X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=dbd90af737a7f360df90e110f66a30a915bba435;hb=0ccd9d36ebf35ce620a8248ecf4336c84065e6c0;hp=db183330d1fb76ce4fa0d17d8dab65afdfbeb65a;hpb=80658e4d152b53bd55927c432ceece7702ab49d7;p=samtools.git

diff --git a/Makefile b/Makefile
index db18333..dbd90af 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,14 +1,15 @@
 CC=			gcc
-CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=		-g -Wall -O2
+#LDFLAGS=		-Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
 			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
 			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
-AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
-			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
+AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
 			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
-			cut_target.o phase.o bam2depth.o
+			cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
 PROG=		samtools
 INCLUDES=	-I.
 SUBDIRS=	. bcftools misc
@@ -16,6 +17,7 @@ LIBPATH=
 LIBCURSES=	-lcurses # -lXCurses
 
 .SUFFIXES:.c .o
+.PHONY: all lib
 
 .c.o:
 		$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
@@ -41,13 +43,16 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 		$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
+
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+		$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h