X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile.mingw;h=7a57ffc0c7457c5fcfb65dd8585bd3ee3cb1114c;hb=0b3418cf166ce4a58cedf0d9a2df5ec3dd4cc5fa;hp=a3f4b9fe6b33f7ec6d706279fdac89ee50f87810;hpb=ef04d5264880651d082138b99f6a63e8659457dc;p=samtools.git

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
index a3f4b9f..7a57ffc 100644
--- a/Makefile.mingw
+++ b/Makefile.mingw
@@ -4,14 +4,15 @@ CFLAGS=		-g -Wall -O2
 DFLAGS=		-D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
-			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
-			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
-AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
+			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
+			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
+AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+			cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
 BCFOBJS=	bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
-			bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/ld.o \
-			bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o
+			bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
+			bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
 PROG=		samtools.exe bcftools.exe
 INCLUDES=	-I. -Iwin32
 SUBDIRS=	.
@@ -35,8 +36,8 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
 
-bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
+bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h