]> git.donarmstrong.com Git - bamtools.git/commit
In standard indexed BAM files with with sparce coverage (our test case was a roughly...
authorgabeiscoding <gaberudy@gmail.com>
Fri, 23 Sep 2011 15:35:34 +0000 (09:35 -0600)
committergabeiscoding <gaberudy@gmail.com>
Fri, 23 Sep 2011 15:35:34 +0000 (09:35 -0600)
commitdb63f7c21ac6e4dc1198a7cc211f2375788889fb
treede37b517884a5be6c54993d43c9cabe15e450047
parent72f5b82ad353b4cc9d6f8153f1ad19cc387b9597
In standard indexed BAM files with with sparce coverage (our test case was a roughly 1M read RNAseq BAM file), queries made to intervals may not have any of the candidate offesets present in the index as the BAM index only contains bins that have reads.

Without this bail out, we would get a crash. Returning false silently is the preferred behavior in our view as it allows our read logic to go to the next query and does not add noise to stderr.
src/api/internal/BamStandardIndex_p.cpp