X-Git-Url: https://git.donarmstrong.com/?a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=965491a9fa518bc990328b34699863c418554cb3;hb=165f1d8cb88f04a48b7da3f4e5e5fd2a4f074972;hp=6a15c284a90eae0632e9dfbc86c89ba08c7bb16b;hpb=63af098c78ef4163356c281e87bfb467adc8824d;p=samtools.git

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 6a15c28..965491a 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,7 +7,7 @@ LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
 			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o
+			bamtk.o kaln.o kprobaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
 PROG=		samtools
 INCLUDES=	-I.
 SUBDIRS=	. bcftools misc
@@ -57,13 +57,14 @@ bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
 bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
 errmod.o:errmod.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h