X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=bp_test%2Fout%2Fkmer_freq.out.1;h=41b35668ac5e0ecfaf8cc891e4308c91efdebd71;hb=817ff2f0a4be01f45972e06a3228745d0ee456ca;hp=cbb552aff3e07157acd7d29189985344fc776e39;hpb=45d8f994932171f95201decf1e74f9ad1dac5a05;p=biopieces.git

diff --git a/bp_test/out/kmer_freq.out.1 b/bp_test/out/kmer_freq.out.1
index cbb552a..41b3566 100644
--- a/bp_test/out/kmer_freq.out.1
+++ b/bp_test/out/kmer_freq.out.1
@@ -1,518 +1,26 @@
 DUMMY: nothing
 ---
 SEQ: atcgatcgatcg
-AAAA: 0
-AAAT: 0
-AAAC: 0
-AAAG: 0
-AATA: 0
-AATT: 0
-AATC: 0
-AATG: 0
-AACA: 0
-AACT: 0
-AACC: 0
-AACG: 0
-AAGA: 0
-AAGT: 0
-AAGC: 0
-AAGG: 0
-ATAA: 0
-ATAT: 0
-ATAC: 0
-ATAG: 0
-ATTA: 0
-ATTT: 0
-ATTC: 0
-ATTG: 0
-ATCA: 0
-ATCT: 0
-ATCC: 0
-ATCG: 2
-ATGA: 0
-ATGT: 0
-ATGC: 0
-ATGG: 0
-ACAA: 0
-ACAT: 0
-ACAC: 0
-ACAG: 0
-ACTA: 0
-ACTT: 0
-ACTC: 0
-ACTG: 0
-ACCA: 0
-ACCT: 0
-ACCC: 0
-ACCG: 0
-ACGA: 0
-ACGT: 0
-ACGC: 0
-ACGG: 0
-AGAA: 0
-AGAT: 0
-AGAC: 0
-AGAG: 0
-AGTA: 0
-AGTT: 0
-AGTC: 0
-AGTG: 0
-AGCA: 0
-AGCT: 0
-AGCC: 0
-AGCG: 0
-AGGA: 0
-AGGT: 0
-AGGC: 0
-AGGG: 0
-TAAA: 0
-TAAT: 0
-TAAC: 0
-TAAG: 0
-TATA: 0
-TATT: 0
-TATC: 0
-TATG: 0
-TACA: 0
-TACT: 0
-TACC: 0
-TACG: 0
-TAGA: 0
-TAGT: 0
-TAGC: 0
-TAGG: 0
-TTAA: 0
-TTAT: 0
-TTAC: 0
-TTAG: 0
-TTTA: 0
-TTTT: 0
-TTTC: 0
-TTTG: 0
-TTCA: 0
-TTCT: 0
-TTCC: 0
-TTCG: 0
-TTGA: 0
-TTGT: 0
-TTGC: 0
-TTGG: 0
-TCAA: 0
-TCAT: 0
-TCAC: 0
-TCAG: 0
-TCTA: 0
-TCTT: 0
-TCTC: 0
-TCTG: 0
-TCCA: 0
-TCCT: 0
-TCCC: 0
-TCCG: 0
-TCGA: 2
-TCGT: 0
-TCGC: 0
-TCGG: 0
-TGAA: 0
-TGAT: 0
-TGAC: 0
-TGAG: 0
-TGTA: 0
-TGTT: 0
-TGTC: 0
-TGTG: 0
-TGCA: 0
-TGCT: 0
-TGCC: 0
-TGCG: 0
-TGGA: 0
-TGGT: 0
-TGGC: 0
-TGGG: 0
-CAAA: 0
-CAAT: 0
-CAAC: 0
-CAAG: 0
-CATA: 0
-CATT: 0
-CATC: 0
-CATG: 0
-CACA: 0
-CACT: 0
-CACC: 0
-CACG: 0
-CAGA: 0
-CAGT: 0
-CAGC: 0
-CAGG: 0
-CTAA: 0
-CTAT: 0
-CTAC: 0
-CTAG: 0
-CTTA: 0
-CTTT: 0
-CTTC: 0
-CTTG: 0
-CTCA: 0
-CTCT: 0
-CTCC: 0
-CTCG: 0
-CTGA: 0
-CTGT: 0
-CTGC: 0
-CTGG: 0
-CCAA: 0
-CCAT: 0
-CCAC: 0
-CCAG: 0
-CCTA: 0
-CCTT: 0
-CCTC: 0
-CCTG: 0
-CCCA: 0
-CCCT: 0
-CCCC: 0
-CCCG: 0
-CCGA: 0
-CCGT: 0
-CCGC: 0
-CCGG: 0
-CGAA: 0
-CGAT: 2
-CGAC: 0
-CGAG: 0
-CGTA: 0
-CGTT: 0
-CGTC: 0
-CGTG: 0
-CGCA: 0
-CGCT: 0
-CGCC: 0
-CGCG: 0
-CGGA: 0
-CGGT: 0
-CGGC: 0
-CGGG: 0
-GAAA: 0
-GAAT: 0
-GAAC: 0
-GAAG: 0
-GATA: 0
-GATT: 0
-GATC: 2
-GATG: 0
-GACA: 0
-GACT: 0
-GACC: 0
-GACG: 0
-GAGA: 0
-GAGT: 0
-GAGC: 0
-GAGG: 0
-GTAA: 0
-GTAT: 0
-GTAC: 0
-GTAG: 0
-GTTA: 0
-GTTT: 0
-GTTC: 0
-GTTG: 0
-GTCA: 0
-GTCT: 0
-GTCC: 0
-GTCG: 0
-GTGA: 0
-GTGT: 0
-GTGC: 0
-GTGG: 0
-GCAA: 0
-GCAT: 0
-GCAC: 0
-GCAG: 0
-GCTA: 0
-GCTT: 0
-GCTC: 0
-GCTG: 0
-GCCA: 0
-GCCT: 0
-GCCC: 0
-GCCG: 0
-GCGA: 0
-GCGT: 0
-GCGC: 0
-GCGG: 0
-GGAA: 0
-GGAT: 0
-GGAC: 0
-GGAG: 0
-GGTA: 0
-GGTT: 0
-GGTC: 0
-GGTG: 0
-GGCA: 0
-GGCT: 0
-GGCC: 0
-GGCG: 0
-GGGA: 0
-GGGT: 0
-GGGC: 0
-GGGG: 0
 ---
 SEQ: atcgatcgatcgATCGATCGATCG
-AAAA: 0
-AAAT: 0
-AAAC: 0
-AAAG: 0
-AATA: 0
-AATT: 0
-AATC: 0
-AATG: 0
-AACA: 0
-AACT: 0
-AACC: 0
-AACG: 0
-AAGA: 0
-AAGT: 0
-AAGC: 0
-AAGG: 0
-ATAA: 0
-ATAT: 0
-ATAC: 0
-ATAG: 0
-ATTA: 0
-ATTT: 0
-ATTC: 0
-ATTG: 0
-ATCA: 0
-ATCT: 0
-ATCC: 0
-ATCG: 5
-ATGA: 0
-ATGT: 0
-ATGC: 0
-ATGG: 0
-ACAA: 0
-ACAT: 0
-ACAC: 0
-ACAG: 0
-ACTA: 0
-ACTT: 0
-ACTC: 0
-ACTG: 0
-ACCA: 0
-ACCT: 0
-ACCC: 0
-ACCG: 0
-ACGA: 0
-ACGT: 0
-ACGC: 0
-ACGG: 0
-AGAA: 0
-AGAT: 0
-AGAC: 0
-AGAG: 0
-AGTA: 0
-AGTT: 0
-AGTC: 0
-AGTG: 0
-AGCA: 0
-AGCT: 0
-AGCC: 0
-AGCG: 0
-AGGA: 0
-AGGT: 0
-AGGC: 0
-AGGG: 0
-TAAA: 0
-TAAT: 0
-TAAC: 0
-TAAG: 0
-TATA: 0
-TATT: 0
-TATC: 0
-TATG: 0
-TACA: 0
-TACT: 0
-TACC: 0
-TACG: 0
-TAGA: 0
-TAGT: 0
-TAGC: 0
-TAGG: 0
-TTAA: 0
-TTAT: 0
-TTAC: 0
-TTAG: 0
-TTTA: 0
-TTTT: 0
-TTTC: 0
-TTTG: 0
-TTCA: 0
-TTCT: 0
-TTCC: 0
-TTCG: 0
-TTGA: 0
-TTGT: 0
-TTGC: 0
-TTGG: 0
-TCAA: 0
-TCAT: 0
-TCAC: 0
-TCAG: 0
-TCTA: 0
-TCTT: 0
-TCTC: 0
-TCTG: 0
-TCCA: 0
-TCCT: 0
-TCCC: 0
-TCCG: 0
-TCGA: 5
-TCGT: 0
-TCGC: 0
-TCGG: 0
-TGAA: 0
-TGAT: 0
-TGAC: 0
-TGAG: 0
-TGTA: 0
-TGTT: 0
-TGTC: 0
-TGTG: 0
-TGCA: 0
-TGCT: 0
-TGCC: 0
-TGCG: 0
-TGGA: 0
-TGGT: 0
-TGGC: 0
-TGGG: 0
-CAAA: 0
-CAAT: 0
-CAAC: 0
-CAAG: 0
-CATA: 0
-CATT: 0
-CATC: 0
-CATG: 0
-CACA: 0
-CACT: 0
-CACC: 0
-CACG: 0
-CAGA: 0
-CAGT: 0
-CAGC: 0
-CAGG: 0
-CTAA: 0
-CTAT: 0
-CTAC: 0
-CTAG: 0
-CTTA: 0
-CTTT: 0
-CTTC: 0
-CTTG: 0
-CTCA: 0
-CTCT: 0
-CTCC: 0
-CTCG: 0
-CTGA: 0
-CTGT: 0
-CTGC: 0
-CTGG: 0
-CCAA: 0
-CCAT: 0
-CCAC: 0
-CCAG: 0
-CCTA: 0
-CCTT: 0
-CCTC: 0
-CCTG: 0
-CCCA: 0
-CCCT: 0
-CCCC: 0
-CCCG: 0
-CCGA: 0
-CCGT: 0
-CCGC: 0
-CCGG: 0
-CGAA: 0
-CGAT: 5
-CGAC: 0
-CGAG: 0
-CGTA: 0
-CGTT: 0
-CGTC: 0
-CGTG: 0
-CGCA: 0
-CGCT: 0
-CGCC: 0
-CGCG: 0
-CGGA: 0
-CGGT: 0
-CGGC: 0
-CGGG: 0
-GAAA: 0
-GAAT: 0
-GAAC: 0
-GAAG: 0
-GATA: 0
-GATT: 0
-GATC: 5
-GATG: 0
-GACA: 0
-GACT: 0
-GACC: 0
-GACG: 0
-GAGA: 0
-GAGT: 0
-GAGC: 0
-GAGG: 0
-GTAA: 0
-GTAT: 0
-GTAC: 0
-GTAG: 0
-GTTA: 0
-GTTT: 0
-GTTC: 0
-GTTG: 0
-GTCA: 0
-GTCT: 0
-GTCC: 0
-GTCG: 0
-GTGA: 0
-GTGT: 0
-GTGC: 0
-GTGG: 0
-GCAA: 0
-GCAT: 0
-GCAC: 0
-GCAG: 0
-GCTA: 0
-GCTT: 0
-GCTC: 0
-GCTG: 0
-GCCA: 0
-GCCT: 0
-GCCC: 0
-GCCG: 0
-GCGA: 0
-GCGT: 0
-GCGC: 0
-GCGG: 0
-GGAA: 0
-GGAT: 0
-GGAC: 0
-GGAG: 0
-GGTA: 0
-GGTT: 0
-GGTC: 0
-GGTG: 0
-GGCA: 0
-GGCT: 0
-GGCC: 0
-GGCG: 0
-GGGA: 0
-GGGT: 0
-GGGC: 0
-GGGG: 0
+---
+REC_TYPE: KMER_FREQ
+KMER: ATCG
+COUNT: 9
+FREQ: 2.25
+---
+REC_TYPE: KMER_FREQ
+KMER: TCGA
+COUNT: 7
+FREQ: 1.75
+---
+REC_TYPE: KMER_FREQ
+KMER: CGAT
+COUNT: 7
+FREQ: 1.75
+---
+REC_TYPE: KMER_FREQ
+KMER: GATC
+COUNT: 7
+FREQ: 1.75
 ---