (file)
 .. Some common terms as links outside and abbreviations
 .. _FOSS: http://en.wikipedia.org/wiki/Free_and_Open_Source_Software
 .. |FOSS| replace:: :abbr:`FOSS (Free and Open Source Software)`
+.. _DFSG: http://www.debian.org/social_contract#guidelines
+.. |DFSG| replace:: :abbr:`DFSG (Debian Free Software Guidelines)`
 
 .. Homepages
 .. _yoh: http://www.onerussian.com
index 289d6e133159bdf9829a59ddccdb33d9da05790d..d9387f62148936b05ac0d79f7a4477fe5cbcbee1 100644 (file)
@@ -7,23 +7,44 @@
 Packaging FreeSurfer
 ********************
 
+:ref:`FreeSurfer <pkg_freesurfer>` is a set of tools for analysis and
+visualization of structural and functional brain imaging data. It contains a
+fully automatic structural stream for processing cross sectional and
+longitudinal data.  Packaging of FreeSurfer for Debian is a part of our
+general efforts to provide comprehensive neuro-imaging research support.
+
 Status
 ------
 
-We are in contact with Freesurfer developers and are awaiting the resolution of
-legal issues that currently prevent legal redistribution of FreeSurfer.
+The majority of FreeSurfer 5.1.0 has been released under seems to be
+|DFSG|-compliant |FOSS| license terms on 24 May 2011.  We have started working
+on packaging.  Following has been done
+
+* modularization of the FreeSurfer distribution into code and data components
+
+* FreeSurfer 5.1.0 |FOSS| code made available from our `FreeSurfer GitHub
+  <https://github.com/neurodebian/freesurfer>`_ repository
+
+* :file:`debian/patches` contains a series of patches primarily to
+
+  - rely on system-provided libraries where applicable
+  - in general replace static inclusion with dynamic linking thus
+    greatly decreasing size of distributed binaries and making deployment more modular
 
-This project will continue as soon as the Freesurfer source code is available
-under |FOSS| license terms.
+.. todo:: FreeSurfer packaging
 
-..
- .. todo:: 
+   * Collect and provide all required libraries to link against
+   * Decide on further separation in to binary packages
+   * Decide on how to ship "freesurfer-cuda" (depends on non-free materials,
+     so cannot be build by the source in Debian `main` component)
+   * Investigate possibility to deprecate/replace functionality dependent on
+     antique libraries which might have been or soon will be removed from
+     Debian (e.g. xview)
 
 
-..
- References
- ----------
+References
+----------
 
- <references>
+* http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/NextGenCode
 
 .. include:: link_names.txt